10 Jun
2013
10 Jun
'13
6:10 p.m.
Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I might be confused, I answer a lot of emails ...
doug
On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote:
I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't finished as of when I sent this log. It failed with the same error again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with.
Here is the most recent log: http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz
Thanks, Erin
On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
There is an error there, but it is different. This one is with mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but there is no error at the end. doug On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: > No problem. Here's the log file again. > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps! > > > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: > > > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me > again? it is not a big deal, except that it is not behaving the > way I would expect which means that it might be me that is not > understanding something. > thanks > doug > > > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: > > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed > with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran > AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it several > times, so it looks like all the failed ones appended to the > log in order (so the newest ones are last). > > Thanks for the updated file! We're rerunning several AR2+3 now > with it. > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > The recon-all.log fail indicates that you did not use the > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new > version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard > build > has not gone through since I made the change. I'll try > again over > the weekend or on Monday. > doug > > > > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: > > > The last thing I ran was > > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 > > Which still failed. > > We quality check after ar1, so we need to run ar1 > separately > from ar2 and 3. > > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > you need to include the -autorecon3 flag > simultaneously > with the > -autorecon1 and -autorecon2 flags. > > > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: > > > It fails before ar3 runs. > > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > There is no indication in this log file > that you ran > autorecon3 > doug > > > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote: > > Here's the log. I ran > mri_add_xform_to_header > after it > failed > again last time and am currently rerunning > AR2+3 on > it, so you > can probably ignore the latest > modifications > to it. > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv > > We're running Mac OSX 10.6.8. > > Thanks, > Erin > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, > Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > Hmmm, I don't know. I think that > something > strange is > happening. > Can you > send me the new recon-all.log > file? Also, > tell me what > platform > you are > using and I'll send you a new > version of > mri_segstats > > doug > > > > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin > Browning wrote: > > Could it be that since we skip > motioncor, we > skip the > > mri_add_xform_to_header program > as well? > Should I be > running that > > separately? > > > > Thanks, > > Erin Browning > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM, > Erin > Browning > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>> wrote: > > > > Hi Doug-- > > > > Running: > > > > recon-all -s freesurfer > -autorecon2 > -autorecon3 > > > > produced the same error. > Could you > send me > the new > version > of the > > program? > > > > Thanks! > > Erin Browning > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM, > Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > OK, this is a known > problem when > running > recon-all with > > -autorecon1 > > -autorecon2 but not > autorecon3. > If you > run it with > > -autorecon3, then it > > should run all the way > through > without a > problem. > > Alternatively, I can > > give you a new version > of the > offending > program > (mri_segstats) > > that will > > allow you to use just > ar1 and ar2. > > > > doug > > > > > > > > > > On 06/06/2013 03:46 PM, Erin > Browning wrote: > > > Here is the log file. > > > > > > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:43 > PM, Erin > Browning > > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>> > > > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > Yes, it was. I > tried copy and > pasting it > and just > > attaching the > > > log file. Can I > paste urls > here? > I'll just > upload > it to > > pastebin > > > or something like > that. > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:38 PM, > Douglas N > Greve > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > That's weird, people > upload their > recon-all.log > > files all the > > > time. Was > > > the email > kicked back > to you? > > > > > > On 06/06/2013 > 03:27 > PM, Erin > Browning > wrote: > > > > The log file for > recon-all > is too > large. How > > should I send it? > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun > 6, 2013 > at 1:48 PM, > Douglas N Greve > > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > Hi Erin, > thanks for > reposting. > Can you > post the > > > recon-all.log file? > > > > doug > > > > > > > > > > > > On > 06/06/2013 > 02:37 PM, Erin > Browning wrote: > > > > > Hi everyone-- > > > > > > > > > > I emailed > the other > day about > hyperintensity > > after running > > > > motioncor. > > > > > We've skipped > motioncor in our > processing > > now, but we > > > keep getting > > > > > this error > while > running AR2. > > > > > > > > > > \n > mri_ca_register > -invert-and-save > > > > transforms/talairach.m3z \n > > > > > mri passed > volume > size is > different > from the > > one used > > > to create > > > > M3D data > > > > > Loading, > Inverting, > Saving, > Exiting ... > > > > > Reading > transforms/talairach.m3z > > > > > gunzip -c > transforms/talairach.m3z > > > > > Inverting GCAM > > > > > ERROR: > mri_ca_register > with > non-zero > status 0 > > > > > Darwin > cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 > Darwin > Kernel > > > > > Version > 10.8.0: > Tue Jun 7 > 16:33:36 > PDT 2011; > > > > > > root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > > > > recon-all -s > freesurfer exited > with ERRORS > > at Wed Jun 5 > > > > 19:32:56 CDT > 2013 > > > > > > > > > > I tried > rerunning > recon-all -s > freesurfer > > -talairach > > > before running > > > > > AR2, and > that didn't > fix the > error. What's > > going wrong? > > > > > > > > > > Thanks, > > > > > Erin Browning > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer > mailing > list > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > -- > > > > Douglas N. > Greve, Ph.D. > > > > MGH-NMR Center > > > > > > > > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
--
Douglas N. Greve, Ph.D.
MGH-NMR Center
greve@nmr.mgh.harvard.edu
Phone Number: 617-724-2358
Fax: 617-726-7422
Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
11 Jun
11 Jun
10:14 a.m.
New subject: Environment variable HOME_FREESURFER
Dear Freesurfer experts, I am trying to install free surfer. It seems that my downloaded version does not have a .cshrc file. I only have an .sh and .csh file. All the edits (i.e.,setenv FREESURFER_HOME Applications/freesurfer/ source Applications/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh) that I tried to the .csh file give me "command not found".
Any suggestion would be highly appreciated. Pablo
10:55 a.m.
New subject: AR2 Error
hi doug, I work with Erin, the problem is occurring at the -careginv stage of -autorecon2
/BrainLabDocs/Studies/Nicotine_MJ_Ecstasy_Study/data/MRI/N1046/data/freesurfer/mri \n mri_ca_register -invert-and-save transforms/talairach.m3z \n mri passed volume size is different from the one used to create M3D data
Loading, Inverting, Saving, Exiting ... Reading transforms/talairach.m3z gunzip -c transforms/talairach.m3z Inverting GCAM ERROR: mri_ca_register with non-zero status 0 Darwin cerebrum.uwm.edu 10.8.0 Darwin Kernel Version 10.8.0: Tue Jun 7 16:33:36 PDT 2011; root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386
recon-all -s freesurfer exited with ERRORS at Tue Jun 11 09:51:21 CDT 2013
thanks Jon
----- Original Message ----- From: "Douglas N Greve" greve@nmr.mgh.harvard.edu To: "Erin Browning" brownin8@uwm.edu, Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Sent: Monday, June 10, 2013 5:10:30 PM Subject: Re: [Freesurfer] AR2 Error
Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I might be confused, I answer a lot of emails ...
doug
On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote:
I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't finished as of when I sent this log. It failed with the same error again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with.
Here is the most recent log: http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz
Thanks, Erin
On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
There is an error there, but it is different. This one is with mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but there is no error at the end. doug On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: > No problem. Here's the log file again. > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps! > > > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: > > > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me > again? it is not a big deal, except that it is not behaving the > way I would expect which means that it might be me that is not > understanding something. > thanks > doug > > > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: > > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed > with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran > AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it several > times, so it looks like all the failed ones appended to the > log in order (so the newest ones are last). > > Thanks for the updated file! We're rerunning several AR2+3 now > with it. > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > The recon-all.log fail indicates that you did not use the > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new > version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard > build > has not gone through since I made the change. I'll try > again over > the weekend or on Monday. > doug > > > > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: > > > The last thing I ran was > > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 > > Which still failed. > > We quality check after ar1, so we need to run ar1 > separately > from ar2 and 3. > > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > you need to include the -autorecon3 flag > simultaneously > with the > -autorecon1 and -autorecon2 flags. > > > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: > > > It fails before ar3 runs. > > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > There is no indication in this log file > that you ran > autorecon3 > doug > > > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote: > > Here's the log. I ran > mri_add_xform_to_header > after it > failed > again last time and am currently rerunning > AR2+3 on > it, so you > can probably ignore the latest > modifications > to it. > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv > > We're running Mac OSX 10.6.8. > > Thanks, > Erin > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, > Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > Hmmm, I don't know. I think that > something > strange is > happening. > Can you > send me the new recon-all.log > file? Also, > tell me what > platform > you are > using and I'll send you a new > version of > mri_segstats > > doug > > > > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin > Browning wrote: > > Could it be that since we skip > motioncor, we > skip the > > mri_add_xform_to_header program > as well? > Should I be > running that > > separately? > > > > Thanks, > > Erin Browning > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM, > Erin > Browning > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>> wrote: > > > > Hi Doug-- > > > > Running: > > > > recon-all -s freesurfer > -autorecon2 > -autorecon3 > > > > produced the same error. > Could you > send me > the new > version > of the > > program? > > > > Thanks! > > Erin Browning > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM, > Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > OK, this is a known > problem when > running > recon-all with > > -autorecon1 > > -autorecon2 but not > autorecon3. > If you > run it with > > -autorecon3, then it > > should run all the way > through > without a > problem. > > Alternatively, I can > > give you a new version > of the > offending > program > (mri_segstats) > > that will > > allow you to use just > ar1 and ar2. > > > > doug > > > > > > > > > > On 06/06/2013 03:46 PM, Erin > Browning wrote: > > > Here is the log file. > > > > > > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:43 > PM, Erin > Browning > > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>> > > > > 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<mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > Yes, it was. I > tried copy and > pasting it > and just > > attaching the > > > log file. Can I > paste urls > here? > I'll just > upload > it to > > pastebin > > > or something like > that. > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:38 PM, > Douglas N > Greve > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > That's weird, people > upload their > recon-all.log > > files all the > > > time. Was > > > the email > kicked back > to you? > > > > > > On 06/06/2013 > 03:27 > PM, Erin > Browning > wrote: > > > > The log file for > recon-all > is too > large. How > > should I send it? > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun > 6, 2013 > at 1:48 PM, > Douglas N Greve > > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > Hi Erin, > thanks for > reposting. > Can you > post the > > > recon-all.log file? > > > > doug > > > > > > > > > > > > On > 06/06/2013 > 02:37 PM, Erin > Browning wrote: > > > > > Hi everyone-- > > > > > > > > > > I emailed > the other > day about > hyperintensity > > after running > > > > motioncor. > > > > > We've skipped > motioncor in our > processing > > now, but we > > > keep getting > > > > > this error > while > running AR2. > > > > > > > > > > \n > mri_ca_register > -invert-and-save > > > > transforms/talairach.m3z \n > > > > > mri passed > volume > size is > different > from the > > one used > > > to create > > > > M3D data > > > > > Loading, > Inverting, > Saving, > Exiting ... > > > > > Reading > transforms/talairach.m3z > > > > > gunzip -c > transforms/talairach.m3z > > > > > Inverting GCAM > > > > > ERROR: > mri_ca_register > with > non-zero > status 0 > > > > > Darwin > cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 > Darwin > Kernel > > > > > Version > 10.8.0: > Tue Jun 7 > 16:33:36 > PDT 2011; > > > > > > root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > > > > recon-all -s > freesurfer exited > with ERRORS > > at Wed Jun 5 > > > > 19:32:56 CDT > 2013 > > > > > > > > > > I tried > rerunning > recon-all -s > freesurfer > > -talairach > > > before running > > > > > AR2, and > that didn't > fix the > error. What's > > going wrong? > > > > > > > > > > Thanks, > > > > > Erin Browning > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer > mailing > list > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <
--
Jon Wieser
Research Specialist
UW-Milwaukee
Psychology Department, Pearse Hall Rm 366
2441 East Hartford Ave
Milwaukee, WI 53211
Phone: 414-229-7145
Fax: 414-229-5219
12:24 p.m.
New subject: AR2 Error
Hi Jon, the inverse is actually not something you need. We are going to take it out of recon-all. In the meantime, you can run recon-all with -nogcareg as the last argument, and it should run through (or atleast until the next failure:) doug
On 06/11/2013 10:55 AM, Jon Wieser wrote:
hi doug, I work with Erin, the problem is occurring at the -careginv stage of -autorecon2
/BrainLabDocs/Studies/Nicotine_MJ_Ecstasy_Study/data/MRI/N1046/data/freesurfer/mri \n mri_ca_register -invert-and-save transforms/talairach.m3z \n mri passed volume size is different from the one used to create M3D data
Loading, Inverting, Saving, Exiting ... Reading transforms/talairach.m3z gunzip -c transforms/talairach.m3z Inverting GCAM ERROR: mri_ca_register with non-zero status 0 Darwin cerebrum.uwm.edu 10.8.0 Darwin Kernel Version 10.8.0: Tue Jun 7 16:33:36 PDT 2011; root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386
recon-all -s freesurfer exited with ERRORS at Tue Jun 11 09:51:21 CDT 2013
thanks Jon
----- Original Message ----- From: "Douglas N Greve" greve@nmr.mgh.harvard.edu To: "Erin Browning" brownin8@uwm.edu, Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Sent: Monday, June 10, 2013 5:10:30 PM Subject: Re: [Freesurfer] AR2 Error
Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I might be confused, I answer a lot of emails ...
doug
On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote:
I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't finished as of when I sent this log. It failed with the same error again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with.
Here is the most recent log: http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz
Thanks, Erin
On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
There is an error there, but it is different. This one is with mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but there is no error at the end. doug On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: > No problem. Here's the log file again. > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps! > > > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: > > > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me > again? it is not a big deal, except that it is not behaving the > way I would expect which means that it might be me that is not > understanding something. > thanks > doug > > > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: > > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed > with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran > AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it several > times, so it looks like all the failed ones appended to the > log in order (so the newest ones are last). > > Thanks for the updated file! We're rerunning several AR2+3 now > with it. > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > The recon-all.log fail indicates that you did not use the > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new > version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard > build > has not gone through since I made the change. I'll try > again over > the weekend or on Monday. > doug > > > > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: > > > The last thing I ran was > > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 > > Which still failed. > > We quality check after ar1, so we need to run ar1 > separately > from ar2 and 3. > > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > you need to include the -autorecon3 flag > simultaneously > with the > -autorecon1 and -autorecon2 flags. > > > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: > > > It fails before ar3 runs. > > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > There is no indication in this log file > that you ran > autorecon3 > doug > > > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote: > > Here's the log. I ran > mri_add_xform_to_header > after it > failed > again last time and am currently rerunning > AR2+3 on > it, so you > can probably ignore the latest > modifications > to it. > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv > > We're running Mac OSX 10.6.8. > > Thanks, > Erin > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, > Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > Hmmm, I don't know. I think that > something > strange is > happening. > Can you > send me the new recon-all.log > file? Also, > tell me what > platform > you are > using and I'll send you a new > version of > mri_segstats > > doug > > > > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin > Browning wrote: > > Could it be that since we skip > motioncor, we > skip the > > mri_add_xform_to_header program > as well? > Should I be > running that > > separately? > > > > Thanks, > > Erin Browning > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM, > Erin > Browning > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>> wrote: > > > > Hi Doug-- > > > > Running: > > > > recon-all -s freesurfer > -autorecon2 > -autorecon3 > > > > produced the same error. > Could you > send me > the new > version > of the > > program? > > > > Thanks! > > Erin Browning > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM, > Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > OK, this is a known > problem when > running > recon-all with > > -autorecon1 > > -autorecon2 but not > autorecon3. > If you > run it with > > -autorecon3, then it > > should run all the way > through > without a > problem. > > Alternatively, I can > > give you a new version > of the > offending > program > (mri_segstats) > > that will > > allow you to use just > ar1 and ar2. > > > > doug > > > > > > > > > > On 06/06/2013 03:46 PM, Erin > Browning wrote: > > > Here is the log file. > > > > > > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:43 > PM, Erin > Browning > > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu 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<mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > Yes, it was. I > tried copy and > pasting it > and just > > attaching the > > > log file. Can I > paste urls > here? > I'll just > upload > it to > > pastebin > > > or something like > that. > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:38 PM, > Douglas N > Greve > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > That's weird, people > upload their > recon-all.log > > files all the > > > time. Was > > > the email > kicked back > to you? > > > > > > On 06/06/2013 > 03:27 > PM, Erin > Browning > wrote: > > > > The log file for > recon-all > is too > large. How > > should I send it? > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun > 6, 2013 > at 1:48 PM, > Douglas N Greve > > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > Hi Erin, > thanks for > reposting. > Can you > post the > > > recon-all.log file? > > > > doug > > > > > > > > > > > > On > 06/06/2013 > 02:37 PM, Erin > Browning wrote: > > > > > Hi everyone-- > > > > > > > > > > I emailed > the other > day about > hyperintensity > > after running > > > > motioncor. > > > > > We've skipped > motioncor in our > processing > > now, but we > > > keep getting > > > > > this error > while > running AR2. > > > > > > > > > > \n > mri_ca_register > -invert-and-save > > > > transforms/talairach.m3z \n > > > > > mri passed > volume > size is > different > from the > > one used > > > to create > > > > M3D data > > > > > Loading, > Inverting, > Saving, > Exiting ... > > > > > Reading > transforms/talairach.m3z > > > > > gunzip -c > transforms/talairach.m3z > > > > > Inverting GCAM > > > > > ERROR: > mri_ca_register > with > non-zero > status 0 > > > > > Darwin > cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 > Darwin > Kernel > > > > > Version > 10.8.0: > Tue Jun 7 > 16:33:36 > PDT 2011; > > > > > > root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > > > > recon-all -s > freesurfer exited > with ERRORS > > at Wed Jun 5 > > > > 19:32:56 CDT > 2013 > > > > > > > > > > I tried > rerunning > recon-all -s > freesurfer > > -talairach > > > before running > > > > > AR2, and > that didn't > fix the > error. What's > > going wrong? > > > > > > > > > > Thanks, > > > > > Erin Browning > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer > mailing > list > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <
--
Douglas N. Greve, Ph.D.
MGH-NMR Center
greve@nmr.mgh.harvard.edu
Phone Number: 617-724-2358
Fax: 617-726-7422
Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
12:53 p.m.
New subject: AR2 Error
Thanks Doug!
On Tue, Jun 11, 2013 at 11:24 AM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu
wrote:
Hi Jon, the inverse is actually not something you need. We are going to take it out of recon-all. In the meantime, you can run recon-all with -nogcareg as the last argument, and it should run through (or atleast until the next failure:) doug
On 06/11/2013 10:55 AM, Jon Wieser wrote:
hi doug, I work with Erin, the problem is occurring at the -careginv stage of -autorecon2
/BrainLabDocs/Studies/Nicotine_MJ_Ecstasy_Study/data/MRI/N1046/data/freesurfer/mri
\n mri_ca_register -invert-and-save transforms/talairach.m3z \n mri passed volume size is different from the one used to create M3D data
Loading, Inverting, Saving, Exiting ... Reading transforms/talairach.m3z gunzip -c transforms/talairach.m3z Inverting GCAM ERROR: mri_ca_register with non-zero status 0 Darwin cerebrum.uwm.edu 10.8.0 Darwin Kernel Version 10.8.0: Tue Jun 7
16:33:36 PDT 2011; root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386
recon-all -s freesurfer exited with ERRORS at Tue Jun 11 09:51:21 CDT
2013
thanks Jon
----- Original Message ----- From: "Douglas N Greve" greve@nmr.mgh.harvard.edu To: "Erin Browning" brownin8@uwm.edu, Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Sent: Monday, June 10, 2013 5:10:30 PM Subject: Re: [Freesurfer] AR2 Error
Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I might be confused, I answer a lot of emails ...
doug
On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote:
I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't finished as of when I sent this log. It failed with the same error again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with.
Here is the most recent log: http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz
Thanks, Erin
On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
There is an error there, but it is different. This one is with mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but there is no error at the end. doug On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: > No problem. Here's the log file again. > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope thishelps!
> > > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: > > > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me > again? it is not a big deal, except that it is not behavingthe
> way I would expect which means that it might be me that isnot
> understanding something. > thanks > doug > > > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: > > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. Itfailed
> with the same error as AR2 alone. Further up, we'd onlyran
> AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it several > times, so it looks like all the failed ones appended tothe
> log in order (so the newest ones are last). > > Thanks for the updated file! We're rerunning several AR2+3 now > with it. > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > The recon-all.log fail indicates that you did not use the > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new > version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard > build > has not gone through since I made the change. I'lltry
> again over > the weekend or on Monday. > doug > > > > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: > > > The last thing I ran was > > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 > > Which still failed. > > We quality check after ar1, so we need to run ar1 > separately > from ar2 and 3. > > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > you need to include the -autorecon3 flag > simultaneously > with the > -autorecon1 and -autorecon2 flags. > > > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: > > > It fails before ar3 runs. > > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > There is no indication in this logfile
> that you ran > autorecon3 > doug > > > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote: > > Here's the log. I ran > mri_add_xform_to_header > after it > failed > again last time and am currently rerunning > AR2+3 on > it, so you > can probably ignore the latest > modifications > to it. > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv > > We're running Mac OSX 10.6.8. > > Thanks, > Erin > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, > Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > Hmmm, I don't know. I think that > something > strange is > happening. > Can you > send me the new recon-all.log > file? Also, > tell me what > platform > you are > using and I'll send you a new > version of > mri_segstats > > doug > > > > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin > Browning wrote: > > Could it be that since weskip
> motioncor, we > skip the > > mri_add_xform_to_header program > as well? > Should I be > running that > > separately? > > > > Thanks, > > Erin Browning > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM, > Erin > Browning > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>> wrote: > > > > Hi Doug-- > > > > Running: > > > > recon-all -s freesurfer > -autorecon2 > -autorecon3 > > > > produced the same error. > Could you > send me > the new > version > of the > > program? > > > > Thanks! > > Erin Browning > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM, > Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > OK, this is a known > problem when > running > recon-all with > > -autorecon1 > > -autorecon2 but not > autorecon3. > If you > run it with > > -autorecon3, then it > > should run all the way > through > without a > problem. > > Alternatively, I can > > give you a new version > of the > offending > program > (mri_segstats) > > that will > > allow you to use just > ar1 and ar2. > > > > doug > > > > > > > > > > On 06/06/2013 03:46 PM, Erin > Browning wrote: > > > Here is the log file. > > > > > > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:43 > PM, Erin > Browning > > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > 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<mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > Yes, it was. I > tried copy and > pasting it > and just > > attaching the > > > log file. Can I > paste urls > here? > I'll just > upload > it to > > pastebin > > > or something like > that. > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013at
> 2:38 PM, > Douglas N > Greve > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
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> recon-all > is too > large. How > > should I send it? > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun > 6, 2013 > at 1:48 PM, > Douglas N Greve > > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > Hi Erin, > thanks for > reposting. > Can you > post the > > > recon-all.log file? > > > > doug > > > > > > > > > > > > On > 06/06/2013 > 02:37 PM, Erin > Browning wrote: > > > > > Hi everyone-- > > > > > > > > > > I emailed > the other > day about > hyperintensity > > after running > > > > motioncor. > > > > > We've skipped > motioncor in our > processing > > now, but we > > > keep getting > > > > > this error > while > running AR2. > > > > > > > > > > \n > mri_ca_register > -invert-and-save > > > > transforms/talairach.m3z \n > > > > > mri passed > volume > size is > different > from the > > one used > > > to create > > > > M3D data > > > > > Loading, > Inverting, > Saving, > Exiting ... > > > > > Reading > transforms/talairach.m3z > > > > > gunzip -c > transforms/talairach.m3z > > > > > InvertingGCAM
> > > > > ERROR: > mri_ca_register > with > non-zero > status 0 > > > > > Darwin > cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> <> <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 > Darwin > Kernel > > > > > Version > 10.8.0: > Tue Jun 7 > 16:33:36 > PDT 2011; > > > > > > root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > > > > recon-all -s > freesurfer exited > with ERRORS > > at Wed Jun 5 > > > > 19:32:56 CDT > 2013 > > > > > > > > > > I tried > rerunning > recon-all -s > freesurfer > > -talairach > > > before running > > > > > AR2, and > that didn't > fix the > error. What's > > going wrong? > > > > > > > > > > Thanks, > > > > > Erin Browning > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer > mailing > list > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422
Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
12:57 p.m.
New subject: AR2 Error
oops, sorry, it should be -nocareginv (NOT -nocareg) doug
On 06/11/2013 12:53 PM, Erin Browning wrote:
Thanks Doug!
On Tue, Jun 11, 2013 at 11:24 AM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Hi Jon, the inverse is actually not something you need. We are going to take it out of recon-all. In the meantime, you can run recon-all with -nogcareg as the last argument, and it should run through (or atleast until the next failure:) doug On 06/11/2013 10:55 AM, Jon Wieser wrote: > hi doug, > I work with Erin, > the problem is occurring at the -careginv stage of -autorecon2 > > > > /BrainLabDocs/Studies/Nicotine_MJ_Ecstasy_Study/data/MRI/N1046/data/freesurfer/mri > \n mri_ca_register -invert-and-save transforms/talairach.m3z \n > mri passed volume size is different from the one used to create M3D data > > Loading, Inverting, Saving, Exiting ... > Reading transforms/talairach.m3z > gunzip -c transforms/talairach.m3z > Inverting GCAM > ERROR: mri_ca_register with non-zero status 0 > Darwin cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 Darwin Kernel Version 10.8.0: Tue Jun 7 16:33:36 PDT 2011; root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > recon-all -s freesurfer exited with ERRORS at Tue Jun 11 09:51:21 CDT 2013 > > > thanks > Jon > > > ----- Original Message ----- > From: "Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > To: "Erin Browning" <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>, Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > Sent: Monday, June 10, 2013 5:10:30 PM > Subject: Re: [Freesurfer] AR2 Error > > > Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the > mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I > might be confused, I answer a lot of emails ... > > doug > > > > On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote: >> I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't >> finished as of when I sent this log. It failed with the same error >> again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with. >> >> Here is the most recent log: >> http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz >> >> Thanks, >> Erin >> >> >> >> On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve >> <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: >> >> There is an error there, but it is different. This one is with >> mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but >> there is >> no error at the end. >> doug >> >> On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: >> > No problem. Here's the log file again. >> > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last >> > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps! >> > >> > >> > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: >> > >> > >> > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me >> > again? it is not a big deal, except that it is not behaving the >> > way I would expect which means that it might be me that is not >> > understanding something. >> > thanks >> > doug >> > >> > >> > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: >> > >> > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed >> > with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran >> > AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it >> several >> > times, so it looks like all the failed ones appended to the >> > log in order (so the newest ones are last). >> > >> > Thanks for the updated file! We're rerunning several >> AR2+3 now >> > with it. >> > >> > >> > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: >> > >> > The recon-all.log fail indicates that you did not >> use the >> > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get >> you a new >> > version of mri_segstats, but it looks like our >> snowleopard >> > build >> > has not gone through since I made the change. I'll try >> > again over >> > the weekend or on Monday. >> > doug >> > >> > >> > >> > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: >> > >> > >> > The last thing I ran was >> > >> > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 >> > >> > Which still failed. >> > >> > We quality check after ar1, so we need to run ar1 >> > separately >> > from ar2 and 3. >> > >> > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: >> > >> > >> > you need to include the -autorecon3 flag >> > simultaneously >> > with the >> > -autorecon1 and -autorecon2 flags. >> > >> > >> > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: >> > >> > >> > It fails before ar3 runs. >> > >> > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: >> > >> > >> > There is no indication in this log file >> > that you ran >> > autorecon3 >> > doug >> > >> > >> > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin >> Browning wrote: >> > >> > Here's the log. I ran >> > mri_add_xform_to_header >> > after it >> > failed >> > again last time and am currently >> rerunning >> > AR2+3 on >> > it, so you >> > can probably ignore the latest >> > modifications >> > to it. >> > >> > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv >> > >> > We're running Mac OSX 10.6.8. >> > >> > Thanks, >> > Erin >> > >> > >> > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, >> > Douglas N Greve >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: >> > >> > Hmmm, I don't know. I think that >> > something >> > strange is >> > happening. >> > Can you >> > send me the new recon-all.log >> > file? Also, >> > tell me what >> > platform >> > you are >> > using and I'll send you a new >> > version of >> > mri_segstats >> > >> > doug >> > >> > >> > >> > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin >> > Browning wrote: >> > > Could it be that since we skip >> > motioncor, we >> > skip the >> > > mri_add_xform_to_header >> program >> > as well? >> > Should I be >> > running that >> > > separately? >> > > >> > > Thanks, >> > > Erin Browning >> > > >> > > >> > > On Fri, Jun 7, 2013 at >> 11:54 AM, >> > Erin >> > Browning >> > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> 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<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>> >> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> 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<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: >> > > >> > > Hi Doug-- >> > > >> > > Running: >> > > >> > > recon-all -s freesurfer >> > -autorecon2 >> > -autorecon3 >> > > >> > > produced the same error. >> > Could you >> > send me >> > the new >> > version >> > of the >> > > program? >> > > >> > > Thanks! >> > > Erin Browning >> > > >> > > >> > > On Thu, Jun 6, 2013 at >> 3:01 PM, >> > Douglas N Greve >> > > >> <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: >> > > >> > > >> > > OK, this is a known >> > problem when >> > running >> > recon-all with >> > > -autorecon1 >> > > -autorecon2 but not >> > autorecon3. >> > If you >> > run it with >> > > -autorecon3, then it >> > > should run all the way >> > through >> > without a >> > problem. >> > > Alternatively, I can >> > > give you a new version >> > of the >> > offending >> > program >> > (mri_segstats) >> > > that will >> > > allow you to use just >> > ar1 and ar2. >> > > >> > > doug >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > On 06/06/2013 >> 03:46 PM, Erin >> > Browning wrote: >> > > > Here is the log file. >> > > > >> > > > >> > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> >> > > > >> > > > Thank you! >> > > > >> > > > >> > > > On Thu, Jun 6, 2013 at >> > 2:43 >> > PM, Erin >> > Browning >> > > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> 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How >> > > should I send it? >> > > > > >> > > > > >> > > > > On Thu, Jun >> > 6, 2013 >> > at 1:48 PM, >> > Douglas N Greve >> > > > > >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>>>> wrote: >> > > > > >> > > > > Hi Erin, >> > thanks for >> > reposting. >> > Can you >> > post the >> > > > recon-all.log file? >> > > > > doug >> > > > > >> > > > > >> > > > > On >> > 06/06/2013 >> > 02:37 PM, Erin >> > Browning wrote: >> > > > > > Hi everyone-- >> > > > > > >> > > > > > I emailed >> > the other >> > day about >> > hyperintensity >> > > after running >> > > > > motioncor. >> > > > > > We've skipped >> > motioncor in our >> > processing >> > > now, but we >> > > > keep getting >> > > > > > this error >> > while >> > running AR2. >> > > > > > >> > > > > > \n >> > mri_ca_register >> > -invert-and-save >> > > > >> > transforms/talairach.m3z \n >> > > > > > mri passed >> > volume >> > size is >> > different >> > from the >> > > one used >> > > > to create >> > > > > M3D data >> > > > > > Loading, >> > Inverting, >> > Saving, >> > Exiting ... >> > > > > > Reading >> > transforms/talairach.m3z >> > > > > > gunzip -c >> > transforms/talairach.m3z >> > > > > > Inverting GCAM >> > > > > > ERROR: >> > mri_ca_register >> > with >> > non-zero >> > status 0 >> > > > > > Darwin >> > cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> <http://cerebrum.uwm.edu> <http://cerebrum.uwm.edu> >> > <http://cerebrum.uwm.edu> >> > <http://cerebrum.uwm.edu> >> > <http://cerebrum.uwm.edu> >> > <http://cerebrum.uwm.edu> >> > > <http://cerebrum.uwm.edu> >> > <http://cerebrum.uwm.edu> >> > > > >> > <http://cerebrum.uwm.edu> >> > > > > >> > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 >> > Darwin >> > Kernel >> > > > > > Version >> > 10.8.0: >> > Tue Jun 7 >> > 16:33:36 >> > PDT 2011; >> > > > > > >> > root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 >> > > > > > recon-all -s >> > freesurfer exited >> > with ERRORS >> > > at Wed Jun 5 >> > > > > 19:32:56 CDT >> > 2013 >> > > > > > >> > > > > > I tried >> > rerunning >> > recon-all -s >> > freesurfer >> > > -talairach >> > > > before running >> > > > > > AR2, and >> > that didn't >> > fix the >> > error. What's >> > > going wrong? >> > > > > > >> > > > > > Thanks, >> > > > > > Erin Browning >> > > > > > >> > > > > > >> > > > > > >> > > > > > >> > _______________________________________________ >> > > > > > Freesurfer >> > mailing >> > list >> > > > > > >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 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>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 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Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . 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Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2
www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
12 Jun
12 Jun
10:41 a.m.
New subject: AR2 Error
hi doug using the -nocareginv option, our autorecon2 finished without error thanks! Jon
----- Original Message ----- From: "Douglas N Greve" greve@nmr.mgh.harvard.edu To: "Erin Browning" brownin8@uwm.edu Cc: "Jon Wieser" wieser@uwm.edu, "freesurfer" freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Sent: Tuesday, June 11, 2013 11:57:12 AM Subject: Re: [Freesurfer] AR2 Error
oops, sorry, it should be -nocareginv (NOT -nocareg) doug
On 06/11/2013 12:53 PM, Erin Browning wrote:
Thanks Doug!
On Tue, Jun 11, 2013 at 11:24 AM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Hi Jon, the inverse is actually not something you need. We are going to take it out of recon-all. In the meantime, you can run recon-all with -nogcareg as the last argument, and it should run through (or atleast until the next failure:) doug On 06/11/2013 10:55 AM, Jon Wieser wrote: > hi doug, > I work with Erin, > the problem is occurring at the -careginv stage of -autorecon2 > > > > /BrainLabDocs/Studies/Nicotine_MJ_Ecstasy_Study/data/MRI/N1046/data/freesurfer/mri > \n mri_ca_register -invert-and-save transforms/talairach.m3z \n > mri passed volume size is different from the one used to create M3D data > > Loading, Inverting, Saving, Exiting ... > Reading transforms/talairach.m3z > gunzip -c transforms/talairach.m3z > Inverting GCAM > ERROR: mri_ca_register with non-zero status 0 > Darwin cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 Darwin Kernel Version 10.8.0: Tue Jun 7 16:33:36 PDT 2011; root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > recon-all -s freesurfer exited with ERRORS at Tue Jun 11 09:51:21 CDT 2013 > > > thanks > Jon > > > ----- Original Message ----- > From: "Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > To: "Erin Browning" <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>, Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > Sent: Monday, June 10, 2013 5:10:30 PM > Subject: Re: [Freesurfer] AR2 Error > > > Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the > mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I > might be confused, I answer a lot of emails ... > > doug > > > > On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote: >> I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't >> finished as of when I sent this log. It failed with the same error >> again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with. >> >> Here is the most recent log: >> http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz >> >> Thanks, >> Erin >> >> >> >> On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve >> <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: >> >> There is an error there, but it is different. This one is with >> mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but >> there is >> no error at the end. >> doug >> >> On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: >> > No problem. Here's the log file again. >> > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last >> > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps! >> > >> > >> > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: >> > >> > >> > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me >> > again? it is not a big deal, except that it is not behaving the >> > way I would expect which means that it might be me that is not >> > understanding something. >> > thanks >> > doug >> > >> > >> > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: >> > >> > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed >> > with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran >> > AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it >> several >> > times, so it looks like all the failed ones appended to the >> > log in order (so the newest ones are last). >> > >> > Thanks for the updated file! We're rerunning several >> AR2+3 now >> > with it. >> > >> > >> > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: >> > >> > The recon-all.log fail indicates that you did not >> use the >> > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get >> you a new >> > version of mri_segstats, but it looks like our >> snowleopard >> > build >> > has not gone through since I made the change. I'll try >> > again over >> > the weekend or on Monday. >> > doug >> > >> > >> > >> > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: >> > >> > >> > The last thing I ran was >> > >> > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 >> > >> > Which still failed. >> > >> > We quality check after ar1, so we need to run ar1 >> > separately >> > from ar2 and 3. >> > >> > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: >> > >> > >> > you need to include the -autorecon3 flag >> > simultaneously >> > with the >> > -autorecon1 and -autorecon2 flags. >> > >> > >> > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: >> > >> > >> > It fails before ar3 runs. >> > >> > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: >> > >> > >> > There is no indication in this log file >> > that you ran >> > autorecon3 >> > doug >> > >> > >> > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin >> Browning wrote: >> > >> > Here's the log. I ran >> > mri_add_xform_to_header >> > after it >> > failed >> > again last time and am currently >> rerunning >> > AR2+3 on >> > it, so you >> > can probably ignore the latest >> > modifications >> > to it. >> > >> > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv >> > >> > We're running Mac OSX 10.6.8. >> > >> > Thanks, >> > Erin >> > >> > >> > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, >> > Douglas N Greve >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: >> > >> > Hmmm, I don't know. I think that >> > something >> > strange is >> > happening. >> > Can you >> > send me the new recon-all.log >> > file? Also, >> > tell me what >> > platform >> > you are >> > using and I'll send you a new >> > version of >> > mri_segstats >> > >> > doug >> > >> > >> > >> > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin >> > Browning wrote: >> > > Could it be that since we skip >> > motioncor, we >> > skip the >> > > mri_add_xform_to_header >> program >> > as well? >> > Should I be >> > running that >> > > separately? >> > > >> > > Thanks, >> > > Erin Browning >> > > >> > > >> > > On Fri, Jun 7, 2013 at >> 11:54 AM, >> > Erin >> > Browning >> > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> 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<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> 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<mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: >> > > >> > > Hi Doug-- >> > > >> > > Running: >> > > >> > > recon-all -s freesurfer >> > -autorecon2 >> > -autorecon3 >> > > >> > > produced the same error. >> > Could you >> > send me >> > the new >> > version >> > of the >> > > program? >> > > >> > > Thanks! >> > > Erin Browning >> > > >> > > >> > > On Thu, Jun 6, 2013 at >> 3:01 PM, >> > Douglas N Greve >> > > >> <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: >> > > >> > > >> > > OK, this is a known >> > problem when >> > running >> > recon-all with >> > > -autorecon1 >> > > -autorecon2 but not >> > autorecon3. >> > If you >> > run it with >> > > -autorecon3, then it >> > > should run all the way >> > through >> > without a >> > problem. >> > > Alternatively, I can >> > > give you a new version >> > of the >> > offending >> > program >> > (mri_segstats) >> > > that will >> > > allow you to use just >> > ar1 and ar2. >> > > >> > > doug >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > On 06/06/2013 >> 03:46 PM, Erin >> > Browning wrote: >> > > > Here is the log file. >> > > > >> > > > >> > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> >> > > > >> > > > Thank you! >> > > > >> > > > >> > > > On Thu, Jun 6, 2013 at >> > 2:43 >> > PM, Erin >> > Browning >> > > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> >> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> >> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> >> 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I >> > tried copy and >> > pasting it >> > and just >> > > attaching the >> > > > log file. Can I >> > paste urls >> > here? >> > I'll just >> > upload >> > it to >> > > pastebin >> > > > or something like >> > that. >> > > > >> > > > >> > > > On Thu, Jun 6, 2013 at >> > 2:38 PM, >> > Douglas N >> > Greve >> > > > >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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Was >> > > > the email >> > kicked back >> > to you? >> > > > >> > > > On 06/06/2013 >> > 03:27 >> > PM, Erin >> > Browning >> > wrote: >> > > > > The log file for >> > recon-all >> > is too >> > large. How >> > > should I send it? >> > > > > >> > > > > >> > > > > On Thu, Jun >> > 6, 2013 >> > at 1:48 PM, >> > Douglas N Greve >> > > > > >> > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> >> > >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> >> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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