This message contained a link to a web site whose IP address has recently been associated with malicious activity. Due to that activity, the site is not accessible from within the Partners Healthcare network. The link has been modified in the message below. If you feel this is an error, please contact the IS Service Desk and open a ticket with the network security - phs assignment group.
IS Service Desk BWH 617-732-5927 BWFH 617-983-7454 BWH-RICS 617-525-0848 DFCI 617-632-3399 LCC 857-307-4150 MCL 781-416-8940 MGH 617-726-5085 NHP 617-643-2020 NSMC 978-354-2014 NWH 617-243-6001 PCPO 781-433-3757 PHH 617-726-0790 PHS 857-282-4357 SRN 617-952-5555 CDHC 413-582-50051 *********************************
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Dear Freesurfer experts,
I see the error message when I perform QDEC. The error message is as below.
Id: mri_glmfit.c,v 1.196.2.8 2012/11/01 18:51:41 greve Exp $
cwd /home/sgk
cmdline mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat
sysname Linux
hostname localhost.localdomain
machine x86_64
user sgk
FixVertexAreaFlag = 1
UseMaskWithSmoothing 1
OneSampleGroupMean 0
y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh
logyflag 0
usedti 0
FSGD /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd
labelmask /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label
maskinv 0
glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI
IllCondOK 0
ReScaleX 1
DoFFx 0
Creating output directory /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI
Loading y from /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh
INFO: gd2mtx_method is dods
Saving design matrix to /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/Xg.dat
Normalized matrix condition is 24522.5
Design matrix ------------------
1.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 149457.594 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 50.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 161540.203 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 55.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 167295.906 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 175241.703 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 59.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 165616.797 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 57.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 183255.594 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 159212.203 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 14.000 0.000 0.000 0.000 50.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 170017.094 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 190217.906 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 156341.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 49.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 168844.297 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 149945.406 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 166132.906 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000 139924.406 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 45.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 133331.797 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 47.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 164844.703 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 163024.203 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 42.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 140203.797 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 29.000 0.000 0.000 0.000 186282.297 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 171746.094;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 145005.203 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 15.000 0.000 0.000 0.000 54.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 168633.203;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 186731.297;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 61.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 154627.500 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 44.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 154626.297 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 59.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 177918.500;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 56.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 157687.797 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 58.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 173899.094;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 18.000 0.000 0.000 0.000 175980.500;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 59.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 162526.703 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 198622.797;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 157633.906 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 17.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 164236.297;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 144559.703 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 156151.500 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 154306.406;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 19.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 188334.203;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 20.000 0.000 0.000 0.000 55.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 134977.406 0.000 0.000;
--------------------------------
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 24522.5
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
1. Your command line:
mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat
2. The FSGD file (if using one)
3. And the design matrix above
Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/suicide/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Avg-area-SSI-Cor.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-S-NS-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-Diff-F-M-Cor-area-SSI.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-area.mat --C /mnt/hgfs/share/suicide/qdec/LH_area_SSI/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Cor-area-SSI.mat
I also attach the error message. Could you tell me how I can fix this problem?
I am looking forward to receiving your reply.
Best regards, Seung-Gul
*S**eung-Gul Kang, M.D., Ph.D. * Psychiatrist, Professor; Department of Psychiatry, Gil Medical Center 연구부학장. Dean, Department of Research Affairs; Gachon University College of Medicine 인천광역시자살예방센터장. Director, Incheon Suicide Prevention Center 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea
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