[Freesurfer] ill conditioned matrix with covariates that are unequal between groups

Hello freesurfers,

I'm trying to run mri_glmfit between groups analysis (patients vs. controls) with gender, age, medication (continuous), and duration of illness as covariates. The problem is, only the patients have medication and duration of illness values - by virtue of being control participants, the control group have values of zero for medication and duration of illness. This causes issues with the matrix and I'm trying to figure out how to get around it. Suggestions would be most appreciated. See output and details below, plus attached files.

Thanks!

Laura.

*Command line: * mri_glmfit --y lh_grpDiffs_thickness10.mgh --fsgd grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd --fsgd-rescale --C Contrast1A_grp_Diffs_HCvsSZ_Med_Dur.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir * * *Output:* gdfReadHeader: reading grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd INFO: demeaning continuous variables Continuous Variable Means (all subjects) 0 Age 36.0909 11.4927 1 LH_Mean_Thick 2.34931 0.118499 2 medication 204.545 330.217 3 duration_illness 7.74545 11.4005 Class Means of each Continuous Variable 1 HCmale 34.3000 2.3799 0.0000 0.0000 2 HCfemale 32.5556 2.3723 0.0000 0.0000 3 SZmale 36.5000 2.3124 391.2500 14.6875 4 SZfemale 42.2000 2.3265 499.0000 19.1000 INFO: gd2mtx_method is dods Reading source surface /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/fsaverage/surf/lh.white Number of vertices 163842 Number of faces 327680 Total area 65416.648438 AvgVtxArea 0.399267 AvgVtxDist 0.721953 StdVtxDist 0.195470

$Id: mri_glmfit.c,v 1.196.2.6 2011/05/05 20:54:25 greve Exp $ cwd /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis cmdline mri_glmfit --y lh_grpDiffs_thickness10.mgh --fsgd grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd --fsgd-rescale --C Contrast1A_grp_Diffs_HCvsSZ_Med_Dur.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir sysname Linux hostname ncfws14.rc.fas.harvard.edu machine x86_64 user ltully FixVertexAreaFlag = 1 UseMaskWithSmoothing 1 OneSampleGroupMean 0 y /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis/lh_grpDiffs_thickness10.mgh logyflag 0 usedti 0 FSGD grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd labelmask /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/fsaverage/label/lh.cortex.label maskinv 0 glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir IllCondOK 0 ReScaleX 1 DoFFx 0 Creating output directory lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir Loading y from /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis/lh_grpDiffs_thickness10.mgh INFO: gd2mtx_method is dods Saving design matrix to lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir/Xg.dat Normalized matrix condition is 1e+08 Design matrix ------------------ 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 -1.700 0.000 0.000 0.000 0.329 0.000 0.000 0.000 0.817 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.392 0.000 0.000 0.000 0.233 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 -0.148 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.191 0.000 0.000 0.000 0.013 0.000 0.000 0.000 -1.511 0.000 0.000 0.000 -0.272; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.479 0.000 0.000 0.000 0.427 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.729 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 -0.907 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 -0.009; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.436 0.000 0.000 0.000 -0.029 0.000 0.000 0.000 -0.276 0.000 0.000 0.000 1.431 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.757 0.000 0.000 0.000 -0.235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 1.018 0.000 0.000 0.000 -0.775 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 1.627 0.000 0.000 0.000 -0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.953 0.000 0.000 0.000 -0.070 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 1.105 0.000 0.000 0.000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.518 0.000 0.000 0.000 -0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.713 0.000 0.000 0.000 0.359 0.000 0.000 0.000 -0.784 0.000 0.000 0.000 -0.886; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.083 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.088 0.000 0.000 0.000 0.190 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 -0.937 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.548 0.000 0.000 0.000 -0.454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.375 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 1.517 0.000 0.000 0.000 1.395; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.010 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.131 0.000 0.000 0.000 0.435 0.000 0.000 0.000 -1.185 0.000 0.000 0.000 0.378 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.001 0.000 0.000 0.000 -0.864 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 -1.201 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.222 0.000 0.000 0.000 -2.138 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.931 0.000 0.000 0.000 -1.214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.088 0.000 0.000 0.000 -0.856 0.000 0.000 0.000 -0.943 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.070 0.000 0.000 0.000 0.401 0.000 0.000 0.000 -1.208 0.000 0.000 0.000 0.342; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.114 0.000 0.000 0.000 -1.051 0.000 0.000 0.000 1.214 0.000 0.000 0.000 2.009; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.088 0.000 0.000 0.000 -0.147 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 -1.113 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.017 0.000 0.000 0.000 -1.219 0.000 0.000 0.000 0.306 0.000 0.000 0.000 0.868; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.218 0.000 0.000 0.000 -0.721 0.000 0.000 0.000 -0.983 0.000 0.000 0.000 -0.323 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.149 0.000 0.000 0.000 2.139 0.000 0.000 0.000 0.154 0.000 0.000 0.000 -1.325; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.452 0.000 0.000 0.000 -0.325 0.000 0.000 0.000 -0.300 0.000 0.000 0.000 -1.061; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.044 0.000 0.000 0.000 0.486 0.000 0.000 0.000 -1.064 0.000 0.000 0.000 -0.060 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.653 0.000 0.000 0.000 -0.392 0.000 0.000 0.000 -0.912 0.000 0.000 0.000 1.080 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.975 0.000 0.000 0.000 -0.021 0.000 0.000 0.000 -0.300 0.000 0.000 0.000 -1.061; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.349 0.000 0.000 0.000 0.579 0.000 0.000 0.000 0.026 0.000 0.000 0.000 -1.113 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.566 0.000 0.000 0.000 1.895 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 -0.850 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.670 0.000 0.000 0.000 -0.809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.722 0.000 0.000 0.000 -0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.831 0.000 0.000 0.000 1.398 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 1.453 0.000 0.000 0.000 -0.978 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.670 0.000 0.000 0.000 -2.429 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.744 0.000 0.000 0.000 -0.121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.657 0.000 0.000 0.000 0.082 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 1.018 0.000 0.000 0.000 1.318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.244 0.000 0.000 0.000 1.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.179 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.244 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.809 0.000 0.000 0.000 1.790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.983 0.000 0.000 0.000 0.558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.157 0.000 0.000 0.000 0.254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.157 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.918 0.000 0.000 0.000 0.841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.088 0.000 0.000 0.000 -1.354 0.000 0.000 0.000 3.660 0.000 0.000 0.000 1.343 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.305 0.000 0.000 0.000 1.819 0.000 0.000 0.000 -1.185 0.000 0.000 0.000 -1.025 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.461 0.000 0.000 0.000 0.870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.418 0.000 0.000 0.000 -0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000; -------------------------------- ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08