11 Jun
2013
11 Jun
'13
10:55 a.m.
hi doug, I work with Erin, the problem is occurring at the -careginv stage of -autorecon2
/BrainLabDocs/Studies/Nicotine_MJ_Ecstasy_Study/data/MRI/N1046/data/freesurfer/mri \n mri_ca_register -invert-and-save transforms/talairach.m3z \n mri passed volume size is different from the one used to create M3D data
Loading, Inverting, Saving, Exiting ... Reading transforms/talairach.m3z gunzip -c transforms/talairach.m3z Inverting GCAM ERROR: mri_ca_register with non-zero status 0 Darwin cerebrum.uwm.edu 10.8.0 Darwin Kernel Version 10.8.0: Tue Jun 7 16:33:36 PDT 2011; root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386
recon-all -s freesurfer exited with ERRORS at Tue Jun 11 09:51:21 CDT 2013
thanks Jon
----- Original Message ----- From: "Douglas N Greve" greve@nmr.mgh.harvard.edu To: "Erin Browning" brownin8@uwm.edu, Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Sent: Monday, June 10, 2013 5:10:30 PM Subject: Re: [Freesurfer] AR2 Error
Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I might be confused, I answer a lot of emails ...
doug
On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote:
I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't finished as of when I sent this log. It failed with the same error again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with.
Here is the most recent log: http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz
Thanks, Erin
On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
There is an error there, but it is different. This one is with mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but there is no error at the end. doug On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: > No problem. Here's the log file again. > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps! > > > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: > > > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me > again? it is not a big deal, except that it is not behaving the > way I would expect which means that it might be me that is not > understanding something. > thanks > doug > > > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: > > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed > with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran > AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it several > times, so it looks like all the failed ones appended to the > log in order (so the newest ones are last). > > Thanks for the updated file! We're rerunning several AR2+3 now > with it. > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > The recon-all.log fail indicates that you did not use the > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new > version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard > build > has not gone through since I made the change. I'll try > again over > the weekend or on Monday. > doug > > > > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: > > > The last thing I ran was > > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 > > Which still failed. > > We quality check after ar1, so we need to run ar1 > separately > from ar2 and 3. > > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > you need to include the -autorecon3 flag > simultaneously > with the > -autorecon1 and -autorecon2 flags. > > > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: > > > It fails before ar3 runs. > > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > There is no indication in this log file > that you ran > autorecon3 > doug > > > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote: > > Here's the log. I ran > mri_add_xform_to_header > after it > failed > again last time and am currently rerunning > AR2+3 on > it, so you > can probably ignore the latest > modifications > to it. > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv > > We're running Mac OSX 10.6.8. > > Thanks, > Erin > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, > Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > Hmmm, I don't know. I think that > something > strange is > happening. > Can you > send me the new recon-all.log > file? Also, > tell me what > platform > you are > using and I'll send you a new > version of > mri_segstats > > doug > > > > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin > Browning wrote: > > Could it be that since we skip > motioncor, we > skip the > > mri_add_xform_to_header program > as well? > Should I be > running that > > separately? > > > > Thanks, > > Erin Browning > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM, > Erin > Browning > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>> wrote: > > > > Hi Doug-- > > > > Running: > > > > recon-all -s freesurfer > -autorecon2 > -autorecon3 > > > > produced the same error. > Could you > send me > the new > version > of the > > program? > > > > Thanks! > > Erin Browning > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM, > Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > OK, this is a known > problem when > running > recon-all with > > -autorecon1 > > -autorecon2 but not > autorecon3. > If you > run it with > > -autorecon3, then it > > should run all the way > through > without a > problem. > > Alternatively, I can > > give you a new version > of the > offending > program > (mri_segstats) > > that will > > allow you to use just > ar1 and ar2. > > > > doug > > > > > > > > > > On 06/06/2013 03:46 PM, Erin > Browning wrote: > > > Here is the log file. > > > > > > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:43 > PM, Erin > Browning > > <brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>> > > > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > Yes, it was. I > tried copy and > pasting it > and just > > attaching the > > > log file. Can I > paste urls > here? > I'll just > upload > it to > > pastebin > > > or something like > that. > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 2:38 PM, > Douglas N > Greve > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > That's weird, people > upload their > recon-all.log > > files all the > > > time. Was > > > the email > kicked back > to you? > > > > > > On 06/06/2013 > 03:27 > PM, Erin > Browning > wrote: > > > > The log file for > recon-all > is too > large. How > > should I send it? > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun > 6, 2013 > at 1:48 PM, > Douglas N Greve > > > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > Hi Erin, > thanks for > reposting. > Can you > post the > > > recon-all.log file? > > > > doug > > > > > > > > > > > > On > 06/06/2013 > 02:37 PM, Erin > Browning wrote: > > > > > Hi everyone-- > > > > > > > > > > I emailed > the other > day about > hyperintensity > > after running > > > > motioncor. > > > > > We've skipped > motioncor in our > processing > > now, but we > > > keep getting > > > > > this error > while > running AR2. > > > > > > > > > > \n > mri_ca_register > -invert-and-save > > > > transforms/talairach.m3z \n > > > > > mri passed > volume > size is > different > from the > > one used > > > to create > > > > M3D data > > > > > Loading, > Inverting, > Saving, > Exiting ... > > > > > Reading > transforms/talairach.m3z > > > > > gunzip -c > transforms/talairach.m3z > > > > > Inverting GCAM > > > > > ERROR: > mri_ca_register > with > non-zero > status 0 > > > > > Darwin > cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 > Darwin > Kernel > > > > > Version > 10.8.0: > Tue Jun 7 > 16:33:36 > PDT 2011; > > > > > > root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > > > > recon-all -s > freesurfer exited > with ERRORS > > at Wed Jun 5 > > > > 19:32:56 CDT > 2013 > > > > > > > > > > I tried > rerunning > recon-all -s > freesurfer > > -talairach > > > before running > > > > > AR2, and > that didn't > fix the > error. What's > > going wrong? > > > > > > > > > > Thanks, > > > > > Erin Browning > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer > mailing > list > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 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Jon Wieser
Research Specialist
UW-Milwaukee
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