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Fwd: mri_nu_correct.mni options
by Cristian Paz 12 Jun '13

12 Jun '13

Dear Freesurfer List! Does anyone know what the purpose of the flag: mri_nu_correct.mni --i T1.nii --o nuT1.nii *--no-float* as opposed to: mri_nu_correct.mni --i T1.mgz --o nuT1.mgz *--n 2 *? Thank you! Cris ---------- Forwarded message ---------- From: Cristian Paz <pazcristian99(a)gmail.com> Date: 2013/6/12 Subject: Re: [Freesurfer] mri_nu_correct.mni options To: Bruce Fischl <fischl(a)nmr.mgh.harvard.edu> OK, I understand. I am planning to replicate the methods of a study that used mri_nu_correct.mni (probably only on T1) About mri_nu_correct.mni - what is the purpose with the flag: mri_nu_correct.mni --i T1.nii --o nuT1.nii --no-float as opposed to: mri_nu_correct.mni --i T1.mgz --o nuT1.mgz --n 2 ? Thank you! Cris 2013/6/12 Bruce Fischl <fischl(a)nmr.mgh.harvard.edu> > they are different. nu_correct is much gentler and doesn't allow for user > intervention in the way that specifying control points does. You'll need to > mess around to see what is best > > Bruce > On Wed, 12 Jun 2013, Cristian Paz wrote: > > Hi Bruce! >> Thank you! >> >> So I should rather use mri_normalize instead of mri_nu_correct.mni to >> correct for intensity non-uniformity? >> >> >> >> Cheers, >> Cristian >> >> >> >> 2013/6/12 Bruce Fischl <fischl(a)nmr.mgh.harvard.edu> >> Hi Cristian >> >> you can use mri_normalize directly on the T1, but it won't work for >> the T2 unless you specify control points and >> tell it to only use them. There are other (more esoteric) options >> in mri_normalize that you could use. Look at the >> recon-all code for the T2-based dura correction >> >> cheers >> Bruce >> On Wed, 12 Jun 2013, Cristian Paz wrote: >> >> Dear FS'ers. >> >> If I want to do bias correction of T1 and T2 images, without >> necessarily doing a recon-all - >> what are the different options/parameters I can add in the >> command line? >> >> Right now I have been testing : >> >> mri_nu_correct.mni --i <input> --o <output> >> >> and unfortunately the output looks worse than the input. >> >> this wiki page was not too informative with regards to >> options: >> http://ftp.nmr.mgh.harvard.**edu/fswiki/mri_nu_correct.mni<http://ftp.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri_nu_correct.mni> >> . >> >> Thanks in advance! >> >> Kind regards >> Cris >> >> >> >> >> >> >> The information in this e-mail is intended only for the person to whom it >> is >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the >> e-mail >> contains patient information, please contact the Partners Compliance >> HelpLine at >> http://www.partners.org/**complianceline<http://www.partners.org/complianceline>. If the e-mail was sent to you in error >> but does not contain patient information, please contact the sender and >> properly >> dispose of the e-mail. >> >> >> >>

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Base Pial Surface Edits
by David Tate 12 Jun '13

12 Jun '13

We have recently run a set of longitudinal data (FreeSurfer5.3) and are making edits to the base pial surfaces. It is clear that there are two different ways of doing pial edits including: 1. editing the brainmask.mgz and 2. the brain.finalsurfs.mgz. I recognize that they are specific ways to deal with different issues in the surface reconstruction. My question is will the following command (recon-all -base <ID> -autorecon2-pial -autorecon3) pick up both edits in the -base rerun or will you need to make the brainmask.mgz edits, rerun the -base recon command the make brain.finalsufs.mgz edits, rerun the -base command? Thanks, David

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Re: [Freesurfer] AR2 Error
by Douglas N Greve 12 Jun '13

12 Jun '13

Hi Erin, I'm a little confused. Didn't you start the thread with the mri_segstats error saying that it could not find ribbon.mgz? Sorry, I might be confused, I answer a lot of emails ... doug On 06/10/2013 04:55 PM, Erin Browning wrote: > I did run it again after it failed with AR2+AR3 flagged, and it hadn't > finished as of when I sent this log. It failed with the same error > again. The mri_ca_register error is the one I started this thread with. > > Here is the most recent log: > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iapcehz > > Thanks, > Erin > > > > On Mon, Jun 10, 2013 at 2:12 PM, Douglas N Greve > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote: > > There is an error there, but it is different. This one is with > mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but > there is > no error at the end. > doug > > On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote: > > No problem. Here's the log file again. > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last > > iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps! > > > > > > On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: > > > > > > Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me > > again? it is not a big deal, except that it is not behaving the > > way I would expect which means that it might be me that is not > > understanding something. > > thanks > > doug > > > > > > On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote: > > > > I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed > > with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran > > AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it > several > > times, so it looks like all the failed ones appended to the > > log in order (so the newest ones are last). > > > > Thanks for the updated file! We're rerunning several > AR2+3 now > > with it. > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > > > The recon-all.log fail indicates that you did not > use the > > -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get > you a new > > version of mri_segstats, but it looks like our > snowleopard > > build > > has not gone through since I made the change. I'll try > > again over > > the weekend or on Monday. > > doug > > > > > > > > On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote: > > > > > > The last thing I ran was > > > > recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3 > > > > Which still failed. > > > > We quality check after ar1, so we need to run ar1 > > separately > > from ar2 and 3. > > > > On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve" > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > > > > you need to include the -autorecon3 flag > > simultaneously > > with the > > -autorecon1 and -autorecon2 flags. > > > > > > On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote: > > > > > > It fails before ar3 runs. > > > > On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve" > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > > > > There is no indication in this log file > > that you ran > > autorecon3 > > doug > > > > > > On 06/07/2013 02:51 PM, Erin > Browning wrote: > > > > Here's the log. I ran > > mri_add_xform_to_header > > after it > > failed > > again last time and am currently > rerunning > > AR2+3 on > > it, so you > > can probably ignore the latest > > modifications > > to it. > > > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv > > > > We're running Mac OSX 10.6.8. > > > > Thanks, > > Erin > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM, > > Douglas N Greve > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > > > Hmmm, I don't know. I think that > > something > > strange is > > happening. > > Can you > > send me the new recon-all.log > > file? Also, > > tell me what > > platform > > you are > > using and I'll send you a new > > version of > > mri_segstats > > > > doug > > > > > > > > On 06/07/2013 01:14 PM, Erin > > Browning wrote: > > > Could it be that since we skip > > motioncor, we > > skip the > > > mri_add_xform_to_header > program > > as well? > > Should I be > > running that > > > separately? > > > > > > Thanks, > > > Erin Browning > > > > > > > > > On Fri, Jun 7, 2013 at > 11:54 AM, > > Erin > > Browning > > <brownin8(a)uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > Hi Doug-- > > > > > > Running: > > > > > > recon-all -s freesurfer > > -autorecon2 > > -autorecon3 > > > > > > produced the same error. > > Could you > > send me > > the new > > version > > of the > > > program? > > > > > > Thanks! > > > Erin Browning > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > 3:01 PM, > > Douglas N Greve > > > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > OK, this is a known > > problem when > > running > > recon-all with > > > -autorecon1 > > > -autorecon2 but not > > autorecon3. > > If you > > run it with > > > -autorecon3, then it > > > should run all the way > > through > > without a > > problem. > > > Alternatively, I can > > > give you a new version > > of the > > offending > > program > > (mri_segstats) > > > that will > > > allow you to use just > > ar1 and ar2. > > > > > > doug > > > > > > > > > > > > > > > On 06/06/2013 > 03:46 PM, Erin > > Browning wrote: > > > > Here is the log file. > > > > > > > > > > http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9> > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > > 2:43 > > PM, Erin > > Browning > > > <brownin8(a)uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>> > > > > > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu > <mailto:brownin8@uwm.edu>> > > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu> > <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > Yes, it was. I > > tried copy and > > pasting it > > and just > > > attaching the > > > > log file. Can I > > paste urls > > here? > > I'll just > > upload > > it to > > > pastebin > > > > or something like > > that. > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun 6, 2013 at > > 2:38 PM, > > Douglas N > > Greve > > > > > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > That's weird, people > > upload their > > recon-all.log > > > files all the > > > > time. Was > > > > the email > > kicked back > > to you? > > > > > > > > On 06/06/2013 > > 03:27 > > PM, Erin > > Browning > > wrote: > > > > > The log file for > > recon-all > > is too > > large. How > > > should I send it? > > > > > > > > > > > > > > > On Thu, Jun > > 6, 2013 > > at 1:48 PM, > > Douglas N Greve > > > > > > > <greve(a)nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > > Hi Erin, > > thanks for > > reposting. > > Can you > > post the > > > > recon-all.log file? > > > > > doug > > > > > > > > > > > > > > > On > > 06/06/2013 > > 02:37 PM, Erin > > Browning wrote: > > > > > > Hi everyone-- > > > > > > > > > > > > I emailed > > the other > > day about > > hyperintensity > > > after running > > > > > motioncor. > > > > > > We've skipped > > motioncor in our > > processing > > > now, but we > > > > keep getting > > > > > > this error > > while > > running AR2. > > > > > > > > > > > > \n > > mri_ca_register > > -invert-and-save > > > > > > transforms/talairach.m3z \n > > > > > > mri passed > > volume > > size is > > different > > from the > > > one used > > > > to create > > > > > M3D data > > > > > > Loading, > > Inverting, > > Saving, > > Exiting ... > > > > > > Reading > > transforms/talairach.m3z > > > > > > gunzip -c > > transforms/talairach.m3z > > > > > > Inverting GCAM > > > > > > ERROR: > > mri_ca_register > > with > > non-zero > > status 0 > > > > > > Darwin > > cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu> <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> > > > > > > > <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0 > > Darwin > > Kernel > > > > > > Version > > 10.8.0: > > Tue Jun 7 > > 16:33:36 > > PDT 2011; > > > > > > > > root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386 > > > > > > recon-all -s > > freesurfer exited > > with ERRORS > > > at Wed Jun 5 > > > > > 19:32:56 CDT > > 2013 > > > > > > > > > > > > I tried > > rerunning > > recon-all -s > > freesurfer > > > -talairach > > > > before running > > > > > > AR2, and > > that didn't > > fix the > > error. What's > > > going wrong? > > > > > > > > > > > > Thanks, > > > > > > Erin Browning > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > Freesurfer > > mailing > > list > > > > > > > > Freesurfer(a)nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > 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Greve, Ph.D. > MGH-NMR Center > greve(a)nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > Phone Number: 617-724-2358 > Fax: 617-726-7422 > > Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html > <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > Outgoing: > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer(a)nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > The information in this e-mail is intended only for the person to > whom it is > addressed. 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Dimension of brain
by Anupa AV 12 Jun '13

12 Jun '13

Dear FS experts, I'd like to know the fsaverage brain (rendered brain) generated after recon-all analysis is same as that of individuals brain size. I mean is rendered brain developed after recon-all = individual brain?? If not, How much cm/mm away or towards the original brain??

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mri_nu_correct.mni options
by Cristian Paz 12 Jun '13

12 Jun '13

Dear FS'ers. If I want to do bias correction of T1 and T2 images, without necessarily doing a recon-all - what are the different options/parameters I can add in the command line? Right now I have been testing : mri_nu_correct.mni --i <input> --o <output> and unfortunately the output looks worse than the input. this wiki page was not too informative with regards to options: http://ftp.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri_nu_correct.mni. Thanks in advance! Kind regards Cris

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Post Doctoral Position on Multimodal NeuroImaging and Affect Regulation In Depression
by leemon albert 12 Jun '13

12 Jun '13

Applications are invited for full-time employment in the Clinical Affective Neuroimaging Laboratory (CANLAB) of Martin Walter MD PhD, embedded in the Center for Behavioral Brain Sciences, the Leibniz Institute for Neurobiology and the department of psychiatry of the Otto-von-Guericke University. The position requires experience with functional MRI, computational modeling or task designs triggering complex emotional and cognitive interactions. The candidate should have a PhD or equivalent preferably in psychology, psychiatry, biology or neuroscience and should be able to supervise experiments and data analyses in programming platforms. The candidate should be able to perform and coordinate a designated research project within a highly collaborative and interdisciplinary framework and should have experiences in the field of affective neuroimaging. Moreover, a genuine interest in the clinical relevance of current neuroimaging developments is highly appreciated. The Clinical Affective Neuroimaging Laboratory (Head: M. Walter) focuses on high-field imaging of emotional processing. Our main aim is to understand the susceptibility for (ongoing) psychiatric illnesses and our focus is on cognitive-emotional integration, resting state functional MRI and Magnetic Resonance Spectroscopy in both unipolar and bipolar depression and our work includes analyses of other physiological dimensions. Experience of MRI data analysis is therefore necessary and experience in state of the art functional connectivity analysis of non-invasive imaging data is highly desirable. Furthermore, knowledge of modeling approaches to understand abnormal cost- and benefit balance of motivated behavior in affective disorders is would be considered beneficial. The Clinical Affective Neuroimaging Laboratory (Head: M. Walter) focuses on high-field imaging of emotional processing. Our main aim is to understand the susceptibility for (ongoing) psychiatric illnesses and our focus is on cognitive-emotional integration, resting state functional MRI and Magnetic Resonance Spectroscopy in both unipolar and bipolar depression and our work includes analyses of other physiological dimensions. Experience of MRI data analysis is therefore necessary and experience in state of the art functional connectivity analysis of non-invasive imaging data is highly desirable. Furthermore, knowledge of modeling approaches to understand abnormal cost- and benefit balance of motivated behavior in affective disorders is would be considered beneficial. The position is on the TV-L scale for public employees, with scales depending on age and experience. The position runs at least for 2 years. Applications with a cover letter and CV including publication list, or preliminary informal enquiries, may be sent to martin.walter(a)med.ovgu.de or visit www.canlab.de. Please provide a telephone number and times to contact you if you wish an informal discussion. !!! Meet us also personally at the 19th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM), June 16-20, 2013 in Seattle, USA !!!

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Postdoc position at the Research Centre Juelich
by Jacobs H (NP) 12 Jun '13

12 Jun '13

The Cognitive Neuroscience group of the Research Centre Juelich has an open position for a postdoctoral researcher on mapping an modulation networks in Alzheimer's disease. See enclosed document for more information or contact Dr. Heidi Jacobs: h.jacobs(a)fz-juelich.de Best Heidi

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How does freesurfer take the individual landmarks of different regions take into acccount
by Klein, Holger 11 Jun '13

11 Jun '13

Dear Bruce et al., Submitting a paper in which I use freesurfer for the analysis of the auditory cortex, I was asked how freesurfer actually takes individual boundaries (e.g. of Heschl's gyrus) into account? Both atlases (Desikan and Destrieux) are based on about 10-20 subjects. How are these boundaries transferred to other subjects? As far as I understood the description of freesurfer there aren't any templates (or some kind of masks) which are put on the subjects to analyse. What's the "secret" or principle behind the individual analysis to receive reliable data for every ROI of every subject (in a nutshell)? Thanks in advance, best wishes, Holger

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How to measure the surface dimension in a mask image after mri_glmfit?
by Glen Lee 11 Jun '13

11 Jun '13

Dear freesurfer users I'm wondering if there is any way of figuring out the surface size within a mask image (mask.mgh) which is generated after running a group-level GLM analysis (2nd RFX) using mri_glmfit. As I'm thinking, this may be: number of vertex by dimension of one vertex (1mm). But I could be wrong and let me know if anyone knows the solution. -Glen fyi) the group analysis was performed in freesurfer sym space.

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Cross-sectional v5.1 vs. Longitudinal v4.4
by MCLAREN, Donald 11 Jun '13

11 Jun '13

Dear All, If I had to choose between longitudinal processing v4.4 or cross-sectional processing v5.1 for analyzing longitudinal data, what processing stream should I choose? Best Regards, Donald McLaren ================= D.G. McLaren, Ph.D. Research Fellow, Department of Neurology, Massachusetts General Hospital and Harvard Medical School Postdoctoral Research Fellow, GRECC, Bedford VA Website: http://www.martinos.org/~mclaren Office: (773) 406-2464 ===================== This e-mail contains CONFIDENTIAL INFORMATION which may contain PROTECTED HEALTHCARE INFORMATION and may also be LEGALLY PRIVILEGED and which is intended only for the use of the individual or entity named above. If the reader of the e-mail is not the intended recipient or the employee or agent responsible for delivering it to the intended recipient, you are hereby notified that you are in possession of confidential and privileged information. Any unauthorized use, disclosure, copying or the taking of any action in reliance on the contents of this information is strictly prohibited and may be unlawful. If you have received this e-mail unintentionally, please immediately notify the sender via telephone at (773) 406-2464 or email.

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