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Dear all,
I am running the mri_segment_hypothalamic_subunits module on a longitudinal
dataset. As a quality control step, I have been removing those subjects for
whom the output volume of any subunit is exactly zero, assuming that the
segmentation failed for those cases.
I have run this with FreeSurfer versions 7.2.0 (with the --threads flag
enabled to 4) and 7.4.1 (without the --threads flag, as it caused the
process to fail).
From my 1,732 subjects, using the exclusion criteria of zero-volume in any
subunit:
-
With version 7.2.0, I had to exclude about 17% of subjects.
-
With version 7.4.1, this number jumps to 72%.
My question is: why is the latest version (7.4.1) producing so many 0 in
some subunits? I’ve seen that some changes were introduced to this module
in version 7.3.2.
I believe this issue might be related to the following thread on the
mailing list:
https://secure-web.cisco.com/1XkIk65tX0PeiP2O9MZLgv1T5LO0ub4C7O1QmkU5Ce9f356...
As additional information, we are running over ubuntu (24.04.2). The
version 7.2.0 was installed with the deb installer and the version 7.4.1was
the compiled one (tar.gz). The subunits with more 0 values are the
anterior-inferior, posterior, and anterior-superior but also we found 0 in
the tubular subunits,
Many thanks for your help!
Sincerely,
*María Paternina Die*
*Grupo de Neuroimagen, *
*Hospital General Universitario Gregorio Marañón,*
*Madrid, Spain*
*Google Scholar: María Paternina-Die*
*Website:https://secure-web.cisco.com/1g00gucsTRfBUHoFwCMckaiWl-XXgR4anWnA0N2hNTMX1Oy... https://secure-web.cisco.com/18fzi4Ql2j271hl0quVZhU9HPdWC0xf-x7Zs8qwrDJzvsROLjyOzxZFgEZyFV9xEgbObRA1SnqtFfDW1CLkOzDLuz4krJHZoHWH9IyoNnCR-rdlwBaBtxkDWz_9mWFq0tZHVpfF5CFpfcLBO27mLc7qngo3F5-8B2zLcXguWmETb53Wm2zGP784MU4u2Pf4brGnMlBsQenF2K8yQtofEpcN_0OuPGSfO9sbSVcqgA01uE97VsTj2G1ISV-lQkUGwX_wZTQmavJWwVtew_LItaoT_RQwyv6c6ZT0mTtYXbsTWFVZNHZP9FaExMXsZY2Kdx/https%3A%2F%2Fneuromaternal.es%2F*
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