Doug,
That did it! Thank you so much for your help!
-Tim
Timothy Hendrickson Department of Psychiatry University of Minnesota Office: 612-624-6441 Mobile: 507-259-3434 (texts okay)
On Wed, Dec 21, 2016 at 12:47 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu
wrote:
your 10th column is all 0s
On 12/21/2016 01:26 PM, Timothy Hendrickson wrote:
Just following up on the message below. I would appreciate a comment on
this issue.
-Tim FreeSurfer experts,
I am attempting to use the two stage model for longitudinal analysis, however I keep receiving an error message that my design matrix is poorly scaled. I'm curious, I've used the same format of design matrix on cross sectional without problem. Anyway here is the command line input:
mri_glmfit --glmdir rh.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage.glmdir \ --X DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat \ --y rh.testretest.thickness-spc.stack.fwhm10.mgh \ --C DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_
pairedAnalysis.DOSSDS.mtx
\ --label rh.testretest.fsaverage.cortex.label \ --surf fsaverage rh
The error message is attached within file error_designMtx_12_19_16.txt
Additionally I've included my analysis script, all timepoint qdec file, temporal average qdec file, fsgd file, and design matrix. Any help would be extremely beneficial.
-Tim
Timothy Hendrickson Department of Psychiatry University of Minnesota Office: 612-624-6441 Mobile: 507-259-3434 (texts okay) Design matrix ------------------ 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-1.878;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-2.325;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-1.967;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.552
0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.121 0.000 0.000
0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.588 0.000
0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.101
0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-2.205;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.775 0.000 0.000
0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.316 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.590
0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.093 0.000
0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.880 0.000
0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.131 0.000
0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.908
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.447
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.635 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.859 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.588 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.858 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
-0.051;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.641 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.217;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.032 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.259 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.251 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.037 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.827 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.966 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.969 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.605;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.669 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.166
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.730
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.461;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.039
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.560;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.172 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.781
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-0.247;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-0.624;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.143 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-0.610;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.620 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.443 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.052
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.490;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.696
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.779;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.252
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.955 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.947 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.352 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.305 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.810 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.734;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.272 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-1.055;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.017 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.953 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-0.376;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-0.376;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.425 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.197 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.117
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.347
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.274
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-1.127;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.027
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.554 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.741 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.127
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.949 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.135 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.913
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.819 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.887 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.527 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.166;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.244;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.031 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.563 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.239 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.123
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.161 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.738 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.095
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.246
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.104 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.095 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.231 0.000 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.099 0.000
0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.524;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.265 0.000
0.000;
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08
Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. If you seek help with this problem, make sure to send:
- Your command line:
mri_glmfit --glmdirrh.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage.glmdir --X DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat --y rh.testretest.thickness-spc.stack.fwhm10.mgh --X DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat --C DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_
pairedAnalysis.DOSSDS.mtx
--label rh.testretest.fsaverage.cortex.label --surf fsaverage rh 2. The FSGD file (if using one) 3. And the design matrix above
Timothy Hendrickson Department of Psychiatry University of Minnesota Office: 612-624-6441 Mobile: 507-259-3434 (texts okay)
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422
Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.