External Email - Use Caution
Dear Freesurfer team,
I am having a trouble with aparcstats2table I have never seen before and I do not know how to solve it.
I have run it with --help and still I don't quite understand it.
Any help would be appreciated.
Kind regards,
Rosie
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ aparcstats2table --hemi rh --subjects sub-012_ses-BSL sub-012_ses-FU1 sub-012_ses-FU2 sub-013_ses-BSL sub-013_ses-FU1 sub-013_ses-FU2 sub-014_ses-BSL sub-014_ses-FU1 sub-014_ses-FU2 sub-015_ses-BSL sub-015_ses-FU1 sub-015_ses-FU2 sub-016_ses-BSL sub-017_ses-BSL sub-017_ses-FU1 sub-017_ses-FU2 sub-019_ses-BSL sub-019_ses-FU1 sub-019_ses-FU2 sub-020_ses-BSL sub-020_ses-FU1 sub-020_ses-FU2 sub-021_ses-BSL sub-021_ses-FU1 sub-021_ses-FU2 sub-022_ses-BSL sub-022_ses-FU1 sub-022_ses-FU2 sub-023_ses-BSL sub-023_ses-FU1 sub-023_ses-FU2 sub-024_ses-BSL sub-024_ses-FU1 sub-024_ses-FU2 sub-025_ses-BSL sub-028_ses-BSL sub-028_ses-FU1 sub-029_ses-BSL sub-029_ses-FU1 sub-029_ses-FU2 sub-030_ses-BSL sub-030_ses-FU1 sub-030_ses-FU2 sub-031_ses-BSL sub-031_ses-FU1 sub-031_ses-FU2 sub-032_ses-BSL sub-032_ses-FU2 sub-033_ses-BSL sub-033_ses-FU1 sub-033_ses-FU2 sub-034_ses-BSL sub-034_ses-FU1 sub-035_ses-BSL sub-035_ses-FU1 sub-035_ses-FU2 sub-036_ses-BSL sub-036_ses-FU1 sub-036_ses-FU2 sub-037_ses-BSL sub-038_ses-BSL sub-038_ses-FU1 sub-038_ses-FU2 sub-039_ses-BSL sub-039_ses-FU1 sub-039_ses-FU2 sub-040_ses-BSL sub-040_ses-FU1 sub-040_ses-FU2 sub-041_ses-BSL sub-041_ses-FU1 sub-041_ses-FU2 sub-042_ses-BSL sub-042_ses-FU1 sub-043_ses-BSL sub-044_ses-BSL sub-045_ses-BSL sub-046_ses-BSL sub-046_ses-FU1 sub-046_ses-FU2 sub-047_ses-BSL sub-047_ses-FU1 sub-047_ses-FU2 sub-048_ses-BSL sub-051_ses-BSL sub-051_ses-FU1 sub-051_ses-FU2 sub-053_ses-BSL sub-054_ses-BSL sub-054_ses-FU1 sub-054_ses-FU2 sub-055_ses-BSL sub-055_ses-FU1 sub-056_ses-BSL sub-056_ses-FU1 sub-056_ses-FU2 sub-057_ses-BSL sub-058_ses-BSL sub-058_ses-FU1 sub-058_ses-FU2 sub-059_ses-BSL sub-060_ses-BSL sub-060_ses-FU1 sub-060_ses-FU2 sub-061_ses-BSL sub-061_ses-FU1 sub-061_ses-FU2 sub-062_ses-BSL sub-062_ses-FU2 sub-063_ses-BSL sub-064_ses-BSL sub-064_ses-FU1 sub-064_ses-FU2 sub-065_ses-BSL sub-065_ses-FU1 sub-065_ses-FU2 sub-067_ses-BSL sub-068_ses-BSL sub-068_ses-FU1 sub-068_ses-FU2 sub-069_ses-BSL sub-070_ses-BSL sub-070_ses-FU1 sub-070_ses-FU2 sub-071_ses-BSL sub-072_ses-BSL sub-072_ses-FU1 sub-072_ses-FU2 sub-073_ses-BSL sub-074_ses-BSL sub-074_ses-FU1 sub-074_ses-FU2 sub-075_ses-BSL sub-075_ses-FU1 sub-075_ses-FU2 sub-076_ses-BSL sub-077_ses-BSL sub-077_ses-FU1 sub-077_ses-FU2 sub-078_ses-BSL sub-079_ses-BSL sub-079_ses-FU1 sub-079_ses-FU2 sub-080_ses-BSL sub-080_ses-FU1 sub-080_ses-FU2 sub-081_ses-BSL sub-082_ses-BSL sub-082_ses-FU1 sub-082_ses-FU2 sub-083_ses-FU1 sub-083_ses-FU2 sub-084_ses-BSL sub-084_ses-FU1 sub-084_ses-FU2 sub-085_ses-BSL sub-085_ses-FU1 sub-085_ses-FU2 sub-086_ses-BSL sub-086_ses-FU1 sub-086_ses-FU2 sub-087_ses-BSL sub-087_ses-FU1 sub-087_ses-FU2 sub-088_ses-BSL sub-088_ses-FU1 sub-088_ses-FU2 sub-089_ses-BSL sub-089_ses-FU1 sub-089_ses-FU2 sub-090_ses-BSL --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt *ERROR: Specify one of --subjects, --subjectsfile --qdec or --qdec-long* or run with --help for help.
____________________________________________________________________________ Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
Este mensaje, y los ficheros adjuntos que pueda incluir, puede contener información confidencial o legalmente protegida y está exclusivamente dirigido a la persona o entidad destinataria. Si usted no consta como destinatario final ni es la persona encargada de recibirlo, no está autorizado a leerlo, retenerlo, modificarlo, distribuirlo o copiarlo, ni a revelar su contenido. Si lo ha recibido por error, informe de ello al remitente y elimine del sistema tanto el mensaje como los ficheros adjuntos que pueda contener.
This email message and any attachments it carries may contain confidential or legally protected material and are intended solely for the individual or organization to whom they are addressed. If you are not the intended recipient of this message or the person responsible for processing it, then you are not authorized to read, save, modify, send, copy or disclose any part of it. If you have received the message by mistake, please inform the sender of this and eliminate the message and any attachments it carries from your account.
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Ok,
I found the problem, but now when I run in the terminal is telling me that a file is missing and the file is not missing. What should I do?
aparcstats2table --hemi rh --subjectsfile subjects.txt --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt SUBJECTS_DIR : /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI Parsing the .stats files
*ERROR: Cannot find stats file /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats/rh.aparc.stats*
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$ ls aseg.stats lh.BA_exvivo.thresh.stats rh.BA_exvivo.stats brainvol.stats lh.curv.stats rh.BA_exvivo.thresh.stats lh.aparc.a2009s.stats lh.w-g.pct.stats rh.curv.stats lh.aparc.DKTatlas.stats rh.aparc.a2009s.stats rh.w-g.pct.stats lh.aparc.pial.stats rh.aparc.DKTatlas.stats subjects.txt lh.aparc.stats rh.aparc.pial.stats wmparc.stats lh.BA_exvivo.stats *rh.aparc.stats* rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$
____________________________________________________________________________ Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
Este mensaje, y los ficheros adjuntos que pueda incluir, puede contener información confidencial o legalmente protegida y está exclusivamente dirigido a la persona o entidad destinataria. Si usted no consta como destinatario final ni es la persona encargada de recibirlo, no está autorizado a leerlo, retenerlo, modificarlo, distribuirlo o copiarlo, ni a revelar su contenido. Si lo ha recibido por error, informe de ello al remitente y elimine del sistema tanto el mensaje como los ficheros adjuntos que pueda contener.
This email message and any attachments it carries may contain confidential or legally protected material and are intended solely for the individual or organization to whom they are addressed. If you are not the intended recipient of this message or the person responsible for processing it, then you are not authorized to read, save, modify, send, copy or disclose any part of it. If you have received the message by mistake, please inform the sender of this and eliminate the message and any attachments it carries from your account.
On Fri, Mar 28, 2025 at 7:13 PM Rosalia Dacosta Aguayo rdacostaa@gmail.com wrote:
Dear Freesurfer team,
I am having a trouble with aparcstats2table I have never seen before and I do not know how to solve it.
I have run it with --help and still I don't quite understand it.
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Kind regards,
Rosie
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ aparcstats2table --hemi rh --subjects sub-012_ses-BSL sub-012_ses-FU1 sub-012_ses-FU2 sub-013_ses-BSL sub-013_ses-FU1 sub-013_ses-FU2 sub-014_ses-BSL sub-014_ses-FU1 sub-014_ses-FU2 sub-015_ses-BSL sub-015_ses-FU1 sub-015_ses-FU2 sub-016_ses-BSL sub-017_ses-BSL sub-017_ses-FU1 sub-017_ses-FU2 sub-019_ses-BSL sub-019_ses-FU1 sub-019_ses-FU2 sub-020_ses-BSL sub-020_ses-FU1 sub-020_ses-FU2 sub-021_ses-BSL sub-021_ses-FU1 sub-021_ses-FU2 sub-022_ses-BSL sub-022_ses-FU1 sub-022_ses-FU2 sub-023_ses-BSL sub-023_ses-FU1 sub-023_ses-FU2 sub-024_ses-BSL sub-024_ses-FU1 sub-024_ses-FU2 sub-025_ses-BSL sub-028_ses-BSL sub-028_ses-FU1 sub-029_ses-BSL sub-029_ses-FU1 sub-029_ses-FU2 sub-030_ses-BSL sub-030_ses-FU1 sub-030_ses-FU2 sub-031_ses-BSL sub-031_ses-FU1 sub-031_ses-FU2 sub-032_ses-BSL sub-032_ses-FU2 sub-033_ses-BSL sub-033_ses-FU1 sub-033_ses-FU2 sub-034_ses-BSL sub-034_ses-FU1 sub-035_ses-BSL sub-035_ses-FU1 sub-035_ses-FU2 sub-036_ses-BSL sub-036_ses-FU1 sub-036_ses-FU2 sub-037_ses-BSL sub-038_ses-BSL sub-038_ses-FU1 sub-038_ses-FU2 sub-039_ses-BSL sub-039_ses-FU1 sub-039_ses-FU2 sub-040_ses-BSL sub-040_ses-FU1 sub-040_ses-FU2 sub-041_ses-BSL sub-041_ses-FU1 sub-041_ses-FU2 sub-042_ses-BSL sub-042_ses-FU1 sub-043_ses-BSL sub-044_ses-BSL sub-045_ses-BSL sub-046_ses-BSL sub-046_ses-FU1 sub-046_ses-FU2 sub-047_ses-BSL sub-047_ses-FU1 sub-047_ses-FU2 sub-048_ses-BSL sub-051_ses-BSL sub-051_ses-FU1 sub-051_ses-FU2 sub-053_ses-BSL sub-054_ses-BSL sub-054_ses-FU1 sub-054_ses-FU2 sub-055_ses-BSL sub-055_ses-FU1 sub-056_ses-BSL sub-056_ses-FU1 sub-056_ses-FU2 sub-057_ses-BSL sub-058_ses-BSL sub-058_ses-FU1 sub-058_ses-FU2 sub-059_ses-BSL sub-060_ses-BSL sub-060_ses-FU1 sub-060_ses-FU2 sub-061_ses-BSL sub-061_ses-FU1 sub-061_ses-FU2 sub-062_ses-BSL sub-062_ses-FU2 sub-063_ses-BSL sub-064_ses-BSL sub-064_ses-FU1 sub-064_ses-FU2 sub-065_ses-BSL sub-065_ses-FU1 sub-065_ses-FU2 sub-067_ses-BSL sub-068_ses-BSL sub-068_ses-FU1 sub-068_ses-FU2 sub-069_ses-BSL sub-070_ses-BSL sub-070_ses-FU1 sub-070_ses-FU2 sub-071_ses-BSL sub-072_ses-BSL sub-072_ses-FU1 sub-072_ses-FU2 sub-073_ses-BSL sub-074_ses-BSL sub-074_ses-FU1 sub-074_ses-FU2 sub-075_ses-BSL sub-075_ses-FU1 sub-075_ses-FU2 sub-076_ses-BSL sub-077_ses-BSL sub-077_ses-FU1 sub-077_ses-FU2 sub-078_ses-BSL sub-079_ses-BSL sub-079_ses-FU1 sub-079_ses-FU2 sub-080_ses-BSL sub-080_ses-FU1 sub-080_ses-FU2 sub-081_ses-BSL sub-082_ses-BSL sub-082_ses-FU1 sub-082_ses-FU2 sub-083_ses-FU1 sub-083_ses-FU2 sub-084_ses-BSL sub-084_ses-FU1 sub-084_ses-FU2 sub-085_ses-BSL sub-085_ses-FU1 sub-085_ses-FU2 sub-086_ses-BSL sub-086_ses-FU1 sub-086_ses-FU2 sub-087_ses-BSL sub-087_ses-FU1 sub-087_ses-FU2 sub-088_ses-BSL sub-088_ses-FU1 sub-088_ses-FU2 sub-089_ses-BSL sub-089_ses-FU1 sub-089_ses-FU2 sub-090_ses-BSL --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt *ERROR: Specify one of --subjects, --subjectsfile --qdec or --qdec-long* or run with --help for help.
Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
Este mensaje, y los ficheros adjuntos que pueda incluir, puede contener información confidencial o legalmente protegida y está exclusivamente dirigido a la persona o entidad destinataria. Si usted no consta como destinatario final ni es la persona encargada de recibirlo, no está autorizado a leerlo, retenerlo, modificarlo, distribuirlo o copiarlo, ni a revelar su contenido. Si lo ha recibido por error, informe de ello al remitente y elimine del sistema tanto el mensaje como los ficheros adjuntos que pueda contener.
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First of all, can you confirm that that file exists and is readable by you?
On 3/28/2025 2:31 PM, Rosalia Dacosta Aguayo wrote:
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Ok,
I found the problem, but now when I run in the terminal is telling me that a file is missing and the file is not missing. What should I do?
aparcstats2table --hemi rh --subjectsfile subjects.txt --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt SUBJECTS_DIR : /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI Parsing the .stats files
*ERROR: Cannot find stats file /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats/rh.aparc.stats*
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$ ls aseg.stats lh.BA_exvivo.thresh.stats rh.BA_exvivo.stats brainvol.stats lh.curv.stats rh.BA_exvivo.thresh.stats lh.aparc.a2009s.stats lh.w-g.pct.stats rh.curv.stats lh.aparc.DKTatlas.stats rh.aparc.a2009s.stats rh.w-g.pct.stats lh.aparc.pial.stats rh.aparc.DKTatlas.stats subjects.txt lh.aparc.stats rh.aparc.pial.stats wmparc.stats lh.BA_exvivo.stats *rh.aparc.stats* rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$
Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
Este mensaje, y los ficheros adjuntos que pueda incluir, puede contener información confidencial o legalmente protegida y está exclusivamente dirigido a la persona o entidad destinataria. Si usted no consta como destinatario final ni es la persona encargada de recibirlo, no está autorizado a leerlo, retenerlo, modificarlo, distribuirlo o copiarlo, ni a revelar su contenido. Si lo ha recibido por error, informe de ello al remitente y elimine del sistema tanto el mensaje como los ficheros adjuntos que pueda contener.
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On Fri, Mar 28, 2025 at 7:13 PM Rosalia Dacosta Aguayo rdacostaa@gmail.com wrote:
Dear Freesurfer team, I am having a trouble with aparcstats2table I have never seen before and I do not know how to solve it. I have run it with --help and still I don't quite understand it. Any help would be appreciated. Kind regards, Rosie rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ aparcstats2table --hemi rh --subjects sub-012_ses-BSL sub-012_ses-FU1 sub-012_ses-FU2 sub-013_ses-BSL sub-013_ses-FU1 sub-013_ses-FU2 sub-014_ses-BSL sub-014_ses-FU1 sub-014_ses-FU2 sub-015_ses-BSL sub-015_ses-FU1 sub-015_ses-FU2 sub-016_ses-BSL sub-017_ses-BSL sub-017_ses-FU1 sub-017_ses-FU2 sub-019_ses-BSL sub-019_ses-FU1 sub-019_ses-FU2 sub-020_ses-BSL sub-020_ses-FU1 sub-020_ses-FU2 sub-021_ses-BSL sub-021_ses-FU1 sub-021_ses-FU2 sub-022_ses-BSL sub-022_ses-FU1 sub-022_ses-FU2 sub-023_ses-BSL sub-023_ses-FU1 sub-023_ses-FU2 sub-024_ses-BSL sub-024_ses-FU1 sub-024_ses-FU2 sub-025_ses-BSL sub-028_ses-BSL sub-028_ses-FU1 sub-029_ses-BSL sub-029_ses-FU1 sub-029_ses-FU2 sub-030_ses-BSL sub-030_ses-FU1 sub-030_ses-FU2 sub-031_ses-BSL sub-031_ses-FU1 sub-031_ses-FU2 sub-032_ses-BSL sub-032_ses-FU2 sub-033_ses-BSL sub-033_ses-FU1 sub-033_ses-FU2 sub-034_ses-BSL sub-034_ses-FU1 sub-035_ses-BSL sub-035_ses-FU1 sub-035_ses-FU2 sub-036_ses-BSL sub-036_ses-FU1 sub-036_ses-FU2 sub-037_ses-BSL sub-038_ses-BSL sub-038_ses-FU1 sub-038_ses-FU2 sub-039_ses-BSL sub-039_ses-FU1 sub-039_ses-FU2 sub-040_ses-BSL sub-040_ses-FU1 sub-040_ses-FU2 sub-041_ses-BSL sub-041_ses-FU1 sub-041_ses-FU2 sub-042_ses-BSL sub-042_ses-FU1 sub-043_ses-BSL sub-044_ses-BSL sub-045_ses-BSL sub-046_ses-BSL sub-046_ses-FU1 sub-046_ses-FU2 sub-047_ses-BSL sub-047_ses-FU1 sub-047_ses-FU2 sub-048_ses-BSL sub-051_ses-BSL sub-051_ses-FU1 sub-051_ses-FU2 sub-053_ses-BSL sub-054_ses-BSL sub-054_ses-FU1 sub-054_ses-FU2 sub-055_ses-BSL sub-055_ses-FU1 sub-056_ses-BSL sub-056_ses-FU1 sub-056_ses-FU2 sub-057_ses-BSL sub-058_ses-BSL sub-058_ses-FU1 sub-058_ses-FU2 sub-059_ses-BSL sub-060_ses-BSL sub-060_ses-FU1 sub-060_ses-FU2 sub-061_ses-BSL sub-061_ses-FU1 sub-061_ses-FU2 sub-062_ses-BSL sub-062_ses-FU2 sub-063_ses-BSL sub-064_ses-BSL sub-064_ses-FU1 sub-064_ses-FU2 sub-065_ses-BSL sub-065_ses-FU1 sub-065_ses-FU2 sub-067_ses-BSL sub-068_ses-BSL sub-068_ses-FU1 sub-068_ses-FU2 sub-069_ses-BSL sub-070_ses-BSL sub-070_ses-FU1 sub-070_ses-FU2 sub-071_ses-BSL sub-072_ses-BSL sub-072_ses-FU1 sub-072_ses-FU2 sub-073_ses-BSL sub-074_ses-BSL sub-074_ses-FU1 sub-074_ses-FU2 sub-075_ses-BSL sub-075_ses-FU1 sub-075_ses-FU2 sub-076_ses-BSL sub-077_ses-BSL sub-077_ses-FU1 sub-077_ses-FU2 sub-078_ses-BSL sub-079_ses-BSL sub-079_ses-FU1 sub-079_ses-FU2 sub-080_ses-BSL sub-080_ses-FU1 sub-080_ses-FU2 sub-081_ses-BSL sub-082_ses-BSL sub-082_ses-FU1 sub-082_ses-FU2 sub-083_ses-FU1 sub-083_ses-FU2 sub-084_ses-BSL sub-084_ses-FU1 sub-084_ses-FU2 sub-085_ses-BSL sub-085_ses-FU1 sub-085_ses-FU2 sub-086_ses-BSL sub-086_ses-FU1 sub-086_ses-FU2 sub-087_ses-BSL sub-087_ses-FU1 sub-087_ses-FU2 sub-088_ses-BSL sub-088_ses-FU1 sub-088_ses-FU2 sub-089_ses-BSL sub-089_ses-FU1 sub-089_ses-FU2 sub-090_ses-BSL --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt *ERROR: Specify one of --subjects, --subjectsfile --qdec or --qdec-long* or run with --help for help. ____________________________________________________________________________ Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver. Este mensaje, y los ficheros adjuntos que pueda incluir, puede contener información confidencial o legalmente protegida y está exclusivamente dirigido a la persona o entidad destinataria. Si usted no consta como destinatario final ni es la persona encargada de recibirlo, no está autorizado a leerlo, retenerlo, modificarlo, distribuirlo o copiarlo, ni a revelar su contenido. Si lo ha recibido por error, informe de ello al remitente y elimine del sistema tanto el mensaje como los ficheros adjuntos que pueda contener. This email message and any attachments it carries may contain confidential or legally protected material and are intended solely for the individual or organization to whom they are addressed. If you are not the intended recipient of this message or the person responsible for processing it, then you are not authorized to read, save, modify, send, copy or disclose any part of it. If you have received the message by mistake, please inform the sender of this and eliminate the message and any attachments it carries from your account.
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External Email - Use Caution
Dear Douglas,
Thank you for answering. The problem was in the subjects.txt file. It was bad configurated. Once I solved this problem, things went smoothly.
Kind regards,
Rosalia
____________________________________________________________________________ Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
Este mensaje, y los ficheros adjuntos que pueda incluir, puede contener información confidencial o legalmente protegida y está exclusivamente dirigido a la persona o entidad destinataria. Si usted no consta como destinatario final ni es la persona encargada de recibirlo, no está autorizado a leerlo, retenerlo, modificarlo, distribuirlo o copiarlo, ni a revelar su contenido. Si lo ha recibido por error, informe de ello al remitente y elimine del sistema tanto el mensaje como los ficheros adjuntos que pueda contener.
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El mar, 15 abr 2025, 19:22, Douglas N. Greve dgreve@mgh.harvard.edu escribió:
First of all, can you confirm that that file exists and is readable by you?
On 3/28/2025 2:31 PM, Rosalia Dacosta Aguayo wrote:
External Email - Use CautionOk,
I found the problem, but now when I run in the terminal is telling me that a file is missing and the file is not missing. What should I do?
aparcstats2table --hemi rh --subjectsfile subjects.txt --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt SUBJECTS_DIR : /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI Parsing the .stats files
*ERROR: Cannot find stats file /home/rosalia/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats/rh.aparc.stats*
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$ ls aseg.stats lh.BA_exvivo.thresh.stats rh.BA_exvivo.stats brainvol.stats lh.curv.stats rh.BA_exvivo.thresh.stats lh.aparc.a2009s.stats lh.w-g.pct.stats rh.curv.stats lh.aparc.DKTatlas.stats rh.aparc.a2009s.stats rh.w-g.pct.stats lh.aparc.pial.stats rh.aparc.DKTatlas.stats subjects.txt lh.aparc.stats rh.aparc.pial.stats wmparc.stats lh.BA_exvivo.stats *rh.aparc.stats* rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI/sub-012_ses-BSL/stats$
Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
Este mensaje, y los ficheros adjuntos que pueda incluir, puede contener información confidencial o legalmente protegida y está exclusivamente dirigido a la persona o entidad destinataria. Si usted no consta como destinatario final ni es la persona encargada de recibirlo, no está autorizado a leerlo, retenerlo, modificarlo, distribuirlo o copiarlo, ni a revelar su contenido. Si lo ha recibido por error, informe de ello al remitente y elimine del sistema tanto el mensaje como los ficheros adjuntos que pueda contener.
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On Fri, Mar 28, 2025 at 7:13 PM Rosalia Dacosta Aguayo < rdacostaa@gmail.com> wrote:
Dear Freesurfer team,
I am having a trouble with aparcstats2table I have never seen before and I do not know how to solve it.
I have run it with --help and still I don't quite understand it.
Any help would be appreciated.
Kind regards,
Rosie
rosalia@rosalia-Lenovo-Y520-15IKBN:~/Desktop/CAN_RUTI$ aparcstats2table --hemi rh --subjects sub-012_ses-BSL sub-012_ses-FU1 sub-012_ses-FU2 sub-013_ses-BSL sub-013_ses-FU1 sub-013_ses-FU2 sub-014_ses-BSL sub-014_ses-FU1 sub-014_ses-FU2 sub-015_ses-BSL sub-015_ses-FU1 sub-015_ses-FU2 sub-016_ses-BSL sub-017_ses-BSL sub-017_ses-FU1 sub-017_ses-FU2 sub-019_ses-BSL sub-019_ses-FU1 sub-019_ses-FU2 sub-020_ses-BSL sub-020_ses-FU1 sub-020_ses-FU2 sub-021_ses-BSL sub-021_ses-FU1 sub-021_ses-FU2 sub-022_ses-BSL sub-022_ses-FU1 sub-022_ses-FU2 sub-023_ses-BSL sub-023_ses-FU1 sub-023_ses-FU2 sub-024_ses-BSL sub-024_ses-FU1 sub-024_ses-FU2 sub-025_ses-BSL sub-028_ses-BSL sub-028_ses-FU1 sub-029_ses-BSL sub-029_ses-FU1 sub-029_ses-FU2 sub-030_ses-BSL sub-030_ses-FU1 sub-030_ses-FU2 sub-031_ses-BSL sub-031_ses-FU1 sub-031_ses-FU2 sub-032_ses-BSL sub-032_ses-FU2 sub-033_ses-BSL sub-033_ses-FU1 sub-033_ses-FU2 sub-034_ses-BSL sub-034_ses-FU1 sub-035_ses-BSL sub-035_ses-FU1 sub-035_ses-FU2 sub-036_ses-BSL sub-036_ses-FU1 sub-036_ses-FU2 sub-037_ses-BSL sub-038_ses-BSL sub-038_ses-FU1 sub-038_ses-FU2 sub-039_ses-BSL sub-039_ses-FU1 sub-039_ses-FU2 sub-040_ses-BSL sub-040_ses-FU1 sub-040_ses-FU2 sub-041_ses-BSL sub-041_ses-FU1 sub-041_ses-FU2 sub-042_ses-BSL sub-042_ses-FU1 sub-043_ses-BSL sub-044_ses-BSL sub-045_ses-BSL sub-046_ses-BSL sub-046_ses-FU1 sub-046_ses-FU2 sub-047_ses-BSL sub-047_ses-FU1 sub-047_ses-FU2 sub-048_ses-BSL sub-051_ses-BSL sub-051_ses-FU1 sub-051_ses-FU2 sub-053_ses-BSL sub-054_ses-BSL sub-054_ses-FU1 sub-054_ses-FU2 sub-055_ses-BSL sub-055_ses-FU1 sub-056_ses-BSL sub-056_ses-FU1 sub-056_ses-FU2 sub-057_ses-BSL sub-058_ses-BSL sub-058_ses-FU1 sub-058_ses-FU2 sub-059_ses-BSL sub-060_ses-BSL sub-060_ses-FU1 sub-060_ses-FU2 sub-061_ses-BSL sub-061_ses-FU1 sub-061_ses-FU2 sub-062_ses-BSL sub-062_ses-FU2 sub-063_ses-BSL sub-064_ses-BSL sub-064_ses-FU1 sub-064_ses-FU2 sub-065_ses-BSL sub-065_ses-FU1 sub-065_ses-FU2 sub-067_ses-BSL sub-068_ses-BSL sub-068_ses-FU1 sub-068_ses-FU2 sub-069_ses-BSL sub-070_ses-BSL sub-070_ses-FU1 sub-070_ses-FU2 sub-071_ses-BSL sub-072_ses-BSL sub-072_ses-FU1 sub-072_ses-FU2 sub-073_ses-BSL sub-074_ses-BSL sub-074_ses-FU1 sub-074_ses-FU2 sub-075_ses-BSL sub-075_ses-FU1 sub-075_ses-FU2 sub-076_ses-BSL sub-077_ses-BSL sub-077_ses-FU1 sub-077_ses-FU2 sub-078_ses-BSL sub-079_ses-BSL sub-079_ses-FU1 sub-079_ses-FU2 sub-080_ses-BSL sub-080_ses-FU1 sub-080_ses-FU2 sub-081_ses-BSL sub-082_ses-BSL sub-082_ses-FU1 sub-082_ses-FU2 sub-083_ses-FU1 sub-083_ses-FU2 sub-084_ses-BSL sub-084_ses-FU1 sub-084_ses-FU2 sub-085_ses-BSL sub-085_ses-FU1 sub-085_ses-FU2 sub-086_ses-BSL sub-086_ses-FU1 sub-086_ses-FU2 sub-087_ses-BSL sub-087_ses-FU1 sub-087_ses-FU2 sub-088_ses-BSL sub-088_ses-FU1 sub-088_ses-FU2 sub-089_ses-BSL sub-089_ses-FU1 sub-089_ses-FU2 sub-090_ses-BSL --meas thickness --tablefile aparc-stats-thickness.txt *ERROR: Specify one of --subjects, --subjectsfile --qdec or --qdec-long* or run with --help for help.
Aquest missatge, i els fitxers adjunts que hi pugui haver, pot contenir informació confidencial o protegida legalment i s’adreça exclusivament a la persona o entitat destinatària. Si no consteu com a destinatari final o no teniu l’encàrrec de rebre’l, no esteu autoritzat a llegir-lo, retenir-lo, modificar-lo, distribuir-lo, copiar-lo ni a revelar-ne el contingut. Si l’heu rebut per error, informeu-ne el remitent i elimineu del sistema tant el missatge com els fitxers adjunts que hi pugui haver.
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