It was automatically created in the same folder of the old one -> label
However, inside this folder there are the old rh.BAxxx.label. The new ones (BAxxx.thresh.label) were created inside the Freesurfer folder, could it be related to that?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What's the location of the new rh.BA.annot that was created by mris_label2annot? You need to pass that same file to mris_anatomical_stats with the -a option.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
After running the mri_label2label and mris_label2annot a new rh.BA.annot file was created (I had to remove the old one since it doesn't overwritte) but when running
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
It says that can't read annotation file:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
I only tried with rh, but I don't think that's a problem is it?
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
In the "BA label" section there are:
- Several mri_label2label commands that map each label from
fsaverage space to your indidvidual's space
- One mris_label2annot command that combines the mapped label into
an annotation file.
- One mris_anatomical_stats command that gets stats for that annotation.
For each of these commands you can run them with --help to see what the inputs and outputs are, or look them up on the wiki.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I need to use them somehow?
Thanks
Andreia
Quoting _andreia_@sapo.pt: Addicionaly, this approach is creating an individual file for each
BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs.
> I'm kind of lost here... > > > > > > > > > Quoting _andreia_@sapo.pt: > > Hi, > > > I run the command for each BA labels of the right
hemisphere and then > > > run:
> > > [user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white > > > Which resulted in: > > > INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume > > >
/home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz...
reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory > > > What is wrong? Is there a way to run everything that is
needed to
get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label? > > > Thank you, Andreia > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > If you replace *every* occurence of BAxxx.label with > BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't > have to worry about which one is input and which one is output. > > > > > Run *all* the commands from the "BA labels"
section, all the way
> to the end of that section, this will get you to the stats. > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > Ok. So the first is the input and the second is
the output,
> > correct? So I'll have a different file for each out put? Is it > > possible to have a table with the different measures after the > > threshold? > > > > > > > Thank you very much and I apologize for the
naive questions...
> > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki
> > > > > > > > What you call the output label is up to you.
What you call the
> > > input label is more important - it has to be a file that > > > actually exists. > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > Ah ok! Sorry... In both places? > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > It's .thresh.label, not .threshold.label. > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > Hi Anastasia! > > > > > > > The command in the recon-all.log is this one: > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage
--srclabel > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel
./rh.BA1.label > > > > > > > > > --hemi
> > > > > > rh > > > > --regmethod surface > > > > > > > And I tried substituing BAxxx.label by > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > like > > > > this: > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > >
> > > > > > > > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > > > > > > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface > > > > > > > gave an error : > > > > > > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ > > > > > > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer > > > > > > Loading source label. > > > > > > No such file or directory > > > > > > mri_label2label: could not open label file > > > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > > > > Illegal seek > > > > > > ERROR reading > > > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > > > > > Thus, I substitued only in the second
BAxxx.label and > > > > > > > > > > it
> > > > > > worked. I > > > > > thought that was it, but
then the > > > > > > > > > values
> > > > > > were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. > > > > > > > Thank you! > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > Hi Andreia - What you're rerunning is using > > > > > > > > > BAxxx.label > > > > > > instead > > > > > of > > > > > > > BAxxx.thresh.label. So of course the results
will be > > > > > > > > > > the
> > > > > > same as > > > > before > > > > > > > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these > > > > > > new files > > > > > > aren't > > > > > > > being used in 5.0. > > > > > > > > > You'll need to find the "BA labels" section in > > > > > > recon-all.log > > > > > > and rerun > > > > > > > those commands yourself, changing every
BAxxx.label to > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. > > > > > > > > > Hope this helps, > > > > > > > a.y > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > Hello list! > > > > > > > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? > > > > > > > > > > > Thanks! > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada
de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > > > > > > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > > > > > > > > De: _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, > > > > > > surface area > > > > > and > > > volume > > > > > > > > Para: Anastasia Yendiki > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > > > > > > > > freesurfer > > > > > > > > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical > > > > > > > > > > > > thickness, > > > > > > surface > > > > > > > > area and > > > > > > > > volume. I've added the 5.2
BAxxx.threshold.label to > > > > > > > > > > > my
> > > > > > 5.0 > > > > > fsaverage > > > > > > > > and run the recon-all BA labels command. Now
I run > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > aparcstats2table > > > > > > > > and get a table with the values but they are
the same > > > > > > > > > > > as before
> > > > > > > > running the BAxxx.threshold.label. > > > > > > > > > > > So, everything is working but the
values > > > > > > > > > > > > > > haven't
> > > > > > changed. > > > > > > > > Am I > > > missing > > > > > > > > something? Do I need to run any other command
so to > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > > threshold > > > have > > > > > > > > effect? > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > Sounds like centos4 is probably the
safest > > > > > > > > > > > > > > > bet
> > > > > > for you, > > > > > > > > > although > > > > you > > > > > > > > > should ask the list this question. > > > > > > > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to > > > > > > get in a > > > > > > > > > > table. > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
_andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of
working > > > > > > > > > > > > > > > > > with
> > > > > > 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download > > > > > > > > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > > > > > > > > After running the new > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > files how > > > > > > > > > > > > can I get the > > > > > > > > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just
need to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use
> > > > > > those > > > > > > > > > > > > > .label files from > > > > > > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 > > > > > > > > > > > > distritbution. > > > > > > You > > > > > > > > don't > > > > > > need > > > > > > > > > > > to run any of the executables from the
5.2 > > > > > > > > > > > > > > distribution.
> > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which
file > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > should
> > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for > > > > > > > > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > You'll need to go to the section of > > > > > > recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll
need to > > > > > > > > > > > > > > > > rerun
> > > > > > the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > that section, but instead > > of using the > > > > > > BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > >
files, > > > > > > > > > us
> > > > > > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > > > > > > > > > > > > > > > you'll > > > > > > find in > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 > > > > > > > > > > > > > > distribution. > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
_andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > > > > > > > > How should I proceed to get the > > > > > > different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures > > > > > > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > The thresholded labels are
in the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2
> > > > > > version > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
$FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label
> > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am > > > > > > running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > news on > > > > > > > > > > > > > > > > > automatically computing
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > correct
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > script? > > > > > > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce
Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much > > > > > > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > > > > > > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > course
> > > > > > scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area) > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar
2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > quick response!
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does > > > > > > that also > > > > > > > > > > > > > > > > > >
apply > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
volume?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce
Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue
is that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > >
point > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > probability (no
matter > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > how
> > > > > > small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > label area is almost > > > > > > certainly > > > > > > > > > > > > > > > > >
always > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > bigger > > > > > > > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has some scripts for > > > > > > automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > >
and > > > > > > > > > > > > > > > > I
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick > > > > > > integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > into > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computed both > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thresholded > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>
comment.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
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