Hello list!
Any suggestions on what I may be doing wrong?
Thanks! Andreia
----- Mensagem encaminhada de _andreia_@sapo.pt ----- Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 De: _andreia_@sapo.pt Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area and volume Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, freesurfer freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu
Hi all,
I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface area and volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 fsaverage and run the recon-all BA labels command. Now I run aparcstats2table and get a table with the values but they are the same as before running the BAxxx.threshold.label.
So, everything is working but the values haven't changed. Am I missing something? Do I need to run any other command so to the threshold have effect?
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, although you should ask the list this question.
Sorry, I don't know what values you want to get in a table.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, should I download the version for centOS 4 then?
After running the new BAxxx.thresh.label files how can I get the values in a table?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It doesn't matter. You just need to use those .label files from the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You don't need to run any of the executables from the 5.2 distribution.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
I'm using Centos5, which file should I download? The one for CentOS 6 or > 4?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: You'll need to go to the section of recon-all.log under the
heading "BA > > labels". You'll need to rerun the commands in that section, but instead > > of using the BAxxx.label files, us the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in the fsaverage subject dir in the 5.2 distribution.
> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > Hello Anastasia, > How should I proceed to get the different BAs measures
output with > > > > FS > 5.0?
> Thank you very much! > Andreia > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > The thresholded labels are in the 5.2 version of
fsaverage > > > > > under:
> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: > > > > Anastasia? > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > Ok, that was my guess... I am running against a
deadline, > > > > > > > any > > > > > news on
> > > automatically computing the correct threshold script?
Will I > > > > > > be > > > > able to
> > > use it in 5.0? > > > > > Thanks you! > > > > > Andreia > > > > > > > Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > yes. Surface area will be the affected much
more than > > > > > > > > > > > > > > > > thickness (and >
> > volume of > > > > > > > > > course scales with area) > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > Thank you for the quick response! > > > > > > > In the meanwhile, does that also apply to
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness >
> > > > and > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > Thank you! > > > > > > > Andreia > > > > > > > Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > the issue is that the BA labels contain
every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has any > > > non-zero
> > > > > > probability (no matter how small!) of being in
that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > the > > > > > > > > > > > > total
> > > > > > label area is almost certainly always bigger
than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia
> > > > > > has some scripts for automatically computing
the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I
> > > > > > believe she and Nick integrated them into 5.2
so that > > > > > > > > > the > > > > > > > stats > > > >
are > > > > > > computed both thresholded and unthresholded, > > > > > > > > hopefully > > > > > > > they can > > > > > > > > > > > > > > > > comment. > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0 and some time ago I
was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > to > > > > > > > threshold the BA in order to have an
approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > when
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > overlaying > > > > > > > in the inflated surface. To get surface area
values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > also > > > >
> need to > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > the label_area and put a threshold > > > > > > > having the possibility to choose the surface
that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > >
> either > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > But I can also get the BA stats in a
table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > >
all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > areas > > > > > > > using either mris_anatomical_stats (on each
label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > usinga > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > script by > > > > > > > Jamaan to get the table (since I already
have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > files), > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > My question is, which is the
better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > >
> > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > and surface area values of the BA to export
for > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > analysis > > > > > > > since there are the thresolds issue. > > > > > > > > > > > I want to study mainly cortical
thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > >
> > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > look also at the volume (which is
surface-based, > > > > > > > > > > thus
> > > > > > > thickness*surface are will not be = volume
since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > are an > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > average > > > > > > > from each label, right?). > > > > > > > > > > > I' not sure of which approach to
follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > >
> > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > The information in this e-mail is > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only for > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > whom
it is
> > > > > > addressed. If you believe this e-mail was sent
to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail
> > > > > > contains patient information, please contact
the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at
> > > > > > http://www.partners.org/complianceline . If
the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > sent > > >
> to > > > > > > > > > > > > you in error > > > > > > but does not contain patient information,
please > > > > > > > > > contact > > > > > > > the > > >
> sender > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
----- Fim de mensagem reenviada -----
Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead of BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as before you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files aren't being used in 5.0.
You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log and rerun those commands yourself, changing every BAxxx.label to BAxxx.thresh.label.
Hope this helps, a.y
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hello list!
Any suggestions on what I may be doing wrong?
Thanks! Andreia
----- Mensagem encaminhada de _andreia_@sapo.pt ----- Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 De: _andreia_@sapo.pt Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area and volume Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, freesurfer freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu
Hi all,
I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface area and volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 fsaverage and run the recon-all BA labels command. Now I run aparcstats2table and get a table with the values but they are the same as before running the BAxxx.threshold.label.
So, everything is working but the values haven't changed. Am I missing something? Do I need to run any other command so to the threshold have effect?
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, although you should ask the list this question.
Sorry, I don't know what values you want to get in a table.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, should I download the version for centOS 4 then?
After running the new BAxxx.thresh.label files how can I get the values in a table?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It doesn't matter. You just need to use those .label files from the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You don't need to run any of the executables from the 5.2 distribution.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
I'm using Centos5, which file should I download? The one for CentOS 6 or > 4?
> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > You'll need to go to the section of recon-all.log under the heading "BA > > labels". You'll need to rerun the commands in that section, but instead > > of using the BAxxx.label files, us the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in the fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. >> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>> Hello Anastasia, >> How should I proceed to get the different BAs measures output with > > > > FS > 5.0? >> Thank you very much! >> Andreia >>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>> The thresholded labels are in the 5.2 version of fsaverage > > > > > under: >> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >>>> On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: >>>>> Anastasia? >>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>> Ok, that was my guess... I am running against a deadline, > > > > > > > any > > > > > news on >>>> automatically computing the correct threshold script? Will I > > > > > > be > > > > able to >>>> use it in 5.0? >>>>>> Thanks you! >>>>>> Andreia >>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>> yes. Surface area will be the affected much more than > > > > > > > > > > > > > > > > thickness (and > >> > volume of > > > > > > > > > course scales with area) >>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>> Hi Bruce, >>>>>>>> Thank you for the quick response! >>>>>>>> In the meanwhile, does that also apply to cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > >>>>> and > > > > > > > > > > > > volume? >>>>>>>> Thank you! >>>>>>>> Andreia >>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>> Hi Andreia >>>>>>>>>> the issue is that the BA labels contain every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has any > > > non-zero >>>>>>> probability (no matter how small!) of being in that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > the > > > > > > > > > > > > total >>>>>>> label area is almost certainly always bigger than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia >>>>>>> has some scripts for automatically computing the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I >>>>>>> believe she and Nick integrated them into 5.2 so that > > > > > > > > > the > > > > > > > stats > > > > > are >>>>>>> computed both thresholded and unthresholded, > >>>>>>>> hopefully > > > > > > > they can > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. >>>>>>> Bruce >>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, > > > > >>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt >>>>>>> wrote: >>>>>>>>>>> Hi all, >>>>>>>>>>>> I'm using FS 5.0 and some time ago I was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > >> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> to >>>>>>>> threshold the BA in order to have an approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > when >>>>>>> >>>>>>>>>>>>> overlaying >>>>>>>> in the inflated surface. To get surface area values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > also > > > > >> need to > > > > > > > > > > > > > > use >>>>>>>> the label_area and put a threshold >>>>>>>> having the possibility to choose the surface that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > >> either > > > > > > > > > > > > > > white >>>>>>>> or pial. >>>>>>>>>>>> But I can also get the BA stats in a table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>> areas >>>>>>>> using either mris_anatomical_stats (on each label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > usinga > > >>>> >>>>>>>>>>>>>> script by >>>>>>>> Jamaan to get the table (since I already have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >>>>> >>>>>>>>>>>>>> files), >>>>>>>> right? >>>>>>>>>>>> My question is, which is the better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > >>>>> to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness >>>>>>>> and surface area values of the BA to export for > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > >>>> >>>>>>>>>>>>> analysis >>>>>>>> since there are the thresolds issue. >>>>>>>>>>>> I want to study mainly cortical thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > >>> surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>> also >>>>>>>> look also at the volume (which is surface-based, > > > > > > > > > > thus >>>>>>>> thickness*surface are will not be = volume since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > are an > > >>>> >>>>>>>>>>>>> > average >>>>>>>> from each label, right?). >>>>>>>>>>>> I' not sure of which approach to follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > >>> Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> the >>>>>>>> measure I'll be using? >>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>> The information in this e-mail is >>>>>>>>>>>>>>> intended > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>> only for > > > > > > > > > >> the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom it is >>>>>>> addressed. If you believe this e-mail was sent to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail >>>>>>> contains patient information, please contact the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at >>>>>>> http://www.partners.org/complianceline . If the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > sent > > > >> to > > > > > > > > > > > > you in error >>>>>>> but does not contain patient information, please > > > > > > > > > contact > > > > > > > the > > > >> sender > > > > > > > > > > > > and properly >>>>>>> dispose of the e-mail. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
----- Fim de mensagem reenviada -----
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Hi Anastasia!
The command in the recon-all.log is this one:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh --regmethod surface
And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like this:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/_lh.BA1.threshold.label_--trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ._/lh.BA1.thresolh.label_ --hemi lh --regmethod surface
gave an error :
SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer Loading source label. No such file or directory mri_label2label: could not open label file /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label Illegal seek ERROR reading /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it worked. I thought that was it, but then the values were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing.
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead of BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as before you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files aren't being used in 5.0.
You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log and rerun those commands yourself, changing every BAxxx.label to
BAxxx.thresh.label.
Hope this helps, a.y
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hello list!
Any suggestions on what I may be doing wrong?
Thanks! Andreia
----- Mensagem encaminhada de _andreia_@sapo.pt ----- Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 De: _andreia_@sapo.pt Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area and
volume
Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, freesurfer freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu
Hi all,
I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface area and volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 fsaverage and run the recon-all BA labels command. Now I run aparcstats2table and get a table with the values but they are the same as before running the BAxxx.threshold.label.
So, everything is working but the values haven't changed. Am I missing something? Do I need to run any other command so to the threshold have effect?
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, although you should ask the list this question.
Sorry, I don't know what values you want to get in a table.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, should I download the version for centOS 4 then?
After running the new BAxxx.thresh.label files how can I get the values in a table?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It doesn't matter. You just need to use those .label files from the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You don't need to run any of the executables from the 5.2 distribution.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
I'm using Centos5, which file should I download? The one for CentOS 6 or > 4? >> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >> You'll need to go to the section of recon-all.log under the > heading "BA > > labels". You'll need to rerun the commands in > that section, but instead > > of using the BAxxx.label files, us > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in the > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. >>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>> Hello Anastasia, >>> How should I proceed to get the different BAs measures > output with > > > > FS > 5.0? >>> Thank you very much! >>> Andreia >>>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>> The thresholded labels are in the 5.2 version of > fsaverage > > > > > under: >>> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >>>>> On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: >>>>>> Anastasia? >>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>> Ok, that was my guess... I am running against a > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on >>>>> automatically computing the correct threshold script? > Will I > > > > > > be > > > > able to >>>>> use it in 5.0? >>>>>>> Thanks you! >>>>>>> Andreia >>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>> yes. Surface area will be the affected much > more than > > > > > > > > > > > > > > > > thickness (and > >>> > volume of > > > > > > > > > course scales with area) >>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>> Hi Bruce, >>>>>>>>> Thank you for the quick response! >>>>>>>>> In the meanwhile, does that also apply to > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > >>>>>> and > > > > > > > > > > > > volume? >>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>> Hi Andreia >>>>>>>>>>> the issue is that the BA labels contain > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has any > > > > non-zero >>>>>>>> probability (no matter how small!) of being in > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total >>>>>>>> label area is almost certainly always bigger > than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia >>>>>>>> has some scripts for automatically computing > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I >>>>>>>> believe she and Nick integrated them into 5.2 > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > stats > > > > >> are >>>>>>>> computed both thresholded and unthresholded, > >>>>>>>>> hopefully > > > > > > > they can > > > > >> >>>>>>>>>>>> comment. >>>>>>>> Bruce >>>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, > > > > >>>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt >>>>>>>> wrote: >>>>>>>>>>>> Hi all, >>>>>>>>>>>>> I'm using FS 5.0 and some time ago I > was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > >>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>> to >>>>>>>>> threshold the BA in order to have an > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > when >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> overlaying >>>>>>>>> in the inflated surface. To get surface area > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > also > > > > >>> need to > > > > > > > > > > > > > > use >>>>>>>>> the label_area and put a threshold >>>>>>>>> having the possibility to choose the surface > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > >>> either > > > > > > > > > > > > > > white >>>>>>>>> or pial. >>>>>>>>>>>>> But I can also get the BA stats in a > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > >> all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>> areas >>>>>>>>> using either mris_anatomical_stats (on each > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > usinga > > >>>>> >>>>>>>>>>>>>> script by >>>>>>>>> Jamaan to get the table (since I already > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >>>>>> >>>>>>>>>>>>>> files), >>>>>>>>> right? >>>>>>>>>>>>> My question is, which is the > better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > >>>>>> to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> >>>> thickness >>>>>>>>> and surface area values of the BA to export > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > >>>>> >>>>>>>>>>>>> analysis >>>>>>>>> since there are the thresolds issue. >>>>>>>>>>>>> I want to study mainly cortical > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > >>>> surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> also >>>>>>>>> look also at the volume (which is > surface-based, > > > > > > > > > > thus >>>>>>>>> thickness*surface are will not be = volume > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > are an > > >>>>> >>>>>>>>>>>>> > average >>>>>>>>> from each label, right?). >>>>>>>>>>>>> I' not sure of which approach to > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > >>>> Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>> the >>>>>>>>> measure I'll be using? >>>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>> > _______________________________________________ >>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > _______________________________________________ >>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>> The information in this e-mail is >>>>>>>>>>>>>>>> intended > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> only for > > > > > > > > > >>> the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > >>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom > it is >>>>>>>> addressed. If you believe this e-mail was sent > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail >>>>>>>> contains patient information, please contact > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at >>>>>>>> http://www.partners.org/complianceline . If > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > sent > > > >>> to > > > > > > > > > > > > you in error >>>>>>>> but does not contain patient information, > please > > > > > > > > > contact > > > > > > > the > > > >>> sender > > > > > > > > > > > > and properly >>>>>>>> dispose of the e-mail. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
----- Fim de mensagem reenviada -----
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
It's .thresh.label, not .threshold.label.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hi Anastasia!
The command in the recon-all.log is this one:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh --regmethod surface
And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like this:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface
gave an error :
SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer Loading source label. No such file or directory mri_label2label: could not open label file /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label Illegal seek ERROR reading /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it worked. I thought that was it, but then the values were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing.
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead of BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as before you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files aren't being used in 5.0.
You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log and rerun those commands yourself, changing every BAxxx.label to BAxxx.thresh.label.
Hope this helps, a.y
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hello list!
Any suggestions on what I may be doing wrong?
Thanks! Andreia
----- Mensagem encaminhada de _andreia_@sapo.pt ----- Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 De: _andreia_@sapo.pt Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area and volume Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, freesurfer freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu
Hi all,
I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface area and volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 fsaverage and run the recon-all BA labels command. Now I run aparcstats2table and get a table with the values but they are the same as before running the BAxxx.threshold.label.
So, everything is working but the values haven't changed. Am I missing something? Do I need to run any other command so to the threshold have effect?
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, although you should ask the list this question.
Sorry, I don't know what values you want to get in a table.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, should I download the version for centOS 4 then?
After running the new BAxxx.thresh.label files how can I get the values in a table?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It doesn't matter. You just need to use those .label files from the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You don't need to run any of the executables from the 5.2 distribution.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
> I'm using Centos5, which file should I download? The one for > CentOS 6 or > 4? >>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>> You'll need to go to the section of recon-all.log under the >> heading "BA > > labels". You'll need to rerun the commands in >> that section, but instead > > of using the BAxxx.label files, us >> the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in the >> fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. >>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>> Hello Anastasia, >>>> How should I proceed to get the different BAs measures >> output with > > > > FS > 5.0? >>>> Thank you very much! >>>> Andreia >>>>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>> The thresholded labels are in the 5.2 version of >> fsaverage > > > > > under: >>>> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: >>>>>>> Anastasia? >>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>> Ok, that was my guess... I am running against a >> deadline, > > > > > > > any > > > > > news on >>>>>> automatically computing the correct threshold script? >> Will I > > > > > > be > > > > able to >>>>>> use it in 5.0? >>>>>>>> Thanks you! >>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>> yes. Surface area will be the affected much >> more than > > > > > > > > > > > > > > > > thickness (and > >>>> > volume of > > > > > > > > > course scales with area) >>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>> Hi Bruce, >>>>>>>>>> Thank you for the quick response! >>>>>>>>>> In the meanwhile, does that also apply to >> cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > >>>>>>> and > > > > > > > > > > > > volume? >>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>> Hi Andreia >>>>>>>>>>>> the issue is that the BA labels contain >> every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > >> that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has any > > > >> non-zero >>>>>>>>> probability (no matter how small!) of being in >> that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > >> the > > > > > > > > > > > > total >>>>>>>>> label area is almost certainly always bigger >> than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > >> BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia >>>>>>>>> has some scripts for automatically computing >> the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > >> threshold, > > > > > > > > > > > > and I >>>>>>>>> believe she and Nick integrated them into 5.2 >> so that > > > > > > > > > the > > > > > > > stats > > > > >>> are >>>>>>>>> computed both thresholded and unthresholded, > >>>>>>>>>> hopefully > > > > > > > they can > > > > >>> >>>>>>>>>>>> comment. >>>>>>>>> Bruce >>>>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt >>>>>>>>> wrote: >>>>>>>>>>>>> Hi all, >>>>>>>>>>>>>> I'm using FS 5.0 and some time ago I >> was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > >>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >> Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> to >>>>>>>>>> threshold the BA in order to have an >> approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > when >>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> overlaying >>>>>>>>>> in the inflated surface. To get surface area >> values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > also > > > > >>>> need to > > > > > > > > > > > > > > use >>>>>>>>>> the label_area and put a threshold >>>>>>>>>> having the possibility to choose the surface >> that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > >>>> either > > > > > > > > > > > > > > white >>>>>>>>>> or pial. >>>>>>>>>>>>>> But I can also get the BA stats in a >> table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > >>> all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> areas >>>>>>>>>> using either mris_anatomical_stats (on each >> label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > usinga > > >>>>>> >>>>>>>>>>>>>> script by >>>>>>>>>> Jamaan to get the table (since I already >> have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> files), >>>>>>>>>> right? >>>>>>>>>>>>>> My question is, which is the >> better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > >>>>>>> to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> >>>> thickness >>>>>>>>>> and surface area values of the BA to export >> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > >>>>>> >>>>>>>>>>>>> analysis >>>>>>>>>> since there are the thresolds issue. >>>>>>>>>>>>>> I want to study mainly cortical >> thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > >>>>> surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>> also >>>>>>>>>> look also at the volume (which is >> surface-based, > > > > > > > > > > thus >>>>>>>>>> thickness*surface are will not be = volume >> since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > are an > > >>>>>> >>>>>>>>>>>>> > average >>>>>>>>>> from each label, right?). >>>>>>>>>>>>>> I' not sure of which approach to >> follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > >>>>> Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> the >>>>>>>>>> measure I'll be using? >>>>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>> >> _______________________________________________ >>>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>>> >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >> _______________________________________________ >>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>> >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>> The information in this e-mail is >>>>>>>>>>>>>>>>> intended > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> only for > > > > > > > > > >>>> the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > >>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom >> it is >>>>>>>>> addressed. If you believe this e-mail was sent >> to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > >> and > > > the > > > > > > > > > e-mail >>>>>>>>> contains patient information, please contact >> the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > >> Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at >>>>>>>>> http://www.partners.org/complianceline . If >> the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > sent > > > >>>> to > > > > > > > > > > > > you in error >>>>>>>>> but does not contain patient information, >> please > > > > > > > > > contact > > > > > > > the > > > >>>> sender > > > > > > > > > > > > and properly >>>>>>>>> dispose of the e-mail. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
----- Fim de mensagem reenviada -----
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Ah ok! Sorry... In both places?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It's .thresh.label, not .threshold.label.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hi Anastasia!
The command in the recon-all.log is this one:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh --regmethod surface
And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like this:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface
gave an error :
SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer Loading source label. No such file or directory mri_label2label: could not open label file /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label Illegal seek ERROR reading /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it worked. I thought that was it, but then the values were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing.
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead of BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as before you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files aren't being used in 5.0.
You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log and rerun those commands yourself, changing every BAxxx.label to BAxxx.thresh.label.
Hope this helps, a.y
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hello list!
Any suggestions on what I may be doing wrong?
Thanks! Andreia
----- Mensagem encaminhada de _andreia_@sapo.pt ----- Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 De: _andreia_@sapo.pt Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area and volume Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, freesurfer freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu
Hi all,
I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface area and volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 fsaverage and run the recon-all BA labels command. Now I run aparcstats2table and get a table with the values but they are the same as before running the BAxxx.threshold.label.
So, everything is working but the values haven't changed. Am I missing something? Do I need to run any other command so to the threshold have effect?
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, although you should ask the list this question.
Sorry, I don't know what values you want to get in a table.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, should I download the version for centOS 4 then?
After running the new BAxxx.thresh.label files how can I get the values in a table?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
> It doesn't matter. You just need to use those .label files from > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You don't need > to run any of the executables from the 5.2 distribution. > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > >> I'm using Centos5, which file should I download? The one for >> CentOS 6 or > 4? >>>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>> You'll need to go to the section of recon-all.log under the >>> heading "BA > > labels". You'll need to rerun the commands in >>> that section, but instead > > of using the BAxxx.label files, us >>> the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in the >>> fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. >>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>> Hello Anastasia, >>>>> How should I proceed to get the different BAs measures >>> output with > > > > FS > 5.0? >>>>> Thank you very much! >>>>> Andreia >>>>>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>> The thresholded labels are in the 5.2 version of >>> fsaverage > > > > > under: >>>>> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: >>>>>>>> Anastasia? >>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>> Ok, that was my guess... I am running against a >>> deadline, > > > > > > > any > > > > > news on >>>>>>> automatically computing the correct threshold script? >>> Will I > > > > > > be > > > > able to >>>>>>> use it in 5.0? >>>>>>>>> Thanks you! >>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>> yes. Surface area will be the affected much >>> more than > > > > > > > > > > > > > > > > thickness (and > >>>>> > volume of > > > > > > > > > course scales with area) >>>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>> Hi Bruce, >>>>>>>>>>> Thank you for the quick response! >>>>>>>>>>> In the meanwhile, does that also apply to >>> cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > >>>>>>>> and > > > > > > > > > > > > volume? >>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>> Hi Andreia >>>>>>>>>>>>> the issue is that the BA labels contain >>> every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > >>> that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has any > > > >>> non-zero >>>>>>>>>> probability (no matter how small!) of being in >>> that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > >>> the > > > > > > > > > > > > total >>>>>>>>>> label area is almost certainly always bigger >>> than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > >>> BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia >>>>>>>>>> has some scripts for automatically computing >>> the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > >>> threshold, > > > > > > > > > > > > and I >>>>>>>>>> believe she and Nick integrated them into 5.2 >>> so that > > > > > > > > > the > > > > > > > stats > > > > >>>> are >>>>>>>>>> computed both thresholded and unthresholded, > >>>>>>>>>>> hopefully > > > > > > > they can > > > > >>>> >>>>>>>>>>>> comment. >>>>>>>>>> Bruce >>>>>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt >>>>>>>>>> wrote: >>>>>>>>>>>>>> Hi all, >>>>>>>>>>>>>>> I'm using FS 5.0 and some time ago I >>> was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > >>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >>> Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> to >>>>>>>>>>> threshold the BA in order to have an >>> approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > when >>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> overlaying >>>>>>>>>>> in the inflated surface. To get surface area >>> values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > also > > > > >>>>> need to > > > > > > > > > > > > > > use >>>>>>>>>>> the label_area and put a threshold >>>>>>>>>>> having the possibility to choose the surface >>> that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > >>>>> either > > > > > > > > > > > > > > white >>>>>>>>>>> or pial. >>>>>>>>>>>>>>> But I can also get the BA stats in a >>> table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > >>>> all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>> areas >>>>>>>>>>> using either mris_anatomical_stats (on each >>> label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > usinga > > >>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> script by >>>>>>>>>>> Jamaan to get the table (since I already >>> have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> files), >>>>>>>>>>> right? >>>>>>>>>>>>>>> My question is, which is the >>> better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > >>>>>>>> to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> >>>> thickness >>>>>>>>>>> and surface area values of the BA to export >>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > >>>>>>> >>>>>>>>>>>>> analysis >>>>>>>>>>> since there are the thresolds issue. >>>>>>>>>>>>>>> I want to study mainly cortical >>> thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > >>>>>> surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> also >>>>>>>>>>> look also at the volume (which is >>> surface-based, > > > > > > > > > > thus >>>>>>>>>>> thickness*surface are will not be = volume >>> since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > are an > > >>>>>>> >>>>>>>>>>>>> > average >>>>>>>>>>> from each label, right?). >>>>>>>>>>>>>>> I' not sure of which approach to >>> follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > >>>>>> Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> the >>>>>>>>>>> measure I'll be using? >>>>>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> _______________________________________________ >>>>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>>>> >>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> _______________________________________________ >>>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>>> >>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>> The information in this e-mail is >>>>>>>>>>>>>>>>>> intended > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> only for > > > > > > > > > >>>>> the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > >>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom >>> it is >>>>>>>>>> addressed. If you believe this e-mail was sent >>> to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > >>> and > > > the > > > > > > > > > e-mail >>>>>>>>>> contains patient information, please contact >>> the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > >>> Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at >>>>>>>>>> http://www.partners.org/complianceline . If >>> the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > sent > > > >>>>> to > > > > > > > > > > > > you in error >>>>>>>>>> but does not contain patient information, >>> please > > > > > > > > > contact > > > > > > > the > > > >>>>> sender > > > > > > > > > > > > and properly >>>>>>>>>> dispose of the e-mail. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
----- Fim de mensagem reenviada -----
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
What you call the output label is up to you. What you call the input label is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Sorry... In both places?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It's .thresh.label, not .threshold.label.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hi Anastasia!
The command in the recon-all.log is this one:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh --regmethod surface
And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like this:
mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface
gave an error :
SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer Loading source label. No such file or directory mri_label2label: could not open label file /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label Illegal seek ERROR reading /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it worked. I thought that was it, but then the values were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing.
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead of BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as before you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files aren't being used in 5.0.
You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log and rerun those commands yourself, changing every BAxxx.label to BAxxx.thresh.label.
Hope this helps, a.y
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hello list!
Any suggestions on what I may be doing wrong?
Thanks! Andreia
----- Mensagem encaminhada de _andreia_@sapo.pt ----- Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 De: _andreia_@sapo.pt Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area and volume Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, freesurfer freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu
Hi all,
I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface area and volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 fsaverage and run the recon-all BA labels command. Now I run aparcstats2table and get a table with the values but they are the same as before running the BAxxx.threshold.label.
So, everything is working but the values haven't changed. Am I missing something? Do I need to run any other command so to the threshold have effect?
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, although you should ask the list this question.
Sorry, I don't know what values you want to get in a table.
On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
> Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, should I > download > the version for centOS 4 then? > > After running the new BAxxx.thresh.label files how can I get the > values in a table? > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > It doesn't matter. You just need to use those .label files from > > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You don't > > need > > to run any of the executables from the 5.2 distribution. > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > I'm using Centos5, which file should I download? The one for > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > You'll need to go to the section of recon-all.log under > > > > > the > > > > heading "BA > > labels". You'll need to rerun the commands > > > > in > > > > that section, but instead > > of using the BAxxx.label > > > > files, us > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in the > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > How should I proceed to get the different BAs > > > > > > measures > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > Thank you very much! > > > > > > Andreia > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > The thresholded labels are in the 5.2 version of > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am running against > > > > > > > > > a > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on > > > > > > > > automatically computing the correct threshold > > > > > > > > script? > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be the affected > > > > > > > > > > > much > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > (and > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > course scales with > > > > > > > area) > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > Thank you for the quick response! > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does that also apply > > > > > > > > > > > > to > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > the issue is that the BA labels > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has any > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > probability (no matter how small!) of > > > > > > > > > > > being in > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > label area is almost certainly always > > > > > > > > > > > bigger > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > has some scripts for automatically > > > > > > > > > > > computing > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I > > > > > > > > > > > believe she and Nick integrated them > > > > > > > > > > > into 5.2 > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > computed both thresholded and > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > they can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0 and some time > > > > > > > > > > > > > > > > ago I > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > threshold the BA in order to have an > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> overlaying > > > > > > > > > > > > in the inflated surface. To get > > > > > > > > > > > > surface area > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > also > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > the label_area and put a threshold > > > > > > > > > > > > having the possibility to choose the > > > > > > > > > > > > surface > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > using either mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > each > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the table (since I > > > > > > > > > > > > already > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > My question is, which is the > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > and surface area values of the BA to > > > > > > > > > > > > export > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis > > > > > > > > > > > > since there are the thresolds issue. > > > > > > > > > > > > > > > > I want to study mainly > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > look also at the volume (which is > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > thickness*surface are will not be = > > > > > > > > > > > > volume > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > are > > > > since > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average > > > > > > > > > > > > from each label, right?). > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of which approach > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > The information in this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom > > > > it is > > > > > > > > > > > addressed. If you believe this e-mail > > > > > > > > > > > was sent > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > contains patient information, please > > > > > > > > > > > contact > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline . > > > > > > > > > > > If > > > > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > sent > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you in error > > > > > > > > > > > but does not contain patient > > > > > > > > > > > information, > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > > > > the > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
----- Fim de mensagem reenviada -----
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Ok. So the first is the input and the second is the output, correct? So I'll have a different file for each out put? Is it possible to have a table with the different measures after the threshold?
Thank you very much and I apologize for the naive questions...
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What you call the output label is up to you. What you call the input label is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Sorry... In both places?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It's .thresh.label, not .threshold.label.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hi Anastasia! The command in the recon-all.log is this one: mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh > --regmethod surface
And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like this: mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface
gave an error : SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer Loading source label. No such file or directory mri_label2label: could not open label file > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label Illegal seek ERROR reading > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it
worked. I > thought that was it, but then the values were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing.
Thank you! Andreia
> > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki
Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead of
BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as before you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new
files > > aren't
being used in 5.0.
> You'll need to find the "BA labels" section in
recon-all.log and rerun
those commands yourself, changing every BAxxx.label to > >
BAxxx.thresh.label.
> Hope this helps,
a.y
> On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > Hello list! > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? > > > Thanks! Andreia > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de
_andreia_@sapo.pt -----
Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 De: _andreia_@sapo.pt Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface
area and > > > volume
Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > freesurfer freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > Hi all, > > > I want to study Brodmann Areas cortical thickness,
surface area and
volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 fsaverage and run the recon-all BA labels command. Now I run aparcstats2table and get a table with the values but they are the same as before running the BAxxx.threshold.label. > > > So, everything is working but the values haven't
changed. Am I > > > missing
something? Do I need to run any other command so to the
threshold > > > have
effect? > > > Andreia > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > Sounds like centos4 is probably the safest bet for
you, although > > > > you
> should ask the list this question. > > > > > Sorry, I don't know what values you want to get in a table. > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2,
should I > > > > > download
> > the version for centOS 4 then? > > > > > > > After running the new BAxxx.thresh.label files
how can I get the
> > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia
Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
> > > > > > > > It doesn't matter. You just need to use those
.label files from
> > > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You
don't > > > > > > need
> > > to run any of the executables from the 5.2 distribution. > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which file should I
download? The one for
> > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > You'll need to go to the section of recon-all.log
under > > > > > > > > > the
> > > > > heading "BA > > labels". You'll need to rerun the
commands > > > > > > > > in
> > > > > that section, but instead > > of using the
BAxxx.label > > > > > > > > files, us
> > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in the > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > How should I proceed to get the different BAs > > > > > > > > measures > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > Andreia > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > The thresholded labels are in the 5.2 version of > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > >
$FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label
> > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am running
against > > > > > > > > > > > > > a
> > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on > > > > > > > > > automatically computing the correct
threshold > > > > > > > > > > > > script?
> > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be the
affected > > > > > > > > > > > > > > > much
> > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > (and >
> > > > > > > > volume of > > > > > > > > > course
scales with > > > > > > > > > > > area)
> > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013,
_andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > Thank you for the quick response! > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does that
also apply > > > > > > > > > > > > > > > > to
> > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > thickness >
> > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > the issue is that the BA
labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain
> > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
has any > > > > > > > > > > >
> > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > probability (no matter how
small!) of > > > > > > > > > > > > > > > being in
> > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > >
So > > > > > > > > > > > > >
> > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > label area is almost certainly
always > > > > > > > > > > > > > > > bigger
> > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > >
actual > > > > > > > > > > > > >
> > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > has some scripts for
automatically > > > > > > > > > > > > > > > computing
> > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I > > > > > > > > > > > > believe she and Nick integrated
them > > > > > > > > > > > > > > > into 5.2
> > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > >
stats > > > > > > > > > > > >
> > > > > > are > > > > > > > > > > > > computed both thresholded and > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > >
they can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar
2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0 and
some time > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I
> > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > threshold the BA in order to have an > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> overlaying > > > > > > > > > > > > > in the inflated surface. To
get > > > > > > > > > > > > > > > > surface area
> > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > >
also > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > the label_area and put a threshold > > > > > > > > > > > > > having the possibility to
choose the > > > > > > > > > > > > > > > > surface
> > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > >
want, > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also get the
BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a
> > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > using either
mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > each
> > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > >
usinga > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the table (since
I > > > > > > > > > > > > > > > > already
> > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > My question is, which is the > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > > and surface area values of the
BA to > > > > > > > > > > > > > > > > export
> > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > >
statistical > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis > > > > > > > > > > > > > since there are the thresolds issue. > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to study mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > look also at the volume (which is > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are will not
be = > > > > > > > > > > > > > > > > volume
> > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > >
are > > > > > > > > since > > > > > > > > > > an > >
> > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average > > > > > > > > > > > > > from each label, right?). > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of which
approach > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to
> > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > The information in
this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail is
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > person
to > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom > > > > > it is > > > > > > > > > > > > addressed. If you believe this
e-mail > > > > > > > > > > > > > > > was sent
> > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > >
error > > > > > > > > > > > > >
> > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > contains patient information,
please > > > > > > > > > > > > > > > contact
> > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at > > > > > > > > > > > >
http://www.partners.org/complianceline . > > > > > > > > > > > >
> If > > > > > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > >
sent > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you in error > > > > > > > > > > > > but does not contain patient > > > > > > > > > > > > > information, > > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > > >
the > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- Fim de mensagem
reenviada -----
> > > _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > _______________________________________________
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
If you replace *every* occurence of BAxxx.label with BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't have to worry about which one is input and which one is output.
Run *all* the commands from the "BA labels" section, all the way to the end of that section, this will get you to the stats.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ok. So the first is the input and the second is the output, correct? So I'll have a different file for each out put? Is it possible to have a table with the different measures after the threshold?
Thank you very much and I apologize for the naive questions...
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What you call the output label is up to you. What you call the input label is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Sorry... In both places?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
It's .thresh.label, not .threshold.label.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Hi Anastasia! The command in the recon-all.log is this one: mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label
--trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh > --regmethod surface
And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like this: mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface
gave an error : SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer Loading source label. No such file or directory mri_label2label: could not open label file > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label Illegal seek ERROR reading > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it worked. I > thought that was it, but then the values
were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing.
Thank you! Andreia > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead > of BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as before you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files > > aren't being used in 5.0. > > You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log > > and rerun those commands yourself, changing every BAxxx.label to > > BAxxx.thresh.label. > > Hope this helps, a.y > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > Hello list! > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? > > > > Thanks! > Andreia > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > De: _andreia_@sapo.pt > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area > and > > > volume > Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > freesurfer > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > Hi all, > > > > I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface > > > > area and > volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 > fsaverage > and run the recon-all BA labels command. Now I run > aparcstats2table > and get a table with the values but they are the same as before > running the BAxxx.threshold.label. > > > > So, everything is working but the values haven't changed. > > > > Am I > > > missing > something? Do I need to run any other command so to the > threshold > > > have > effect? > > > > Andreia > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, > > > > > although > > > > you > > should ask the list this question. > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to get in a > > > > > > table. > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, > > > > > > > should I > > > > > download > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > After running the new BAxxx.thresh.label files how > > > > > > > > can I get the > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > It doesn't matter. You just need to use those > > > > > > > > > .label files from > > > > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You > > > > don't > > > > > > need > > > > to run any of the executables from the 5.2 distribution. > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which file should I > > > > > > > > > > > download? The one for > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > You'll need to go to the section of recon-all.log > > > > > > > under > > > > > > > > > the > > > > > > heading "BA > > labels". You'll need to rerun the > > > > > > commands > > > > > > > > in > > > > > > that section, but instead > > of using the BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > files, us > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in > > > > > > the > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > How should I proceed to get the different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > The thresholded labels are in the 5.2 version > > > > > > > > > of > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am running > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on > > > > > > > > > > automatically computing the correct > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > script? > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be the > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > course scales > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > area) > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > Thank you for the quick response! > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does that also > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > the issue is that the BA > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > probability (no matter how small!) > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > > label area is almost certainly > > > > > > > > > > > > > always > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > bigger > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > has some scripts for automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick integrated > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > > > > > > > > > > into > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > computed both thresholded and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0 and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > threshold the BA in order to have > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> overlaying > > > > > > > > > > > > > > in the inflated surface. To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > > the label_area and put a > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > having the possibility to choose > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > > using either > > > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the table (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > already > > > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > > My question is, which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > and surface area values of the BA > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > statistical > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis > > > > > > > > > > > > > > since there are the thresolds > > > > > > > > > > > > > > issue. > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to study mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > look also at the volume (which is > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are will not be > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume > > > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > are > > > > > > > > since > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average > > > > > > > > > > > > > > from each label, right?). > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of which > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The information in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom > > > > > > it is > > > > > > > > > > > > > addressed. If you believe this > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > contains patient information, > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contact > > > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > If > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > sent > > > > > > > > the > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you in error > > > > > > > > > > > > > but does not contain patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information, > > > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > the > > > > > > > > please > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fim > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >
Hi,
I run the command for each BA labels of the right hemisphere and then run:
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
Which resulted in:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
What is wrong? Is there a way to run everything that is needed to get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label?
Thank you, Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
If you replace *every* occurence of BAxxx.label with BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't have to worry about which one is input and which one is output.
Run *all* the commands from the "BA labels" section, all the way to the end of that section, this will get you to the stats.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ok. So the first is the input and the second is the output, correct? So I'll have a different file for each out put? Is it possible to have a table with the different measures after the threshold?
Thank you very much and I apologize for the naive questions...
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What you call the output label is up to you. What you call the input label is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Sorry... In both places?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: It's .thresh.label, not .threshold.label. > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > Hi Anastasia! > The command in the recon-all.log is this one: > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label
--trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi
rh > > > > --regmethod surface
> And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label
like > > > > this:
> mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > >
--trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel
./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface > gave an error : > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer Loading source label. No such file or directory mri_label2label: could not open label file > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
Illegal seek ERROR reading > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it
worked. I > > > > > thought that was it, but then the values
were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. > Thank you! > Andreia > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label
instead > > > > > of
> BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the
same as > > > > before
> you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these
new files > > > > > > aren't
> being used in 5.0. > > > You'll need to find the "BA labels" section in
recon-all.log > > > > > > and rerun
> those commands yourself, changing every BAxxx.label to > > > > BAxxx.thresh.label. > > > Hope this helps, > a.y > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > Hello list! > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? > > > > > Thanks! > > Andreia > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > > De: _andreia_@sapo.pt > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness,
surface area > > > > > and > > > volume
> > Para: Anastasia Yendiki
ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > freesurfer
> > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > Hi all, > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical thickness,
surface > > > > > > > > area and
> > volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my
5.0 > > > > > fsaverage
> > and run the recon-all BA labels command. Now I run > > > aparcstats2table > > and get a table with the values but they are the same as before > > running the BAxxx.threshold.label. > > > > > So, everything is working but the values haven't
changed. > > > > > > > > Am I > > > missing
> > something? Do I need to run any other command so to the > > > threshold > > > have > > effect? > > > > > Andreia > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > Sounds like centos4 is probably the safest bet
for you, > > > > > > > > > although > > > > you
> > > should ask the list this question. > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to
get in a > > > > > > > > > > table.
> > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with
5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download
> > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > > After running the new BAxxx.thresh.label
files how > > > > > > > > > > > > can I get the
> > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting
Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
> > > > > > > > > > It doesn't matter. You just need to use
those > > > > > > > > > > > > > .label files from
> > > > > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution.
You > > > > > > > > don't > > > > > > need
> > > > > to run any of the executables from the 5.2 distribution. > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which file should
I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for
> > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > You'll need to go to the section of
recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > the
> > > > > > > heading "BA > > labels". You'll need to rerun
the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in
> > > > > > > that section, but instead > > of using the
BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, us
> > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll
find in > > > > > > > > > > the
> > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > > How should I proceed to get the
different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures
> > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > The thresholded labels are in the 5.2
version > > > > > > > > > > > > > of
> > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: > > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am
running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > >
> > a > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on > > > > > > > > > > > automatically computing the correct > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > >
script?
> > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be
the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > course
scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > area)
> > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for the quick response! > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does
that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue is that the
BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
contain
> > > > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > >
> > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > > probability (no matter how
small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > >
> > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > >
So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > > > label area is almost
certainly > > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > bigger > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > >
actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > has some scripts for
automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > computing > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick
integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > >
> > > > > > into > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > >
> > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > computed both thresholded
and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
unthresholded, > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > >
they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. > > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri,
22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0
and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > >
was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > threshold the BA in order
to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an
> > > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > >
> > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> overlaying > > > > > > > > > > > > > > > in the inflated surface.
To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > > > the label_area and put a > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > having the possibility to
choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also
get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > > > using either > > > > > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each > > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the table
(since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > already > > > > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats >
> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My question is,
which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > >
way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > >
> > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > and surface area values
of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > statistical >
> > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > >
for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis > > > > > > > > > > > > > > > since there are the
thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to study
mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > look also at the volume (which is > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are
will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume > > > > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > are > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average > > > > > > > > > > > > > > > from each label, right?). > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of
which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The information
in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only
for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > >
person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom > > > > > > > it is > > > > > > > > > > > > > > addressed. If you believe
this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > >
> > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > >
error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > contains patient
information, > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contact > > > > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > If > > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > sent > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you in error > > > > > > > > > > > > > > but does not contain
patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > information, > > > > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > the > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fim > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > _______________________________________________ > > Freesurfer mailing list > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > >
Addicionaly, this approach is creating an individual file for each BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs.
I'm kind of lost here...
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Hi,
I run the command for each BA labels of the right hemisphere and then run:
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
Which resulted in:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
What is wrong? Is there a way to run everything that is needed to get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label?
Thank you, Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
If you replace *every* occurence of BAxxx.label with BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't have to worry about which one is input and which one is output.
Run *all* the commands from the "BA labels" section, all the way to the end of that section, this will get you to the stats.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ok. So the first is the input and the second is the output, correct? So I'll have a different file for each out put? Is it possible to have a table with the different measures after the threshold?
Thank you very much and I apologize for the naive questions...
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What you call the output label is up to you. What you call the input label is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Sorry... In both places?
> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > It's .thresh.label, not .threshold.label. > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > Hi Anastasia! > > The command in the recon-all.log is this one: > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh > > > > --regmethod surface > > And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like > > > > this: > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface > > gave an error : > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer > Loading source label. > No such file or directory > mri_label2label: could not open label file > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > Illegal seek > ERROR reading > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it worked. I > > > > > thought that was it, but then the values > were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. > > Thank you! > > Andreia > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead > > > > > of > > BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as > > > > before > > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files > > > > > > aren't > > being used in 5.0. > > > > You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log > > > > > > and rerun > > those commands yourself, changing every BAxxx.label to > > > > > > BAxxx.thresh.label. > > > > Hope this helps, > > a.y > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > Hello list! > > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? > > > > > > Thanks! > > > Andreia > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > > > De: _andreia_@sapo.pt > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area > > > > > and > > > volume > > > Para: Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > freesurfer > > > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > Hi all, > > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface > > > > > > > > area and > > > volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0 > > > > > fsaverage > > > and run the recon-all BA labels command. Now I run > > > > > aparcstats2table > > > and get a table with the values but they are the same as before > > > running the BAxxx.threshold.label. > > > > > > So, everything is working but the values haven't changed. > > > > > > > > Am I > > > missing > > > something? Do I need to run any other command so to the > > > > > threshold > > > have > > > effect? > > > > > > Andreia > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > Sounds like centos4 is probably the safest bet for you, > > > > > > > > > although > > > > you > > > > should ask the list this question. > > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to get in a > > > > > > > > > > table. > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download > > > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > > > After running the new BAxxx.thresh.label files how > > > > > > > > > > > > can I get the > > > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just need to use those > > > > > > > > > > > > > .label files from > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You > > > > > > > > don't > > > > > > need > > > > > > to run any of the executables from the 5.2 distribution. > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which file should I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for > > > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > You'll need to go to the section of recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > the > > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll need to rerun the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in > > > > > > > > that section, but instead > > of using the BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, us > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in > > > > > > > > > > the > > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > > > How should I proceed to get the different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > The thresholded labels are in the 5.2 version > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: > > > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on > > > > > > > > > > > > automatically computing the correct > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > script? > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > course scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > area) > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for the quick response! > > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue is that the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > > > probability (no matter how small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > > > > label area is almost certainly > > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > bigger > > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > has some scripts for automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing > > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I > > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > > > > > > > > > > into > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > > computed both thresholded and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. > > > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0 and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> > > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > threshold the BA in order to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> overlaying > > > > > > > > > > > > > > > > in the inflated surface. To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > > > > the label_area and put a > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > having the possibility to choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > > > > using either > > > > > > > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each > > > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the table (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > already > > > > > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My question is, which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > and surface area values of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > statistical > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis > > > > > > > > > > > > > > > > since there are the thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to study mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > look also at the volume (which is > > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume > > > > > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > are > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average > > > > > > > > > > > > > > > > from each label, right?). > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The information in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom > > > > > > > > it is > > > > > > > > > > > > > > > addressed. If you believe this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > contains patient information, > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contact > > > > > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > If > > > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > sent > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you in error > > > > > > > > > > > > > > > but does not contain patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information, > > > > > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > the > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fim > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > _______________________________________________ > > > Freesurfer mailing list > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > Freesurfer mailing list > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > >
Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I need to use them somehow?
Thanks Andreia
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Addicionaly, this approach is creating an individual file for each BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs.
I'm kind of lost here...
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Hi,
I run the command for each BA labels of the right hemisphere and then run:
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
Which resulted in:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
What is wrong? Is there a way to run everything that is needed to get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label?
Thank you, Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
If you replace *every* occurence of BAxxx.label with BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't have to worry about which one is input and which one is output.
Run *all* the commands from the "BA labels" section, all the way to the end of that section, this will get you to the stats.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ok. So the first is the input and the second is the output, correct? So I'll have a different file for each out put? Is it possible to have a table with the different measures after the threshold?
Thank you very much and I apologize for the naive questions...
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What you call the output label is up to you. What you call the input label is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ah ok! Sorry... In both places? >> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >> It's .thresh.label, not .threshold.label. >> > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >> > > > Hi Anastasia! >> > The command in the recon-all.log is this one: >> > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > >> > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label >> --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi >> rh > > > > --regmethod surface >> > And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label >> like > > > > this: >> > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel >> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > >> > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel >> ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface >> > gave an error : >> > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ >> FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer >> Loading source label. >> No such file or directory >> mri_label2label: could not open label file > > > > >> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >> Illegal seek >> ERROR reading > > > > >> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >> > Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it >> worked. I > > > > > thought that was it, but then the values >> were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. >> > Thank you! >> > Andreia >> > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > >> > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >> > > Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label >> instead > > > > > of >> > BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the >> same as > > > > before >> > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these >> new files > > > > > > aren't >> > being used in 5.0. >> > > > You'll need to find the "BA labels" section in >> recon-all.log > > > > > > and rerun >> > those commands yourself, changing every BAxxx.label to > > >> > > > > BAxxx.thresh.label. >> > > > Hope this helps, >> > a.y >> > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >> > > > > Hello list! >> > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? >> > > > > > Thanks! >> > > Andreia >> > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de > > > > >> > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- >> > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 >> > > De: _andreia_@sapo.pt >> > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, >> surface area > > > > > and > > > volume >> > > Para: Anastasia Yendiki >> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > freesurfer >> > > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > > Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu >> > > > > > Hi all, >> > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical thickness, >> surface > > > > > > > > area and >> > > volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my >> 5.0 > > > > > fsaverage >> > > and run the recon-all BA labels command. Now I run > > > >> > > aparcstats2table >> > > and get a table with the values but they are the same as before >> > > running the BAxxx.threshold.label. >> > > > > > So, everything is working but the values haven't >> changed. > > > > > > > > Am I > > > missing >> > > something? Do I need to run any other command so to the >> > > > > > threshold > > > have >> > > effect? >> > > > > > Andreia >> > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > >> > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >> > > > > > > Sounds like centos4 is probably the safest bet >> for you, > > > > > > > > > although > > > > you >> > > > should ask the list this question. >> > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to >> get in a > > > > > > > > > > table. >> > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >> > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with >> 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download >> > > > > the version for centOS 4 then? >> > > > > > > > > > After running the new BAxxx.thresh.label >> files how > > > > > > > > > > > > can I get the >> > > > > values in a table? >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting >> Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >> > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just need to use >> those > > > > > > > > > > > > > .label files from >> > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. >> You > > > > > > > > don't > > > > > > need >> > > > > > to run any of the executables from the 5.2 distribution. >> > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >> > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which file should >> I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for >> > > > > > > CentOS 6 or > 4? >> > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > >> > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >> > > > > > > > > You'll need to go to the section of >> recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > >> the >> > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll need to rerun >> the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in >> > > > > > > > that section, but instead > > of using the >> BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, us >> > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll >> find in > > > > > > > > > > the >> > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. >> > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >> > > > > > > > > > > Hello Anastasia, >> > > > > > > > > > How should I proceed to get the >> different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> measures >> > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? >> > > > > > > > > > Thank you very much! >> > > > > > > > > > Andreia >> > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >> > > > > > > > > > > The thresholded labels are in the 5.2 >> version > > > > > > > > > > > > > of >> > > > > > > > fsaverage > > > > > under: >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >> > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: >> > > > > > > > > > > > > Anastasia? >> > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >> > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am >> running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > >> > > > > > > a >> > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on >> > > > > > > > > > > > automatically computing the correct >> > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > >> > script? >> > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to >> > > > > > > > > > > > use it in 5.0? >> > > > > > > > > > > > > > Thanks you! >> > > > > > > > > > > > > > Andreia >> > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >> > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be >> the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much >> > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > >> > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > course >> scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > >> area) >> > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > >> > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: >> > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, >> > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for the quick response! >> > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does >> that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to >> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > >> > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > >> > > > > > > > > thickness > >> > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > volume? >> > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! >> > > > > > > > > > > > > > > > Andreia >> > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >> > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia >> > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue is that the >> BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > contain >> > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > non-zero >> > > > > > > > > > > > > > > probability (no matter how >> small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > >> > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > in >> > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > >> > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total >> > > > > > > > > > > > > > > label area is almost >> certainly > > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > bigger >> > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > >> actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia >> > > > > > > > > > > > > > > has some scripts for >> automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > computing >> > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I >> > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick >> integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > >> > > > > > > > > > > into > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 >> > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > >> > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > are >> > > > > > > > > > > > > > > computed both thresholded >> and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > unthresholded, > >> > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > >> they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. >> > > > > > > > > > > > > > > Bruce >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, >> 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt >> > > > > > > > > > > > > > > wrote: >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0 >> and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > ago I >> > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told by > >> > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > >> > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >> > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > to >> > > > > > > > > > > > > > > > threshold the BA in order >> to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an >> > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > >> > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > >> > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > >> approximate > > > > > > > > > > > > > > > when >> > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> overlaying >> > > > > > > > > > > > > > > > in the inflated surface. >> To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > area >> > > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > also > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > >> > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > >> > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > use >> > > > > > > > > > > > > > > > the label_area and put a >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold >> > > > > > > > > > > > > > > > having the possibility to >> choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface >> > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > white >> > > > > > > > > > > > > > > > or pial. >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also >> get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > stats in a >> > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > >> > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > >> > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > table >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > areas >> > > > > > > > > > > > > > > > using either > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each >> > > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by >> > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the table >> (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > already >> > > > > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >> > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), >> > > > > > > > > > > > > > > > right? >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My question is, >> which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the >> > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > >> way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > >> > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > >>>> thickness >> > > > > > > > > > > > > > > > and surface area values >> of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export >> > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > >> statistical > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > >> > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> for > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis >> > > > > > > > > > > > > > > > since there are the >> thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue. >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to study >> mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > cortical >> > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and >> > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > >> > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > >> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > >> > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > >> > > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > >> > > > > > > > > > > > > > > also >> > > > > > > > > > > > > > > > look also at the volume (which is >> > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus >> > > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are >> will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> volume >> > > > > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > are > >> > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > an > > >> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average >> > > > > > > > > > > > > > > > from each label, right?). >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of >> which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > to >> > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... >> > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > >> > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > >> follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > >> > > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > the >> > > > > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> _______________________________________________ >> > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list >> > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > _______________________________________________ >> > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list >> > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The information >> in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > e-mail is >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only >> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > >> person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > >> > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom >> > > > > > > > it is >> > > > > > > > > > > > > > > addressed. If you believe >> this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > >> > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > sent >> > > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > >> error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > e-mail >> > > > > > > > > > > > > > > contains patient >> information, > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> contact >> > > > > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > >> > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > If >> > > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > >> > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > sent > > >> > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > >> > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you in error >> > > > > > > > > > > > > > > but does not contain >> patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > information, >> > > > > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > >> > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > the > >> > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > and properly >> > > > > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > Fim > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > ----- >> > > > > > _______________________________________________ >> > > Freesurfer mailing list >> > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> > > > > > > > > > > _______________________________________________ >> > Freesurfer mailing list >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> > > > > > > >
In the "BA label" section there are: - Several mri_label2label commands that map each label from fsaverage space to your indidvidual's space - One mris_label2annot command that combines the mapped label into an annotation file. - One mris_anatomical_stats command that gets stats for that annotation.
For each of these commands you can run them with --help to see what the inputs and outputs are, or look them up on the wiki.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I need to use them somehow?
Thanks Andreia
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Addicionaly, this approach is creating an individual file for each BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs.
I'm kind of lost here...
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Hi,
I run the command for each BA labels of the right hemisphere and then run:
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
Which resulted in:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
What is wrong? Is there a way to run everything that is needed to get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label?
Thank you, Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
If you replace *every* occurence of BAxxx.label with BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't have to worry about which one is input and which one is output.
Run *all* the commands from the "BA labels" section, all the way to the end of that section, this will get you to the stats.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ok. So the first is the input and the second is the output, correct? So I'll have a different file for each out put? Is it possible to have a table with the different measures after the threshold?
Thank you very much and I apologize for the naive questions...
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What you call the output label is up to you. What you call the input label is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
> Ah ok! Sorry... In both places? >>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>> It's .thresh.label, not .threshold.label. >>>> On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>> Hi Anastasia! >>>> The command in the recon-all.log is this one: >>>> mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > >>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label >>> --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi >>> rh > > > > --regmethod surface >>>> And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label >>> like > > > > this: >>>> mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel >>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > >>>>>> --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel >>> ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface >>>> gave an error : >>>> SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ >>> FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer >>> Loading source label. >>> No such file or directory >>> mri_label2label: could not open label file > > > > >>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >>> Illegal seek >>> ERROR reading > > > > >>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >>>> Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it >>> worked. I > > > > > thought that was it, but then the values >>> were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. >>>> Thank you! >>>> Andreia >>>>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > >>>>>>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>> Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label >>> instead > > > > > of >>>> BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the >>> same as > > > > before >>>> you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these >>> new files > > > > > > aren't >>>> being used in 5.0. >>>>>> You'll need to find the "BA labels" section in >>> recon-all.log > > > > > > and rerun >>>> those commands yourself, changing every BAxxx.label to > > >>>>>>> BAxxx.thresh.label. >>>>>> Hope this helps, >>>> a.y >>>>>> On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>> Hello list! >>>>>>>> Any suggestions on what I may be doing wrong? >>>>>>>> Thanks! >>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>> ----- Mensagem encaminhada de > > > > >>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt ----- >>>>> Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 >>>>> De: _andreia_@sapo.pt >>>>> Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, >>> surface area > > > > > and > > > volume >>>>> Para: Anastasia Yendiki >>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > freesurfer >>>>> freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>> Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>> Hi all, >>>>>>>> I want to study Brodmann Areas cortical thickness, >>> surface > > > > > > > > area and >>>>> volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my >>> 5.0 > > > > > fsaverage >>>>> and run the recon-all BA labels command. Now I run > > > >>>>> aparcstats2table >>>>> and get a table with the values but they are the same as before >>>>> running the BAxxx.threshold.label. >>>>>>>> So, everything is working but the values haven't >>> changed. > > > > > > > > Am I > > > missing >>>>> something? Do I need to run any other command so to the >>>>>>>> threshold > > > have >>>>> effect? >>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > >>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>> Sounds like centos4 is probably the safest bet >>> for you, > > > > > > > > > although > > > > you >>>>>> should ask the list this question. >>>>>>>>>> Sorry, I don't know what values you want to >>> get in a > > > > > > > > > > table. >>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>> Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with >>> 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download >>>>>>> the version for centOS 4 then? >>>>>>>>>>>> After running the new BAxxx.thresh.label >>> files how > > > > > > > > > > > > can I get the >>>>>>> values in a table? >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Quoting >>> Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>> It doesn't matter. You just need to use >>> those > > > > > > > > > > > > > .label files from >>>>>>>> the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. >>> You > > > > > > > > don't > > > > > > need >>>>>>>> to run any of the executables from the 5.2 distribution. >>>>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>>>>>> I'm using Centos5, which file should >>> I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for >>>>>>>>> CentOS 6 or > 4? >>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > >>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>> You'll need to go to the section of >>> recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > >>> the >>>>>>>>>> heading "BA > > labels". You'll need to rerun >>> the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in >>>>>>>>>> that section, but instead > > of using the >>> BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, us >>>>>>>>>> the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll >>> find in > > > > > > > > > > the >>>>>>>>>> fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. >>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>>>> Hello Anastasia, >>>>>>>>>>>> How should I proceed to get the >>> different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> measures >>>>>>>>>> output with > > > > FS > 5.0? >>>>>>>>>>>> Thank you very much! >>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > >>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>> The thresholded labels are in the 5.2 >>> version > > > > > > > > > > > > > of >>>>>>>>>> fsaverage > > > > > under: >>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >>>>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: >>>>>>>>>>>>>>> Anastasia? >>>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>>>>>> Ok, that was my guess... I am >>> running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > >>>>>>>>> a >>>>>>>>>> deadline, > > > > > > > any > > > > > news on >>>>>>>>>>>>>> automatically computing the correct >>>>>>>>>>>>>>>>> threshold > > > > > > > > > > > >>>> script? >>>>>>>>>> Will I > > > > > > be > > > > able to >>>>>>>>>>>>>> use it in 5.0? >>>>>>>>>>>>>>>> Thanks you! >>>>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>>>>>> yes. Surface area will be >>> the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> much >>>>>>>>>> more than > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > (and > >>>>>>>>>>>>> volume of > > > > > > > > > course >>> scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > >>> area) >>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, > > > > >>>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >> wrote: >>>>>>>>>>>>>>>>> Hi Bruce, >>>>>>>>>>>>>>>>>> Thank you for the quick response! >>>>>>>>>>>>>>>>>> In the meanwhile, does >>> that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> to >>>>>>>>>> cortical > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > >>>>>>>>> cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>> cortical > > >>>>>>>>>>> thickness > >>>>>>>>>>>>>>> and > > > > > > > > > > > > volume? >>>>>>>>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Hi Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> the issue is that the >>> BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > >>>>>> contain >>>>>>>>>> every > > > > > > > > > > > > point > > > >>>>>>>>>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>> that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> non-zero >>>>>>>>>>>>>>>>> probability (no matter how >>> small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > >>>>>>>>>> being > > > > > > > > > > > > > > > > > in >>>>>>>>>> that > > > > > > > > > label. > > > > > > >>>> So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> the > > > > > > > > > > > > total >>>>>>>>>>>>>>>>> label area is almost >>> certainly > > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> bigger >>>>>>>>>> than the > > > > > > > > > > > > > > > > >>> actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia >>>>>>>>>>>>>>>>> has some scripts for >>> automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> computing >>>>>>>>>> the > > > > > > > > > correct > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> threshold, > > > > > > > > > > > > and I >>>>>>>>>>>>>>>>> believe she and Nick >>> integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > >>>>>>>>>>>>> into > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 >>>>>>>>>> so that > > > > > > > > > the > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> are >>>>>>>>>>>>>>>>> computed both thresholded >>> and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>> unthresholded, > >>>>>>>>>>>>>>>>>> hopefully > > > > > > > >>> they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>> comment. >>>>>>>>>>>>>>>>> Bruce >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, >>> 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt >>>>>>>>>>>>>>>>> wrote: >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Hi all, >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> I'm using FS 5.0 >>> and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >>>>>>> ago I >>>>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > told by > >>>>>>>>>>>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> was > > > > > > > > > >>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >>>>>>>>>> Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> to >>>>>>>>>>>>>>>>>> threshold the BA in order >>> to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an >>>>>>>>>> approximate > > > > > > > > > > area > > >>>>>>>>>>>>>>>>> approximate > > > > > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > >>>>>>>>> approximate > > > > > > > > > > > > > > > >>> approximate > > > > > > > > > > > > > > > when >>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> overlaying >>>>>>>>>>>>>>>>>> in the inflated surface. >>> To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > area >>>>>>>>>> values > > > > > > > > > > I > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > also > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> values > > > > > > > > > >>>> values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > >>>>>>>>>>> >>> >>>>>>>>>>>> need to > > > > > > > > > > > > > > use >>>>>>>>>>>>>>>>>> the label_area and put a >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> threshold >>>>>>>>>>>>>>>>>> having the possibility to >>> choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> surface >>>>>>>>>> that I > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> either > > > > > > > > > > > > > > white >>>>>>>>>>>>>>>>>> or pial. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> But I can also >>> get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >>>>> stats in a >>>>>>>>>> table > > > > > > > > > > > > > > for > > >>>>>>>>>>>>>>>>> table > > > > > > > > > > > > > > >>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> table > > > > > > > >>>>>>>>>> table > > > > > > > > > > > > > > > > > table >>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>>> all > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> areas >>>>>>>>>>>>>>>>>> using either > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>> mris_anatomical_stats (on > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>> each >>>>>>>>>> label) > > > > > > > > > > or > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> script by >>>>>>>>>>>>>>>>>> Jamaan to get the table >>> (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> already >>>>>>>>>> have the > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> files), >>>>>>>>>>>>>>>>>> right? >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> My question is, >>> which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the >>>>>>>>>> better/correct > > > > > > > > > > > > > > >>> way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>> to > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > >>>>>> > > > >>>>>>>>>>>> get the > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>> >>>> thickness >>>>>>>>>>>>>>>>>> and surface area values >>> of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> export >>>>>>>>>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > >>> statistical > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > >>>>>>>>> > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> analysis >>>>>>>>>>>>>>>>>> since there are the >>> thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> I want to study >>> mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>> >>>> cortical >>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > and >>>>>>>>>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > > > > > >>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> thickness > > > > > >>>>>>>>>>>> >> thickness > > > > > > > > > > > >>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>> >>>>>>>>>>>>> surface > > > > > > > > > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>> >>>>>>>>>>>> area but > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> >>> > >>>>>>>>>>>>>>>>> also >>>>>>>>>>>>>>>>>> look also at the volume (which is >>>>>>>>>> surface-based, > > > > > > > > > > thus >>>>>>>>>>>>>>>>>> thickness*surface are >>> will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> volume >>>>>>>>>> since > > > > > > > > > > they > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > are > >>>>>>>>>> since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > >>>>>> >>>>>>>>> an > > >>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> > average >>>>>>>>>>>>>>>>>> from each label, right?). >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> I' not sure of >>> which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> >>>>>>>>> to >>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > > now... >>>>>>>>>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > >>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> follow > > > > > > >>>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > > > > >>> follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> Does > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>> >>>>>>>>>>> it depend on > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> the >>>>>>>>>>>>>>>>>> measure I'll be using? >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> _______________________________________________ >>>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> The information >>> in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >>>>>>> e-mail is >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> intended > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>> >>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> only >>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > >>>>>>>>>>>> the > > > > > > > > > > > > > > > >>> person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom >>>>>>>>>> it is >>>>>>>>>>>>>>>>> addressed. If you believe >>> this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > >>>>>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > > > > sent >>>>>>>>>> to you > > > > > > > > > in > > > > > > > >>> error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> and > > > the > > > > > > > > > e-mail >>>>>>>>>>>>>>>>> contains patient >>> information, > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>> contact >>>>>>>>>> the > > > > > > > > > Partners > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at >>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > >>>>>> http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> . > > > > > > > > > > > > > > > If >>>>>>>>>> the > > > > > > > > > e-mail was > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > sent > > >>>>>>>>> the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > >>>>> >>>>>>>> >>>>>>>>>>>> to > > > > > > > > > > > > you in error >>>>>>>>>>>>>>>>> but does not contain >>> patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>> information, >>>>>>>>>> please > > > > > > > > > contact > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > the > >>>>>>>>>> please > > > > > > > > > > > please > > > > > > >>>>>> >>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>> sender > > > > > > > > > > > > and properly >>>>>>>>>>>>>>>>> dispose of the e-mail. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>> ----- > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>> Fim > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> de > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>> mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>> reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>> ----- >>>>>>>> _______________________________________________ >>>>> Freesurfer mailing list >>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>> Freesurfer mailing list >>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
After running the mri_label2label and mris_label2annot a new rh.BA.annot file was created (I had to remove the old one since it doesn't overwritte) but when running
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
It says that can't read annotation file:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
I only tried with rh, but I don't think that's a problem is it?
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
In the "BA label" section there are:
- Several mri_label2label commands that map each label from
fsaverage space to your indidvidual's space
- One mris_label2annot command that combines the mapped label into
an annotation file.
- One mris_anatomical_stats command that gets stats for that annotation.
For each of these commands you can run them with --help to see what the inputs and outputs are, or look them up on the wiki.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I need to use them somehow?
Thanks Andreia
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Addicionaly, this approach is creating an individual file for each BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs.
I'm kind of lost here...
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Hi,
I run the command for each BA labels of the right hemisphere and then run:
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
Which resulted in:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
What is wrong? Is there a way to run everything that is needed to get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label?
Thank you, Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
If you replace *every* occurence of BAxxx.label with BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't have to worry about which one is input and which one is output.
Run *all* the commands from the "BA labels" section, all the way to the end of that section, this will get you to the stats.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Ok. So the first is the input and the second is the output, correct? So I'll have a different file for each out put? Is it possible to have a table with the different measures after the threshold?
Thank you very much and I apologize for the naive questions...
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
> What you call the output label is up to you. What you call the > input label is more important - it has to be a file that > actually exists. > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > >> Ah ok! Sorry... In both places? >>>> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>> It's .thresh.label, not .threshold.label. >>>>> On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>> Hi Anastasia! >>>>> The command in the recon-all.log is this one: >>>>> mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > >>>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label >>>> --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi >>>> rh > > > > --regmethod surface >>>>> And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label >>>> like > > > > this: >>>>> mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel >>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > >>>>>>> --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel >>>> ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface >>>>> gave an error : >>>>> SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ >>>> FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer >>>> Loading source label. >>>> No such file or directory >>>> mri_label2label: could not open label file > > > > >>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >>>> Illegal seek >>>> ERROR reading > > > > >>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >>>>> Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it >>>> worked. I > > > > > thought that was it, but then the values >>>> were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. >>>>> Thank you! >>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > >>>>>>>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>> Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label >>>> instead > > > > > of >>>>> BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the >>>> same as > > > > before >>>>> you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these >>>> new files > > > > > > aren't >>>>> being used in 5.0. >>>>>>> You'll need to find the "BA labels" section in >>>> recon-all.log > > > > > > and rerun >>>>> those commands yourself, changing every BAxxx.label to > > >>>>>>>> BAxxx.thresh.label. >>>>>>> Hope this helps, >>>>> a.y >>>>>>> On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>> Hello list! >>>>>>>>> Any suggestions on what I may be doing wrong? >>>>>>>>> Thanks! >>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>> ----- Mensagem encaminhada de > > > > >>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt ----- >>>>>> Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 >>>>>> De: _andreia_@sapo.pt >>>>>> Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, >>>> surface area > > > > > and > > > volume >>>>>> Para: Anastasia Yendiki >>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > freesurfer >>>>>> freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>> Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>> Hi all, >>>>>>>>> I want to study Brodmann Areas cortical thickness, >>>> surface > > > > > > > > area and >>>>>> volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my >>>> 5.0 > > > > > fsaverage >>>>>> and run the recon-all BA labels command. Now I run > > > >>>>>> aparcstats2table >>>>>> and get a table with the values but they are the same as before >>>>>> running the BAxxx.threshold.label. >>>>>>>>> So, everything is working but the values haven't >>>> changed. > > > > > > > > Am I > > > missing >>>>>> something? Do I need to run any other command so to the >>>>>>>>> threshold > > > have >>>>>> effect? >>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > >>>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>> Sounds like centos4 is probably the safest bet >>>> for you, > > > > > > > > > although > > > > you >>>>>>> should ask the list this question. >>>>>>>>>>> Sorry, I don't know what values you want to >>>> get in a > > > > > > > > > > table. >>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>>> Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with >>>> 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download >>>>>>>> the version for centOS 4 then? >>>>>>>>>>>>> After running the new BAxxx.thresh.label >>>> files how > > > > > > > > > > > > can I get the >>>>>>>> values in a table? >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Quoting >>>> Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>>> It doesn't matter. You just need to use >>>> those > > > > > > > > > > > > > .label files from >>>>>>>>> the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. >>>> You > > > > > > > > don't > > > > > > need >>>>>>>>> to run any of the executables from the 5.2 distribution. >>>>>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>>>>>>> I'm using Centos5, which file should >>>> I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for >>>>>>>>>> CentOS 6 or > 4? >>>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > >>>>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>> You'll need to go to the section of >>>> recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > >>>> the >>>>>>>>>>> heading "BA > > labels". You'll need to rerun >>>> the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in >>>>>>>>>>> that section, but instead > > of using the >>>> BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, us >>>>>>>>>>> the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll >>>> find in > > > > > > > > > > the >>>>>>>>>>> fsaverage subject dir in the 5.2 distribution. >>>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>>>>> Hello Anastasia, >>>>>>>>>>>>> How should I proceed to get the >>>> different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> measures >>>>>>>>>>> output with > > > > FS > 5.0? >>>>>>>>>>>>> Thank you very much! >>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>> Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>>> The thresholded labels are in the 5.2 >>>> version > > > > > > > > > > > > > of >>>>>>>>>>> fsaverage > > > > > under: >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >>>>>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote: >>>>>>>>>>>>>>>> Anastasia? >>>>>>>>>>>>>> On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: >>>>>>>>>>>>>>>> Ok, that was my guess... I am >>>> running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > >>>>>>>>>> a >>>>>>>>>>> deadline, > > > > > > > any > > > > > news on >>>>>>>>>>>>>>> automatically computing the correct >>>>>>>>>>>>>>>>>> threshold > > > > > > > > > > > >>>>> script? >>>>>>>>>>> Will I > > > > > > be > > > > able to >>>>>>>>>>>>>>> use it in 5.0? >>>>>>>>>>>>>>>>> Thanks you! >>>>>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>>>>>>> yes. Surface area will be >>>> the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> much >>>>>>>>>>> more than > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > (and > >>>>>>>>>>>>>> volume of > > > > > > > > > course >>>> scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > >>>> area) >>>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, 22 Mar 2013, > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> wrote: >>>>>>>>>>>>>>>>>> Hi Bruce, >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Thank you for the quick response! >>>>>>>>>>>>>>>>>>> In the meanwhile, does >>>> that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> to >>>>>>>>>>> cortical > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> cortical > > >>>>>>>>>>>> thickness > >>>>>>>>>>>>>>>> and > > > > > > > > > > > > volume? >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Quoting Bruce Fischl > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> fischl@nmr.mgh.harvard.edu: >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Hi Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> the issue is that the >>>> BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>> contain >>>>>>>>>>> every > > > > > > > > > > > > point > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>> that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> non-zero >>>>>>>>>>>>>>>>>> probability (no matter how >>>> small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > >>>>>>>>>>> being > > > > > > > > > > > > > > > > > in >>>>>>>>>>> that > > > > > > > > > label. > > > > > > >>>>> So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> the > > > > > > > > > > > > total >>>>>>>>>>>>>>>>>> label area is almost >>>> certainly > > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> bigger >>>>>>>>>>> than the > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia >>>>>>>>>>>>>>>>>> has some scripts for >>>> automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> computing >>>>>>>>>>> the > > > > > > > > > correct > > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> threshold, > > > > > > > > > > > > and I >>>>>>>>>>>>>>>>>> believe she and Nick >>>> integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > >>>>>>>>>>>>>> into > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 >>>>>>>>>>> so that > > > > > > > > > the > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> are >>>>>>>>>>>>>>>>>> computed both thresholded >>>> and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> unthresholded, > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> hopefully > > > > > > > >>>> they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>> comment. >>>>>>>>>>>>>>>>>> Bruce >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> On Fri, >>>> 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> _andreia_@sapo.pt >>>>>>>>>>>>>>>>>> wrote: >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Hi all, >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> I'm using FS 5.0 >>>> and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> ago I >>>>>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > told by > >>>>>>>>>>>>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> was > > > > > > > > > >>>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >>>>>>>>>>> Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> to >>>>>>>>>>>>>>>>>>> threshold the BA in order >>>> to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an >>>>>>>>>>> approximate > > > > > > > > > > area > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> approximate > > > > > > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > >>>>>>>>>> approximate > > > > > > > > > > > > > > > >>>> approximate > > > > > > > > > > > > > > > when >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> overlaying >>>>>>>>>>>>>>>>>>> in the inflated surface. >>>> To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > area >>>>>>>>>>> values > > > > > > > > > > I > > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > also > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> values > > > > > > > > > >>>>> values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> need to > > > > > > > > > > > > > > use >>>>>>>>>>>>>>>>>>> the label_area and put a >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> threshold >>>>>>>>>>>>>>>>>>> having the possibility to >>>> choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> surface >>>>>>>>>>> that I > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> either > > > > > > > > > > > > > > white >>>>>>>>>>>>>>>>>>> or pial. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> But I can also >>>> get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>> stats in a >>>>>>>>>>> table > > > > > > > > > > > > > > for > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> table > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> table > > > > > > > >>>>>>>>>>> table > > > > > > > > > > > > > > > > > table >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>> all > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>> areas >>>>>>>>>>>>>>>>>>> using either > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> mris_anatomical_stats (on > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> each >>>>>>>>>>> label) > > > > > > > > > > or > > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> script by >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Jamaan to get the table >>>> (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> already >>>>>>>>>>> have the > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> files), >>>>>>>>>>>>>>>>>>> right? >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> My question is, >>>> which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the >>>>>>>>>>> better/correct > > > > > > > > > > > > > > >>>> way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> to > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > >>>>>>> > > > >>>>>>>>>>>>> get the > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>> >>>> thickness >>>>>>>>>>>>>>>>>>> and surface area values >>>> of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> export >>>>>>>>>>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > >>>> statistical > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > >>>>>>>>>>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> analysis >>>>>>>>>>>>>>>>>>> since there are the >>>> thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> I want to study >>>> mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>> cortical >>>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > and >>>>>>>>>>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> thickness > > > > > >>>>>>>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> surface > > > > > > > > > > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> area but > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> > >>>>>>>>>>>>>>>>>> also >>>>>>>>>>>>>>>>>>> look also at the volume (which is >>>>>>>>>>> surface-based, > > > > > > > > > > thus >>>>>>>>>>>>>>>>>>> thickness*surface are >>>> will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> volume >>>>>>>>>>> since > > > > > > > > > > they > > > > > >>>>>>> > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > are > >>>>>>>>>>> since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> an > > >>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> > average >>>>>>>>>>>>>>>>>>> from each label, right?). >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> I' not sure of >>>> which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> to >>>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > > now... >>>>>>>>>>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> follow > > > > > > >>>>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> follow > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> Does > > > > > > > > > > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>> >>>>>>>>>>>> it depend on > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>> the >>>>>>>>>>>>>>>>>>> measure I'll be using? >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Thank you! >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Andreia >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>>>>>>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> The information >>>> in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> e-mail is >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> intended > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> only >>>> for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> the > > > > > > > > > > > > > > > >>>> person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>> >> whom >>>>>>>>>>> it is >>>>>>>>>>>>>>>>>> addressed. If you believe >>>> this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > >>>>>>>>>>>> was > > > > > > > > > > > > > > > > > sent >>>>>>>>>>> to you > > > > > > > > > in > > > > > > > >>>> error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> and > > > the > > > > > > > > > e-mail >>>>>>>>>>>>>>>>>> contains patient >>>> information, > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>> contact >>>>>>>>>>> the > > > > > > > > > Partners > > > > > > >>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>> Compliance > > > > > > > > > > > > HelpLine at >>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>> http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> . > > > > > > > > > > > > > > > If >>>>>>>>>>> the > > > > > > > > > e-mail was > > > > >>>>>>> > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > sent > > >>>>>>>>>> the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> to > > > > > > > > > > > > you in error >>>>>>>>>>>>>>>>>> but does not contain >>>> patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>> information, >>>>>>>>>>> please > > > > > > > > > contact > > > > >>>>>>> > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > the > >>>>>>>>>>> please > > > > > > > > > > > please > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>> sender > > > > > > > > > > > > and properly >>>>>>>>>>>>>>>>>> dispose of the e-mail. >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ----- > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> Fim > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>> de > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>> mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>> reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>> ----- >>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>> Freesurfer mailing list >>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>> Freesurfer mailing list >>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >>>>>>>>>>>
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
What's the location of the new rh.BA.annot that was created by mris_label2annot? You need to pass that same file to mris_anatomical_stats with the -a option.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
After running the mri_label2label and mris_label2annot a new rh.BA.annot file was created (I had to remove the old one since it doesn't overwritte) but when running
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
It says that can't read annotation file:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
I only tried with rh, but I don't think that's a problem is it?
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
In the "BA label" section there are:
- Several mri_label2label commands that map each label from fsaverage space
to your indidvidual's space
- One mris_label2annot command that combines the mapped label into an
annotation file.
- One mris_anatomical_stats command that gets stats for that annotation.
For each of these commands you can run them with --help to see what the inputs and outputs are, or look them up on the wiki.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I need to use them somehow?
Thanks Andreia
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Addicionaly, this approach is creating an individual file for each BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs.
I'm kind of lost here...
Quoting _andreia_@sapo.pt:
Hi,
I run the command for each BA labels of the right hemisphere and then run:
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
Which resulted in:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
What is wrong? Is there a way to run everything that is needed to get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label?
Thank you, Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
If you replace *every* occurence of BAxxx.label with BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't have to worry about which one is input and which one is output.
Run *all* the commands from the "BA labels" section, all the way to the end of that section, this will get you to the stats.
On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
> Ok. So the first is the input and the second is the output, > correct? So I'll have a different file for each out put? Is it > possible to have a table with the different measures after the > threshold? > > Thank you very much and I apologize for the naive questions... > > Andreia > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > What you call the output label is up to you. What you call the > > input label is more important - it has to be a file that > > actually exists. > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > Ah ok! Sorry... In both places? > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > It's .thresh.label, not .threshold.label. > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > Hi Anastasia! > > > > > > The command in the recon-all.log is this one: > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > > > > > > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label > > > > > --hemi > > > > > rh > > > > --regmethod surface > > > > > > And I tried substituing BAxxx.label by > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > like > > > > this: > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > > > > > > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > > > > > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface > > > > > > gave an error : > > > > > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ > > > > > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer > > > > > Loading source label. > > > > > No such file or directory > > > > > mri_label2label: could not open label file > > > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > > > Illegal seek > > > > > ERROR reading > > > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > > > > Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and > > > > > > it > > > > > worked. I > > > > > thought that was it, but then the > > > > > values > > > > > were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. > > > > > > Thank you! > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > Hi Andreia - What you're rerunning is using > > > > > > > BAxxx.label > > > > > instead > > > > > of > > > > > > BAxxx.thresh.label. So of course the results will be > > > > > > the > > > > > same as > > > > before > > > > > > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these > > > > > new files > > > > > > aren't > > > > > > being used in 5.0. > > > > > > > > You'll need to find the "BA labels" section in > > > > > recon-all.log > > > > > > and rerun > > > > > > those commands yourself, changing every BAxxx.label to > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. > > > > > > > > Hope this helps, > > > > > > a.y > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > Hello list! > > > > > > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? > > > > > > > > > > Thanks! > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > > > > > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > > > > > > > De: _andreia_@sapo.pt > > > > > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, > > > > > surface area > > > > > and > > > volume > > > > > > > Para: Anastasia Yendiki > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > > > > > > freesurfer > > > > > > > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical > > > > > > > > > > thickness, > > > > > surface > > > > > > > > area and > > > > > > > volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to > > > > > > > my > > > > > 5.0 > > > > > fsaverage > > > > > > > and run the recon-all BA labels command. Now I run > > > > > > > > > > > > > > > > > aparcstats2table > > > > > > > and get a table with the values but they are the same > > > > > > > as before > > > > > > > running the BAxxx.threshold.label. > > > > > > > > > > So, everything is working but the values > > > > > > > > > > haven't > > > > > changed. > > > > > > > > Am I > > > missing > > > > > > > something? Do I need to run any other command so to > > > > > > > the > > > > > > > > > > threshold > > > have > > > > > > > effect? > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > Sounds like centos4 is probably the safest > > > > > > > > > > > bet > > > > > for you, > > > > > > > > > although > > > > you > > > > > > > > should ask the list this question. > > > > > > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to > > > > > get in a > > > > > > > > > > table. > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of working > > > > > > > > > > > > > with > > > > > 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download > > > > > > > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > > > > > > > After running the new > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > files how > > > > > > > > > > > > can I get the > > > > > > > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just need to > > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > those > > > > > > > > > > > > > .label files from > > > > > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 > > > > > > > > > > distritbution. > > > > > You > > > > > > > > don't > > > > > > need > > > > > > > > > > to run any of the executables from the 5.2 > > > > > > > > > > distribution. > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which file > > > > > > > > > > > > > > > > > should > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for > > > > > > > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > You'll need to go to the section of > > > > > recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll need to > > > > > > > > > > > > rerun > > > > > the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > that section, but instead > > of using the > > > > > BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, > > > > > us > > > > > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > > > > > > > > > > > > > you'll > > > > > find in > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 > > > > > > > > > > > > distribution. > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > > > > > > > How should I proceed to get the > > > > > different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures > > > > > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > The thresholded labels are in the > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > version > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am > > > > > running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > news on > > > > > > > > > > > > > > > > automatically computing the > > > > > > > > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > script? > > > > > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much > > > > > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > > > > > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > course > > > > > scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area) > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > quick response! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does > > > > > that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue is that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > > > > > > > probability (no matter > > > > > > > > > > > > > > > > > > > how > > > > > small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > > > > > > > > label area is almost > > > > > certainly > > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > bigger > > > > > > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has some scripts for > > > > > automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick > > > > > integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > into > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computed both > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thresholded > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> comment. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fri, > > > > > 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.0 > > > > > and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> > > > > > > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold the BA in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > order > > > > > to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > overlaying > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in the inflated > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface. > > > > > To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the label_area and put > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > having the possibility > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also > > > > > get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > using either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each > > > > > > > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > already > > > > > > > > > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My question > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is, > > > > > which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and surface area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since there are the > > > > > thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > study > > > > > mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > look also at the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume (which is > > > > > > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are > > > > > will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > from each label, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right?). > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of > > > > > which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information > > > > > in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > whom > > > > > > > > > > > > it is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > addressed. If you > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contains patient > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > HelpLine > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > at > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > If > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail was > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > sent > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you > > > > > > > > > > > > > > in error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > but does not contain > > > > > patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fim > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > >
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
It was automatically created in the same folder of the old one -> label
However, inside this folder there are the old rh.BAxxx.label. The new ones (BAxxx.thresh.label) were created inside the Freesurfer folder, could it be related to that?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What's the location of the new rh.BA.annot that was created by mris_label2annot? You need to pass that same file to mris_anatomical_stats with the -a option.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
After running the mri_label2label and mris_label2annot a new rh.BA.annot file was created (I had to remove the old one since it doesn't overwritte) but when running
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
It says that can't read annotation file:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
I only tried with rh, but I don't think that's a problem is it?
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
In the "BA label" section there are:
- Several mri_label2label commands that map each label from
fsaverage space to your indidvidual's space
- One mris_label2annot command that combines the mapped label into
an annotation file.
- One mris_anatomical_stats command that gets stats for that annotation.
For each of these commands you can run them with --help to see what the inputs and outputs are, or look them up on the wiki.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I need to use them somehow?
Thanks
Andreia
Quoting _andreia_@sapo.pt: Addicionaly, this approach is creating an individual file for each
BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs.
> I'm kind of lost here... > > > > > > > > > Quoting _andreia_@sapo.pt: > > Hi, > > > I run the command for each BA labels of the right
hemisphere and then > > > run:
> > > [user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white > > > Which resulted in: > > > INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume > > >
/home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz...
reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory > > > What is wrong? Is there a way to run everything that is
needed to
get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label? > > > Thank you, Andreia > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > If you replace *every* occurence of BAxxx.label with > BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't > have to worry about which one is input and which one is output. > > > > > Run *all* the commands from the "BA labels"
section, all the way
> to the end of that section, this will get you to the stats. > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > Ok. So the first is the input and the second is
the output,
> > correct? So I'll have a different file for each out put? Is it > > possible to have a table with the different measures after the > > threshold? > > > > > > > Thank you very much and I apologize for the
naive questions...
> > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki
> > > > > > > > What you call the output label is up to you.
What you call the
> > > input label is more important - it has to be a file that > > > actually exists. > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > Ah ok! Sorry... In both places? > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > It's .thresh.label, not .threshold.label. > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > Hi Anastasia! > > > > > > > The command in the recon-all.log is this one: > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage
--srclabel > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel
./rh.BA1.label > > > > > > > > > --hemi
> > > > > > rh > > > > --regmethod surface > > > > > > > And I tried substituing BAxxx.label by > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > like > > > > this: > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > >
> > > > > > > > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > > > > > > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface > > > > > > > gave an error : > > > > > > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ > > > > > > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer > > > > > > Loading source label. > > > > > > No such file or directory > > > > > > mri_label2label: could not open label file > > > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > > > > Illegal seek > > > > > > ERROR reading > > > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > > > > > Thus, I substitued only in the second
BAxxx.label and > > > > > > > > > > it
> > > > > > worked. I > > > > > thought that was it, but
then the > > > > > > > > > values
> > > > > > were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. > > > > > > > Thank you! > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > Hi Andreia - What you're rerunning is using > > > > > > > > > BAxxx.label > > > > > > instead > > > > > of > > > > > > > BAxxx.thresh.label. So of course the results
will be > > > > > > > > > > the
> > > > > > same as > > > > before > > > > > > > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these > > > > > > new files > > > > > > aren't > > > > > > > being used in 5.0. > > > > > > > > > You'll need to find the "BA labels" section in > > > > > > recon-all.log > > > > > > and rerun > > > > > > > those commands yourself, changing every
BAxxx.label to > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. > > > > > > > > > Hope this helps, > > > > > > > a.y > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > Hello list! > > > > > > > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? > > > > > > > > > > > Thanks! > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada
de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > > > > > > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > > > > > > > > De: _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, > > > > > > surface area > > > > > and > > > volume > > > > > > > > Para: Anastasia Yendiki > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > > > > > > > > freesurfer > > > > > > > > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > Cc: Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical > > > > > > > > > > > > thickness, > > > > > > surface > > > > > > > > area and > > > > > > > > volume. I've added the 5.2
BAxxx.threshold.label to > > > > > > > > > > > my
> > > > > > 5.0 > > > > > fsaverage > > > > > > > > and run the recon-all BA labels command. Now
I run > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > aparcstats2table > > > > > > > > and get a table with the values but they are
the same > > > > > > > > > > > as before
> > > > > > > > running the BAxxx.threshold.label. > > > > > > > > > > > So, everything is working but the
values > > > > > > > > > > > > > > haven't
> > > > > > changed. > > > > > > > > Am I > > > missing > > > > > > > > something? Do I need to run any other command
so to > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > > threshold > > > have > > > > > > > > effect? > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > Sounds like centos4 is probably the
safest > > > > > > > > > > > > > > > bet
> > > > > > for you, > > > > > > > > > although > > > > you > > > > > > > > > should ask the list this question. > > > > > > > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to > > > > > > get in a > > > > > > > > > > table. > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
_andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of
working > > > > > > > > > > > > > > > > > with
> > > > > > 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download > > > > > > > > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > > > > > > > > After running the new > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > files how > > > > > > > > > > > > can I get the > > > > > > > > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just
need to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use
> > > > > > those > > > > > > > > > > > > > .label files from > > > > > > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 > > > > > > > > > > > > distritbution. > > > > > > You > > > > > > > > don't > > > > > > need > > > > > > > > > > > to run any of the executables from the
5.2 > > > > > > > > > > > > > > distribution.
> > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which
file > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > should
> > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for > > > > > > > > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > You'll need to go to the section of > > > > > > recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll
need to > > > > > > > > > > > > > > > > rerun
> > > > > > the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > that section, but instead > > of using the > > > > > > BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > >
files, > > > > > > > > > us
> > > > > > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > > > > > > > > > > > > > > > you'll > > > > > > find in > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 > > > > > > > > > > > > > > distribution. > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
_andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > > > > > > > > How should I proceed to get the > > > > > > different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures > > > > > > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > The thresholded labels are
in the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2
> > > > > > version > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
$FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label
> > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am > > > > > > running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > news on > > > > > > > > > > > > > > > > > automatically computing
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > correct
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > script? > > > > > > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to > > > > > > > > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce
Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much > > > > > > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > > > > > > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > course
> > > > > > scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area) > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar
2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > quick response!
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does > > > > > > that also > > > > > > > > > > > > > > > > > >
apply > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
volume?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce
Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue
is that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > >
point > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > probability (no
matter > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > how
> > > > > > small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > label area is almost > > > > > > certainly > > > > > > > > > > > > > > > > >
always > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > bigger > > > > > > > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has some scripts for > > > > > > automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > >
and > > > > > > > > > > > > > > > > I
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick > > > > > > integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > into > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computed both > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thresholded > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>
comment.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
On > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Fri,
> > > > > > 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm
using FS > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.0
> > > > > > and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > >
told > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > >
> by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > >
> > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>
> > > > > > > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold the
BA in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > order
> > > > > > to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > >
area > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > >
when
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > overlaying > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in the
inflated > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface.
> > > > > > To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the label_area
and put > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > having the
possibility > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to
> > > > > > choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also > > > > > > get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > >
for > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > using either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each > > > > > > > > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table
> > > > > > (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
already
> > > > > > > > > > > > > have the > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My
question > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is,
> > > > > > which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and surface
area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values
> > > > > > of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since there are the > > > > > > thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want
to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > study
> > > > > > mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > >
> > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > look also at
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume (which is
> > > > > > > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are > > > > > > will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > >
= > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > >
they > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > from each
label, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right?).
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of > > > > > > which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approach > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > >
> now... > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it
depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measure I'll be using? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer
mailing > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > list
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
information
> > > > > > in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > only > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
>>>>>>>>>>>>>>>> >> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > whom > > > > > > > > > > > > > it is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > addressed. If
you > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe
> > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contains patient > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > > > > >
please > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > >
> HelpLine > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > at > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > If > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail
was > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > >
sent > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > you > > > > > > > > > > > > > > > > in error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > but does not contain > > > > > > patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > >
contact > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and properly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fim > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
In general in unix, "./rh.BA.annot" with the dot in front means "the file rh.BA.annot which is located in the current directory". The current directory is the directory that you last changed to by using the cd command. If you didn't use the cd command, then your current directory is your home directory. In any case, you can find out what you current directory is at any moment by running the "pwd" command.
So, you're telling mris_anatomical_stats to look for rh.BA.annot in your currect directory, because you're running mris_anatomical_stats with the option "-a ./rh.BA.annot". As a result, if rh.BA.annot is NOT in your current directory, mris_anatomical_stats will tell you that it can't find rh.BA.annot. If you want mris_anatomical_stats to be able to find rh.BA.annot, you have to specify the location on the disk where rh.BA.annot can be found.
This is true for most commands - you have to give them the correct path to the files that they need to find, otherwise they can't guess where the files are.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
It was automatically created in the same folder of the old one -> label
However, inside this folder there are the old rh.BAxxx.label. The new ones (BAxxx.thresh.label) were created inside the Freesurfer folder, could it be related to that?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What's the location of the new rh.BA.annot that was created by mris_label2annot? You need to pass that same file to mris_anatomical_stats with the -a option.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
After running the mri_label2label and mris_label2annot a new rh.BA.annot file was created (I had to remove the old one since it doesn't overwritte) but when running
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f ../stats/rh.BA.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
It says that can't read annotation file:
INFO: assuming MGZ format for volumes. computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/mri/wm.mgz... reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... reading input pial surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.pial... reading input white surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
I only tried with rh, but I don't think that's a problem is it?
Thank you!
Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
In the "BA label" section there are:
- Several mri_label2label commands that map each label from fsaverage
space to your indidvidual's space
- One mris_label2annot command that combines the mapped label into an
annotation file.
- One mris_anatomical_stats command that gets stats for that
annotation.
For each of these commands you can run them with --help to see what the inputs and outputs are, or look them up on the wiki.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I need to use them somehow?
Thanks
Andreia
> Quoting _andreia_@sapo.pt: > Addicionaly, this approach is creating an individual file for > each BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these commands for another subject these outputs will be replaced since the name of the files has no info relating to the subject who it belongs. > > I'm kind of lost here... > > > > > > > > > > Quoting _andreia_@sapo.pt: > > > Hi, > > > > I run the command for each BA labels of the right > > > > hemisphere and then > > > run: > > > > [user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f > ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab > SUBJECT rh white > > > > Which resulted in: > > > > INFO: assuming MGZ format for volumes. > computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. > reading volume > > > > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... > reading input surface > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... > reading input pial surface > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... > reading input white surface > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... > could not read annot file ./rh.BA.annot > No such file or directory > mris_anatomical_stats: could not read annotation file > ./rh.BA.annot > No such file or directory > > > > What is wrong? Is there a way to run everything that is > > > > needed to > get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label? > > > > Thank you, > Andreia > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > If you replace *every* occurence of BAxxx.label with > > BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't > > have to worry about which one is input and which one is > > output. > > > > > > Run *all* the commands from the "BA labels" section, > > > > > > all the way > > to the end of that section, this will get you to the stats. > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > Ok. So the first is the input and the second is the > > > > > > > output, > > > correct? So I'll have a different file for each out put? Is > > > it > > > possible to have a table with the different measures after > > > the > > > threshold? > > > > > > > > Thank you very much and I apologize for the naive > > > > > > > > questions... > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > What you call the output label is up to you. > > > > > > > > > What you call the > > > > input label is more important - it has to be a file that > > > > actually exists. > > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > Ah ok! Sorry... In both places? > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > It's .thresh.label, not .threshold.label. > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > Hi Anastasia! > > > > > > > > The command in the recon-all.log is this one: > > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > > > > > > > ./rh.BA1.label > > > > > > > > > --hemi > > > > > > > rh > > > > --regmethod surface > > > > > > > > And I tried substituing BAxxx.label by > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > > like > > > > this: > > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > > > > > > > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod > > > > > > > surface > > > > > > > > gave an error : > > > > > > > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ > > > > > > > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer > > > > > > > Loading source label. > > > > > > > No such file or directory > > > > > > > mri_label2label: could not open label file > > > > > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > > > > > Illegal seek > > > > > > > ERROR reading > > > > > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > > > > > > Thus, I substitued only in the second BAxxx.label > > > > > > > > and > > > > > > > > > > it > > > > > > > worked. I > > > > > thought that was it, but then > > > > > > > the > > > > > > > > > values > > > > > > > were the same. I'm sorry, I'm not sure what is > > > > > > > missing. > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > Hi Andreia - What you're rerunning is using > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.label > > > > > > > instead > > > > > of > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. So of course the results will > > > > > > > > be > > > > > > > > > > the > > > > > > > same as > > > > before > > > > > > > > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c > > > > > > > > these > > > > > > > new files > > > > > > aren't > > > > > > > > being used in 5.0. > > > > > > > > > > You'll need to find the "BA labels" section in > > > > > > > recon-all.log > > > > > > and rerun > > > > > > > > those commands yourself, changing every > > > > > > > > BAxxx.label to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. > > > > > > > > > > Hope this helps, > > > > > > > > a.y > > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > Hello list! > > > > > > > > > > > > Any suggestions on what I may be doing > > > > > > > > > > > > wrong? > > > > > > > > > > > > Thanks! > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > > > > > > > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > > > > > > > > > De: _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area > > > > > > > > > thickness, > > > > > > > surface area > > > > > and > > > volume > > > > > > > > > Para: Anastasia Yendiki > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > freesurfer > > > > > > > > > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > Cc: Bruce Fischl > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness, > > > > > > > surface > > > > > > > > area and > > > > > > > > > volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > my > > > > > > > 5.0 > > > > > fsaverage > > > > > > > > > and run the recon-all BA labels command. Now I > > > > > > > > > run > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > aparcstats2table > > > > > > > > > and get a table with the values but they are the > > > > > > > > > same > > > > > > > > > > > as before > > > > > > > > > running the BAxxx.threshold.label. > > > > > > > > > > > > So, everything is working but the values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > haven't > > > > > > > changed. > > > > > > > > Am I > > > missing > > > > > > > > > something? Do I need to run any other command so > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > threshold > > > have > > > > > > > > > effect? > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > Sounds like centos4 is probably the > > > > > > > > > > > > > safest > > > > > > > > > > > > > > > bet > > > > > > > for you, > > > > > > > > > although > > > > you > > > > > > > > > > should ask the list this question. > > > > > > > > > > > > > > Sorry, I don't know what values you > > > > > > > > > > > > > > want to > > > > > > > get in a > > > > > > > > > > table. > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of > > > > > > > > > > > > > > > working > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > > > > > > > > download > > > > > > > > > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > > > > > > > > > After running the new > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > > files how > > > > > > > > > > > > can I get the > > > > > > > > > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just need > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > those > > > > > > > > > > > > > .label files from > > > > > > > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > distritbution. > > > > > > > You > > > > > > > > don't > > > > > > need > > > > > > > > > > > > to run any of the executables from the 5.2 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > distribution. > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > file > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > should > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > You'll need to go to the section of > > > > > > > recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll need > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > rerun > > > > > > > the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > that section, but instead > > of using > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, > > > > > > > > > us > > > > > > > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > you'll > > > > > > > find in > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > distribution. > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > > > > > > > > > How should I proceed to get the > > > > > > > different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures > > > > > > > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > The thresholded labels are in > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > version > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I am > > > > > > > running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > news on > > > > > > > > > > > > > > > > > > automatically computing the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > script? > > > > > > > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > will be > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > much > > > > > > > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > course > > > > > > > scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area) > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > quick response! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > does > > > > > > > that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > probability (no > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > matter > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > how > > > > > > > small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > total > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > label area is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > almost > > > > > > > certainly > > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > bigger > > > > > > > > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has some scripts > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe she and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Nick > > > > > > > integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > into > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computed both > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thresholded > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > comment. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fri, > > > > > > > 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > FS > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.0 > > > > > > > and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > >>>>>> > > > > > > > > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > order > > > > > > > to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > overlaying > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in the inflated > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface. > > > > > > > To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > need > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the label_area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and put > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > having the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > possibility > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > white > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > using either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each > > > > > > > > > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > already > > > > > > > > > > > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > question > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is, > > > > > > > which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and surface area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > analysis > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since there are > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > study > > > > > > > mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > look also at the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume (which is > > > > > > > > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > will not be > > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > average > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > from each label, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right?). > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sure of > > > > > > > which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > now... > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > it > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measure I'll be > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > using? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mailing > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information > > > > > > > in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > only > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > whom > > > > > > > > > > > > > > it is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > addressed. If you > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > > > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contains patient > > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > Partners > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > HelpLine > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > at > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > If > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > you > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > but does not > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > > patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > properly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > dispose of the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >!
> reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > !
> --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >!
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --ada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > !
> > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >!
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > !
> > > > > > > --- -- > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- -- > > > > > > > > mensagem > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reenviada > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --- --r@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
Oh so that was it... I've cd to the dir where the annot file is and now everything worked just fine... I checked the values in the stats file and they are smaller now.
So I must do that when running the label2label so the files are created in the label dir and not in Freesurfer dir...
By the way, why did the command label2annot created the file in the right dir?
As you're noticing I'm not very familiar with Unix and while using Freesurfer I never had to use the cd command to work...
Thank you very much Anastasia!
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
In general in unix, "./rh.BA.annot" with the dot in front means "the file rh.BA.annot which is located in the current directory". The current directory is the directory that you last changed to by using the cd command. If you didn't use the cd command, then your current directory is your home directory. In any case, you can find out what you current directory is at any moment by running the "pwd" command.
So, you're telling mris_anatomical_stats to look for rh.BA.annot in your currect directory, because you're running mris_anatomical_stats with the option "-a ./rh.BA.annot". As a result, if rh.BA.annot is NOT in your current directory, mris_anatomical_stats will tell you that it can't find rh.BA.annot. If you want mris_anatomical_stats to be able to find rh.BA.annot, you have to specify the location on the disk where rh.BA.annot can be found.
This is true for most commands - you have to give them the correct path to the files that they need to find, otherwise they can't guess where the files are.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
It was automatically created in the same folder of the old one -> label
However, inside this folder there are the old rh.BAxxx.label. The new ones (BAxxx.thresh.label) were created inside the Freesurfer folder, could it be related to that?
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
What's the location of the new rh.BA.annot that was created by mris_label2annot? You need to pass that same file to mris_anatomical_stats with the -a option.
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
After running the mri_label2label and mris_label2annot a new rh.BA.annot > file was created (I had to remove the old one since it doesn't > overwritte) but when running
[user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f >
../stats/rh.BA.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh white
It says that can't read annotation file: INFO: assuming MGZ format for volumes.
computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. reading volume /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/mri/wm.mgz... reading input surface > /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... reading input pial surface > /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.pial... reading input white surface > /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... could not read annot file ./rh.BA.annot No such file or directory mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot No such file or directory
I only tried with rh, but I don't think that's a problem is it? Thank you! Andreia
> Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: In the "BA label" section there are:
- Several mri_label2label commands that map each label from
fsaverage > > space to your indidvidual's space
- One mris_label2annot command that combines the mapped label
into an > > annotation file.
- One mris_anatomical_stats command that gets stats for that >
annotation.
> For each of these commands you can run them with --help to
see what the > > inputs and outputs are, or look them up on the wiki.
> On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > Nevermind the last email... If I change the output (wich
is the > > > second
place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs id this won't be a problem... Anyway, what are these files
for? Will > > > I
need to use them somehow? > Thanks Andreia > > Quoting _andreia_@sapo.pt: > > Addicionaly, this approach is creating an individual
file for > > > > > each
> BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these > commands for another subject these outputs will be replaced since > the name of the files has no info relating to the subject who it > belongs. > > > I'm kind of lost here... > > > > > > > > > > > Quoting _andreia_@sapo.pt: > > > > Hi, > > > > > I run the command for each BA labels of the right > > > > > > hemisphere and then > > > run: > > > > > [user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f > > ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab > > SUBJECT rh white > > > > > Which resulted in: > > > > > INFO: assuming MGZ format for volumes. > > computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. > > reading volume > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz...
> > reading input surface > > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... > > reading input pial surface > > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... > > reading input white surface > > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... > > could not read annot file ./rh.BA.annot > > No such file or directory > > mris_anatomical_stats: could not read annotation file > > > ./rh.BA.annot > > No such file or directory > > > > > What is wrong? Is there a way to run everything
that is > > > > > > > > needed to
> > get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label? > > > > > Thank you, > > Andreia > > > > > Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > If you replace *every* occurence of BAxxx.label with > > > BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't > > > have to worry about which one is input and which one
is > > > > > > output.
> > > > > > > Run *all* the commands from the "BA labels"
section, > > > > > > > > > > all the way
> > > to the end of that section, this will get you to the stats. > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > Ok. So the first is the input and the second
is the > > > > > > > > > > > output,
> > > > correct? So I'll have a different file for each out
put? Is > > > > > > > it
> > > > possible to have a table with the different measures
after > > > > > > > the
> > > > threshold? > > > > > > > > > Thank you very much and I apologize for
the naive > > > > > > > > > > > > questions...
> > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > What you call the output label is up to
you. > > > > > > > > > > > > > What you call the
> > > > > input label is more important - it has to be a file that > > > > > actually exists. > > > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > Ah ok! Sorry... In both places? > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > It's .thresh.label, not .threshold.label. > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > Hi Anastasia! > > > > > > > > > The command in the recon-all.log is this one: > > > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage
--srclabel > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label
> > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > > > > > > > > > ./rh.BA1.label > > > > > > > > > --hemi > > > > > > > > rh > > > > --regmethod surface > > > > > > > > > And I tried substituing BAxxx.label by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > > > like > > > > this: > > > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel > > > > > > > > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh
--regmethod > > > > > > > > > > > surface
> > > > > > > > > gave an error : > > > > > > > > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ > > > > > > > > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer > > > > > > > > Loading source label. > > > > > > > > No such file or directory > > > > > > > > mri_label2label: could not open label file > > > > > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > > > > > > Illegal seek > > > > > > > > ERROR reading > > > > > > > > > > > >
/home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > > > > > > > Thus, I substitued only in the second
BAxxx.label > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > it
> > > > > > > > worked. I > > > > > thought that was it,
but then > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > values
> > > > > > > > were the same. I'm sorry, I'm not sure what
is > > > > > > > > > > > missing.
> > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia
Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > Hi Andreia - What you're rerunning is
using > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.label
> > > > > > > > instead > > > > > of > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. So of course the
results will > > > > > > > > > > > > be > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > same as > > > > before > > > > > > > > > you copied over the BAxxx.thresh.label
files, b/c > > > > > > > > > > > > these
> > > > > > > > new files > > > > > > aren't > > > > > > > > > being used in 5.0. > > > > > > > > > > > You'll need to find the "BA labels" section in > > > > > > > > recon-all.log > > > > > > and rerun > > > > > > > > > those commands yourself, changing every > > > > > > > > > > BAxxx.label to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. > > > > > > > > > > > Hope this helps, > > > > > > > > > a.y > > > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote: > > > > > > > > > > > > Hello list! > > > > > > > > > > > > > Any suggestions on what I may be
doing > > > > > > > > > > > > > > > > wrong?
> > > > > > > > > > > > > Thanks! > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem
encaminhada de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt ----- > > > > > > > > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 > > > > > > > > > > De: _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area > > > > > > > > > > > thickness, > > > > > > > > surface area > > > > > and > > > volume > > > > > > > > > > Para: Anastasia Yendiki > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > freesurfer > > > > > > > > > > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > Cc: Bruce Fischl > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > I want to study Brodmann Areas
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness, > > > > > > > > surface > > > > > > > > area and > > > > > > > > > > volume. I've added the 5.2
BAxxx.threshold.label > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > >
> > my > > > > > > > > 5.0 > > > > > fsaverage > > > > > > > > > > and run the recon-all BA labels command.
Now I > > > > > > > > > > > > > run > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > aparcstats2table > > > > > > > > > > and get a table with the values but they
are the > > > > > > > > > > > > > same > > > > > > > > > > > as before
> > > > > > > > > > running the BAxxx.threshold.label. > > > > > > > > > > > > > So, everything is working but the
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
haven't
> > > > > > > > changed. > > > > > > > > Am I > > > missing > > > > > > > > > > something? Do I need to run any other
command so > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > > > > threshold > > > have > > > > > > > > > > effect? > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > Sounds like centos4 is probably
the > > > > > > > > > > > > > > > > > safest > > > > > > > > > >
> > > bet > > > > > > > > for you, > > > > > > > > > although > > > > you > > > > > > > > > > > should ask the list this question. > > > > > > > > > > > > > > > Sorry, I don't know what
values you > > > > > > > > > > > > > > > > > > want to
> > > > > > > > get in a > > > > > > > > > > table. > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
_andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking
of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > working > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > > > > > > > > > > download > > > > > > > > > > > > the version for centOS 4 then? > > > > > > > > > > > > > > > > > After running the new > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label > > > > > > > > files how > > > > > > > > > > > > can I get the > > > > > > > > > > > > values in a table? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Quoting
> > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You
just need > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > those > > > > > > > > > > > > > .label files from > > > > > > > > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
distritbution.
> > > > > > > > You > > > > > > > > don't > > > > > > need > > > > > > > > > > > > > to run any of the executables from
the 5.2 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
distribution. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
_andreia_@sapo.pt wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5,
which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > file > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > should > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > download?
The one > > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > for
> > > > > > > > > > > > > > CentOS 6 or > 4? > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > You'll need to go to the section of > > > > > > > > recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > heading "BA > > labels".
You'll need > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > rerun > > > > > > > > the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > that section, but instead > >
of using > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > files, > > > > > > > > > us > > > > > > > > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files,
which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > you'll > > > > > > > > find in > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > fsaverage subject dir in the
5.2 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > distribution. > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Hello Anastasia, > > > > > > > > > > > > > > > > > How should I proceed to get the > > > > > > > > different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures > > > > > > > > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you very much! > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia
Yendiki > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > The thresholded labels
are in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > > version > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > fsaverage > > > > > under: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
$FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013,
Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fischl > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia? > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
_andreia_@sapo.pt wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my
guess... > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I am
> > > > > > > > running > > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > news on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > automatically
computing the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > script? > > > > > > > > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > >
able > > > > > > > > > > > > > > > > > > to
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > use it in 5.0? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting
Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fischl
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface
area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > will be
> > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > >
affected > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > much > > > > > > > > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > >
(and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
course
> > > > > > > > scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area) > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22
Mar 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andreia_@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you
for the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > quick response! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > In the
meanwhile, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > does
> > > > > > > > that also > > > > > > > > > > > > > > > > >
apply > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > >
> > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >
cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting
Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fischl
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > fischl@nmr.mgh.harvard.edu: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
issue is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
labels > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > >
point > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
every > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has > > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> >
> > > > > > > > > > > > > > > non-zero > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > probability
(no > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > matter > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > how > > > > > > > > small!) > > > > > > > > > > > > > > > > >
of > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > >
label. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > total
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > label area
is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > almost
> > > > > > > > certainly > > > > > > > > > > > > > > > > >
always > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > bigger > > > > > > > > > > > > > > > than the > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > actual > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has some
scripts > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for
> > > > > > > > automatically > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > >
correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe she
and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Nick
> > > > > > > > integrated > > > > > > > > > > > > > > > > >
them > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > into > > > >
> > > > > > > > > > > 5.2 > > > > > > > > > > > > > > > so that > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > are > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computed
both > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thresholded > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > >
can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > comment. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > On > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Fri, > > > > > > > > 22 Mar > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
_andreia_@sapo.pt
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
I'm using > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> FS > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.0 > > > > > > > > and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > >
> > > told > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > >
> > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
>>>>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>>
> > > > > > >>>>>>
> > > > > > > > > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold
the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > order > > > > > > > > to have > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > >
> > > area > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > when > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > overlaying > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in the
inflated > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface. > > > > > > > > To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > >
I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > need > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > >
> > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > >
> > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > >
> > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > >
> > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
label_area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and put > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > having
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > possibility > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > choose > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > that I > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> white
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > or pial. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
But I can > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> also > > > > > > > > get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > >
table > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > areas > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > using
either > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
mris_anatomical_stats (on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each > > > > > > > > > > > > > > > label) > > > > > > > > > >
or > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to
get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > > > (since I > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > already > > > > > > > > > > > > > > > have the > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
My > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > question > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is, > > > > > > > > which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and
surface area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > of the BA > > > > > > > > > > > > > > > > >
to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > export > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > statistical > > > > > > > > > > > > > > > >
for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
analysis
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since
there are > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > thresolds > > > > > > > > > > > > > > > > > >
issue.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I
want to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > study > > > > > > > > mainly > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
cortical
> > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > and
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
area > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > but > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > also > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > look also
at the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume (which is > > > > > > > > > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thus > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
thickness*surface > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> are > > > > > > > > will not be > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > >
they > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
are >
> > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > >
since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > >
since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > average > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > from each
label, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right?). > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
I' not > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
sure of
> > > > > > > > which > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
to
> > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > now...
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Does > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
follow > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > follow > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
it > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
depend on > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measure
I'll be > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > using?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Thank > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
you!
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mailing > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer
mailing > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > list
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
The > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information > > > > > > > > in this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
intended > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > only > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > person to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > whom > > > > > > > > > > > > > > > it is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > addressed.
If you > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > >
e-mail > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > >
this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > > > > > > > > > to you > > > > > > > > >
in > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contains patient > > > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contact > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > >
Partners > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > HelpLine > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > >
Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > at > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
http://www.partners.org/complianceline > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > If > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > >
e-mail > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > the > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sent > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > you > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > in > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > but does
not > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain
> > > > > > > > patient > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > >
contact > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > please > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
the >
> > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > >
please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sender > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > >
please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > >
please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > >
please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > please > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > pleas
[Texto truncado]
No problem, you can usually find the answers to most of these types of questions in the help text of the commands. For example if you run "mris_label2annot --help" you'll see:
[...]
--a annotname
Name of the annotation to create. The actual file will be called hemi.annotname.annot, and it will be created in subject/label. If this file exists, then mris_label2annot exits immediately with an error message. It is then up to the user to manually delete this file (this is so annotations are not accidentally deleted, which could be a huge inconvenience).
[...]
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Oh so that was it... I've cd to the dir where the annot file is and now everything worked just fine... I checked the values in the stats file and they are smaller now.
So I must do that when running the label2label so the files are created in the label dir and not in Freesurfer dir...
By the way, why did the command label2annot created the file in the right dir?
As you're noticing I'm not very familiar with Unix and while using> Freesurfer I never had to use the cd command to work...
Thank you very much Anastasia!
I'll bear that in mind next time!
Thank you!! Andreia
Quoting Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu:
No problem, you can usually find the answers to most of these types of questions in the help text of the commands. For example if you run "mris_label2annot --help" you'll see:
[...]
--a annotname
Name of the annotation to create. The actual file will be called hemi.annotname.annot, and it will be created in subject/label. If this file exists, then mris_label2annot exits immediately with an error message. It is then up to the user to manually delete this file (this is so annotations are not accidentally deleted, which could be a huge inconvenience).
[...]
On Tue, 26 Mar 2013, _andreia_@sapo.pt wrote:
Oh so that was it... I've cd to the dir where the annot file is and now everything worked just fine... I checked the values in the stats file and they are smaller now.
So I must do that when running the label2label so the files are created in the label dir and not in Freesurfer dir...
By the way, why did the command label2annot created the file in the right dir?
As you're noticing I'm not very familiar with Unix and while using> Freesurfer I never had to use the cd command to work...
Thank you very much Anastasia!
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
-
_andreia_＠sapo.pt -
Anastasia Yendiki