Hi Bruce, hi Srishti,
I have exactly the same problem with several subjects rerunning recon-all and there was sufficient memory available. I also tried out the last command directly which resulted in the same error log.
mri_normalize -f /home/anna/FREESURFER/00_DATA_MABT1T2/02a_MABT1T2_cross_ edits_transfer/rreruncrosstest_cp17/22275_T1_fs_edit/tmp/control.dat -mprage -aseg aseg.presurf.mgz -mask brainmask.mgz norm.mgz brain.mgz
Attached you can find the input file.
Thank you and best, Anna 22275_T1_fs_edit.zip https://drive.google.com/file/d/1e2KqrnJa56G7Nza9aROpXHM61tjPqnvH/view?usp=drive_web
can you email us the input file and the full command line you ran? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote:
So it gave this error:
3d normalization pass 1 of 2
white matter peak found at 110
HISTOalloc(-2147483648): could not allocate histogram
Cannot allocate memory
Best, Srishti Social/Clinical Research Specialist Child Imaging Research and Life Experiences Lab University of North Carolina at Chapel Hill email (W): srishtig@email.unc.edu skype: srishti.goel12
On Thu, Apr 5, 2018 at 12:43 PM, Bruce Fischl <
fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
let's see if it works. If it does, you should be able to run recon-all -s SUBJID -make all cheers Bruce On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: Should I re-run the recon-all after running the last commandfrom recon-all.cmd?
Best, Srishti Social/Clinical Research Specialist Child Imaging Research and Life Experiences Lab University of North Carolina at Chapel Hill email (W): srishtig@email.unc.edu skype: srishti.goel12 On Thu, Apr 5, 2018 at 12:31 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
? ? ? Hi Srishti ? ? ? if you look in the subject's scripts dir there shouldbe a file named "recon-all.cmd". Try
rerunning the last ? ? ? command in it (probably from the mri dir) ? ? ? cheers ? ? ? Bruce ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: ? ? ? ? ? ? I am sorry, I am not sure what do you mean byrunning the command line directly?
? ? ? ? ? ? I use the following command: ? ? ? ? ? ? sbatch --mem 2200 -t 6-00:00 --mail-type END--mail-user srishtig@email.unc.edu --wrap
"export ? ? ? ? ? ? SUBJECTS_DIR=/proj/hng/sheridanlab/freeSurfer/DukeYAS/Freesurfer_out/; recon-all -s 13166
? ? ? ? ? ? -autorecon2-cp -autorecon3 -nowmsa" ? ? ? ? ? ? where sbatch..... until export is our localserver submission command and I run this
command from the ? ? ? ? ? ? command line itself, not ? ? ? ? ? ? using any script. ? ? ? ? ? ? Best, ? ? ? ? ? ? Srishti ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life Experiences Lab ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at Chapel Hill ? ? ? ? ? ? email (W): srishtig@email.unc.edu ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12 ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:24 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
? ? ? ? ? ? ? ? ? if you run the command that failed againon the command line directly (that is, not
in ? ? ? ? ? ? recon-all) does it fail ? ? ? ? ? ? ? ? ? again? ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Bruce, ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The machine definitely hasn't runout of memory. Here is the memory usage
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? from recon-all.log ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?total ? ? ? ? ?? ?used ? ? ? ?free ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? shared ?buff/cache ? available ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Mem: ? ? ?263726968 ? ?34330048 ?152102696 ? ? ? 12944 ? ?77294224 ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 191963372 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Swap: ? ? ? 2097148 ? ? ? ? ? 0 ? ?? ? ? ? 2097148
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best, ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and LifeExperiences Lab
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? University of North Carolina atChapel Hill
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? email (W): srishtig@email.unc.edu ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:16 PM,Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? wrote: ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Srishti ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? are you sure that your machinedidn't just run out of memory?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The recon-all.log fileincludes the amount of free (and total)
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? memory at the time the processwas started.
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cheers ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Bruce ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?On Thu, 5 Apr 2018, srishtigoel wrote:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi, ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? I have been trying toedit structural brains and
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? very few times I wouldget the following error while
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? running recon-all -s ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? subjID ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? white matter peak foundat 110
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cannot allocate memory ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Upon looking at thearchive, there was only one
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? similar issue and it wasrecommend to check mri_info
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? as the brain mask might ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? have been corrupted. Idid that and here is the
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? output: ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Volume information forbrainmask.mgz
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: MGH ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? dimensions: 256 x256 x 256
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? voxel sizes:1.000000, 1.000000, 1.000000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: UCHAR (0) ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? fov: 256.000 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? dof: 0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xstart: -128.0,xend: 128.0
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ystart: -128.0,yend: 128.0
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? zstart: -128.0,zend: 128.0
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? TR: 0.00msec, TE: 0.00 msec, TI: 0.00
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? msec, flip angle: 0.00degrees
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? nframes: 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? PhEncDir: UNKNOWN ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? FieldStrength:0.000000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras xform present ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xform info: x_r =?-1.0000, y_r = ? 0.0000, z_r
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_r =? ?-1.0000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_a = ?0.0000, y_a = ? 0.0000, z_a
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 1.0000, c_a =? ?37.5000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_s = ?0.0000, y_s =? -1.0000, z_s
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_s = ? ?4.7185
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? talairach xfm ? ? ? ? ? ? :/pine/scr/s/r/srishtig/Duke_Test/Freesurfer_out/11039/mri/transforms/talair
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ach.xfm ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Orientation ? : LIA ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Primary Slice Direction:coronal
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel to ras transform: ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000 ?0.0000 ? 0.0000 ? 127.0000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ?0.0000 ? 1.0000 ? -90.5000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000?-1.0000 ? 0.0000 ? 132.7185
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ?0.0000 ? 0.0000 ? ? 1.0000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel-to-ras determinant-1
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras to voxel transform: ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000?-0.0000? -0.0000 ? 127.0000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000?-0.0000? -1.0000 ? 132.7185
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000 ?1.0000? -0.0000? ? 90.5000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000?-0.0000? -0.0000 ? ? 1.0000
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Is there any other wayto resolve this issue than
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? reconstruction the brainagain and doing all the
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? edits all over againhoping
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? that the?brain mask doesnot get corrupted this
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? time? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Appreciate any help withthis.
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best, ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ______________________________
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