External Email - Use Caution
Dear Douglas,
Thank you for answering. The problem was in the subjects.txt file. It was bad configurated. Once I solved this problem, things went smoothly.
Kind regards,
Rosalia
____________________________________________________________________________ Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
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El mar, 15 abr 2025, 19:22, Douglas N. Greve dgreve@mgh.harvard.edu escribió:
First of all, can you confirm that that file exists and is readable by you?
On 3/28/2025 2:31 PM, Rosalia Dacosta Aguayo wrote:
External Email - Use CautionOk,
I found the problem, but now when I run in the terminal is telling me that a file is missing and the file is not missing. What should I do?
aparcstats2table --hemi rh --subjectsfile subjects.txt --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt SUBJECTS_DIR : /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI Parsing the .stats files
*ERROR: Cannot find stats file /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats/rh.aparc.stats*
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$ ls aseg.stats lh.BA_exvivo.thresh.stats rh.BA_exvivo.stats brainvol.stats lh.curv.stats rh.BA_exvivo.thresh.stats lh.aparc.a2009s.stats lh.w-g.pct.stats rh.curv.stats lh.aparc.DKTatlas.stats rh.aparc.a2009s.stats rh.w-g.pct.stats lh.aparc.pial.stats rh.aparc.DKTatlas.stats subjects.txt lh.aparc.stats rh.aparc.pial.stats wmparc.stats lh.BA_exvivo.stats *rh.aparc.stats* rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$
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On Fri, Mar 28, 2025 at 7:13 PM Rosalia Dacosta Aguayo < rdacostaa@gmail.com> wrote:
Dear Freesurfer team,
I am having a trouble with aparcstats2table I have never seen before and I do not know how to solve it.
I have run it with --help and still I don't quite understand it.
Any help would be appreciated.
Kind regards,
Rosie
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ aparcstats2table --hemi rh --subjects sub-012_ses-BSL sub-012_ses-FU1 sub-012_ses-FU2 sub-013_ses-BSL sub-013_ses-FU1 sub-013_ses-FU2 sub-014_ses-BSL sub-014_ses-FU1 sub-014_ses-FU2 sub-015_ses-BSL sub-015_ses-FU1 sub-015_ses-FU2 sub-016_ses-BSL sub-017_ses-BSL sub-017_ses-FU1 sub-017_ses-FU2 sub-019_ses-BSL sub-019_ses-FU1 sub-019_ses-FU2 sub-020_ses-BSL sub-020_ses-FU1 sub-020_ses-FU2 sub-021_ses-BSL sub-021_ses-FU1 sub-021_ses-FU2 sub-022_ses-BSL sub-022_ses-FU1 sub-022_ses-FU2 sub-023_ses-BSL sub-023_ses-FU1 sub-023_ses-FU2 sub-024_ses-BSL sub-024_ses-FU1 sub-024_ses-FU2 sub-025_ses-BSL sub-028_ses-BSL sub-028_ses-FU1 sub-029_ses-BSL sub-029_ses-FU1 sub-029_ses-FU2 sub-030_ses-BSL sub-030_ses-FU1 sub-030_ses-FU2 sub-031_ses-BSL sub-031_ses-FU1 sub-031_ses-FU2 sub-032_ses-BSL sub-032_ses-FU2 sub-033_ses-BSL sub-033_ses-FU1 sub-033_ses-FU2 sub-034_ses-BSL sub-034_ses-FU1 sub-035_ses-BSL sub-035_ses-FU1 sub-035_ses-FU2 sub-036_ses-BSL sub-036_ses-FU1 sub-036_ses-FU2 sub-037_ses-BSL sub-038_ses-BSL sub-038_ses-FU1 sub-038_ses-FU2 sub-039_ses-BSL sub-039_ses-FU1 sub-039_ses-FU2 sub-040_ses-BSL sub-040_ses-FU1 sub-040_ses-FU2 sub-041_ses-BSL sub-041_ses-FU1 sub-041_ses-FU2 sub-042_ses-BSL sub-042_ses-FU1 sub-043_ses-BSL sub-044_ses-BSL sub-045_ses-BSL sub-046_ses-BSL sub-046_ses-FU1 sub-046_ses-FU2 sub-047_ses-BSL sub-047_ses-FU1 sub-047_ses-FU2 sub-048_ses-BSL sub-051_ses-BSL sub-051_ses-FU1 sub-051_ses-FU2 sub-053_ses-BSL sub-054_ses-BSL sub-054_ses-FU1 sub-054_ses-FU2 sub-055_ses-BSL sub-055_ses-FU1 sub-056_ses-BSL sub-056_ses-FU1 sub-056_ses-FU2 sub-057_ses-BSL sub-058_ses-BSL sub-058_ses-FU1 sub-058_ses-FU2 sub-059_ses-BSL sub-060_ses-BSL sub-060_ses-FU1 sub-060_ses-FU2 sub-061_ses-BSL sub-061_ses-FU1 sub-061_ses-FU2 sub-062_ses-BSL sub-062_ses-FU2 sub-063_ses-BSL sub-064_ses-BSL sub-064_ses-FU1 sub-064_ses-FU2 sub-065_ses-BSL sub-065_ses-FU1 sub-065_ses-FU2 sub-067_ses-BSL sub-068_ses-BSL sub-068_ses-FU1 sub-068_ses-FU2 sub-069_ses-BSL sub-070_ses-BSL sub-070_ses-FU1 sub-070_ses-FU2 sub-071_ses-BSL sub-072_ses-BSL sub-072_ses-FU1 sub-072_ses-FU2 sub-073_ses-BSL sub-074_ses-BSL sub-074_ses-FU1 sub-074_ses-FU2 sub-075_ses-BSL sub-075_ses-FU1 sub-075_ses-FU2 sub-076_ses-BSL sub-077_ses-BSL sub-077_ses-FU1 sub-077_ses-FU2 sub-078_ses-BSL sub-079_ses-BSL sub-079_ses-FU1 sub-079_ses-FU2 sub-080_ses-BSL sub-080_ses-FU1 sub-080_ses-FU2 sub-081_ses-BSL sub-082_ses-BSL sub-082_ses-FU1 sub-082_ses-FU2 sub-083_ses-FU1 sub-083_ses-FU2 sub-084_ses-BSL sub-084_ses-FU1 sub-084_ses-FU2 sub-085_ses-BSL sub-085_ses-FU1 sub-085_ses-FU2 sub-086_ses-BSL sub-086_ses-FU1 sub-086_ses-FU2 sub-087_ses-BSL sub-087_ses-FU1 sub-087_ses-FU2 sub-088_ses-BSL sub-088_ses-FU1 sub-088_ses-FU2 sub-089_ses-BSL sub-089_ses-FU1 sub-089_ses-FU2 sub-090_ses-BSL --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt *ERROR: Specify one of --subjects, --subjectsfile --qdec or --qdec-long* or run with --help for help.
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