Dear María, Sorry for the slow response; I’m currently travelling. Would you be willing to share with us a case, that gives different results under the 2 versions? Either way: did you use the “FreeSurfer subject” or “Any T1 scan” mode? Cheers, /Eugenio

-- Juan Eugenio Iglesias http://www.jeiglesias.com

From: freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Maria Paternina Die mpaternina@hggm.es Date: Wednesday, April 9, 2025 at 5:03 AM To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: [Freesurfer] Hypothalamic subunits segmentation yields different results in versions 7.2.0 and 7.4.1

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Dear all,

I am running the mri_segment_hypothalamic_subunits module on a longitudinal dataset. As a quality control step, I have been removing those subjects for whom the output volume of any subunit is exactly zero, assuming that the segmentation failed for those cases.

I have run this with FreeSurfer versions 7.2.0 (with the --threads flag enabled to 4) and 7.4.1 (without the --threads flag, as it caused the process to fail). From my 1,732 subjects, using the exclusion criteria of zero-volume in any subunit:

* With version 7.2.0, I had to exclude about 17% of subjects. * With version 7.4.1, this number jumps to 72%.

My question is: why is the latest version (7.4.1) producing so many 0 in some subunits? I’ve seen that some changes were introduced to this module in version 7.3.2.

I believe this issue might be related to the following thread on the mailing list: MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg77683.htmlhttps://secure-web.cisco.com/1XkIk65tX0PeiP2O9MZLgv1T5LO0ub4C7O1QmkU5Ce9f356sog0aXpzSq5mLm8dc5cO6Eu0a-udgFFYFWzev_qY1m8KovyZj3HyxxpvjXzvM7gDCjYAaZ9PcBT_l0Mh_Yh4o-FFRQURZI9pJpM5y0tg7Ko4CdqR1i60QOgjPPXZ033gxgWrs14N0--it11KoT2N08ai2hQJEjIvjOYny9awkjGWdVPPVcfjPpjIi9AdizOI_vcnh0x1TalmDO3ds727VZpFht167ZOsC12a1z6fkZiBNm1_1G_A9XnzY7S8ye2HAHA5qdA4Q5LjWsmc_m8Me5XONML6Gc93FKhX2ZrQ/https%3A%2F%2Fwww.mail-archive.com%2Ffreesurfer%40nmr.mgh.harvard.edu%2Fmsg77683.html

As additional information, we are running over ubuntu (24.04.2). The version 7.2.0 was installed with the deb installer and the version 7.4.1was the compiled one (tar.gz). The subunits with more 0 values are the anterior-inferior, posterior, and anterior-superior but also we found 0 in the tubular subunits,

Many thanks for your help!

Sincerely,

María Paternina Die Grupo de Neuroimagen, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Madrid, Spain Google Scholar: María Paternina-Die Website:MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be https://neuromaternal.eshttps://secure-web.cisco.com/18fzi4Ql2j271hl0quVZhU9HPdWC0xf-x7Zs8qwrDJzvsROLjyOzxZFgEZyFV9xEgbObRA1SnqtFfDW1CLkOzDLuz4krJHZoHWH9IyoNnCR-rdlwBaBtxkDWz_9mWFq0tZHVpfF5CFpfcLBO27mLc7qngo3F5-8B2zLcXguWmETb53Wm2zGP784MU4u2Pf4brGnMlBsQenF2K8yQtofEpcN_0OuPGSfO9sbSVcqgA01uE97VsTj2G1ISV-lQkUGwX_wZTQmavJWwVtew_LItaoT_RQwyv6c6ZT0mTtYXbsTWFVZNHZP9FaExMXsZY2Kdx/https%3A%2F%2Fneuromaternal.es%2F

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