Dear colleagues,

as I posted before, we are recently using the freesurfer recon-all command. Here are three different commands we used:

1)# Version 1: Import as DICOM #!/bin/sh -e # Segmentierung mit FreeSurfer. # Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich # dieses Script befindet.

# Verzeichnis der DICOM Daten DCMDIR=../../Daten/DICOM

# Verzeichnis der NIFTI Daten NIIDIR=../../Daten/NIFTI

# Unterverzeichnis der T1 Daten T1DIR=E010Kopf_Studie/M_MPRAGE_sag

cd `dirname $0` export SUBJECTS_DIR=`pwd`

for i in $DCMDIR/3001* ; do ID=`basename $i`

if [ ! -d $i/$T1DIR ] ; then echo "*** $ID: T1 DICOM Bilder nicht gefunden." continue fi

if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde abgebrochen." echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh' löschen." continue fi

if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/$ID/mri/orig/001.mgz ] ; then recon-all -s $ID -i $i/$T1DIR/IM-*-0001.dcm fi

if ! grep -q "CMDARGS -s $ID -all" \ $SUBJECTS_DIR/$ID/scripts/recon-all.done ; then recon-all -s $ID -all fi

done

2)# Version 2: Import as NIFTI in standard orientation #!/bin/sh -e # Segmentierung mit FreeSurfer. # Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich # dieses Script befindet.

# Verzeichnis der DICOM Daten DCMDIR=../../Daten/DICOM

# Verzeichnis der NIFTI Daten NIIDIR=../../Daten/NIFTI

cd `dirname $0` export SUBJECTS_DIR=`pwd`

for i in $NIIDIR/3001*/*_T1_fov.nii.gz ; do DIR=`dirname $i` ID=`basename $DIR`

if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde abgebrochen." echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh' löschen." continue fi

if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/${ID}_2/mri/orig/001.mgz ] ; then recon-all -s ${ID}_2 -i $i fi

if ! grep -q "CMDARGS -s ${ID}_2 -all" \ $SUBJECTS_DIR/${ID}_2/scripts/recon-all.done ; then recon-all -s ${ID}_2 -all fi

done

3) # Version 3: Import as NIFTI.gz #!/bin/sh -e # Segmentierung mit FreeSurfer. # Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich # dieses Script befindet.

# Verzeichnis der DICOM Daten DCMDIR=../../Daten/DICOM

# Verzeichnis der NIFTI Daten NIIDIR=../../Daten/NIFTI

cd `dirname $0` export SUBJECTS_DIR=`pwd`

for i in $NIIDIR/3001*/*_T1.nii.gz ; do DIR=`dirname $i` ID=`basename $DIR`

if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde abgebrochen." echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh' löschen." continue fi

if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/${ID}_3/mri/orig/001.mgz ] ; then recon-all -s ${ID}_3 -i $i fi

if ! grep -q "CMDARGS -s ${ID}_3 -all" \ $SUBJECTS_DIR/${ID}_3/scripts/recon-all.done ; then recon-all -s ${ID}_3 -all fi

done

If you just look at the different output files, they look slightly different (just by looking at it).

Maybe you can help us by trying to find out why the output files are different? Thanks very much in advance!

Best regards, Susanne

______________________________________ Susanne Schell, Dipl.-Psych.

Sektion Störungen der Persönlichkeitsentwicklung Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie Universitätsklinikum Heidelberg

Tel: (+49) - (0)6221-56 35135 e-mail: susanne.schell@med.uni-heidelberg.de