Hi,
I am new learner in freesurfer and analyzing the difference of the thickness between two groups using qdec.
There is a error as below. I don't know what is the reason.
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 22801.1 -------------------------------- Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. If you seek help with this problem, make sure to send: 1. Your command line: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat 2. The FSGD file (if using one) 3. And the design matrix above Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat
matrix
Design matrix ------------------ 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.600 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.440 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.510 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 2.500 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 35.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.450 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.430 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.390 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.350 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 45.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.300 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.300 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.480 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.310 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.460 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.230 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.410 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.510 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.390 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.540 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 44.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.290 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.420 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 43.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.420 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 2.410 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 2.410; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 2.400; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 29.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 6.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 57.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.330 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.330; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.520; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.360; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 2.570; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.570 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 5.000 0.000 0.000 0.000 2.400; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.370; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 42.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.470 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 54.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 2.450; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.480 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 36.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 2.390; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 9.000 0.000 0.000 0.000 2.300; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.550; --------------------------------
I attached fsgd file.
Thank you.
Best, Seung-Gul --- *Seung Gul Kang, M.D., Ph.D. *
*Psychiatrist, Associate Professor*; Department of Psychiatry, Gil Medical Center, Gachon University, School of Medicine, 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea *Research scholar*; Sleep Disorders Clinical Research Program, Department of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 1 Bowdoin Square, 9th floor, Boston, MA 02114, USA *Collaboration researcher*; Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, 221 Longwood Ave, Boston MA 02115
You can try normalizing your covariates. You can do so before putting them into the fsgd file or you can add the following two lines to your fsgd file:
DeMeanFlag 1
ReScaleFlag 1
On 9/9/16 11:25 PM, Seung Gul Kang wrote:
Hi,
I am new learner in freesurfer and analyzing the difference of the thickness between two groups using qdec.
There is a error as below. I don't know what is the reason.
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 22801.1
Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. If you seek help with this problem, make sure to send:
- Your command line:
mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd/mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat
- The FSGD file (if using one)
- And the design matrix above
Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat
matrix
Design matrix ------------------ 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.600 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.440 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.510 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 2.500 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 35.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.450 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.430 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.390 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.350 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 45.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.300 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.300 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.480 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.310 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.460 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.230 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.410 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.510 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.390 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.540 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 44.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.290 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.420 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 43.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.420 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 2.410 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 2.410; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 2.400; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 29.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 6.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 57.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.330 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.330; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.520; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.360; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 2.570; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.570 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 5.000 0.000 0.000 0.000 2.400; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.370; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 42.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.470 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 54.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 2.450; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.480 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 36.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 2.390; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 9.000 0.000 0.000 0.000 2.300; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.550;
I attached fsgd file.
Thank you.
Best, Seung-Gul
*Seung Gul Kang, M.D., Ph.D. *
*Psychiatrist, Associate Professor*; Department of Psychiatry, Gil Medical Center, Gachon University, School of Medicine, 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea *Research scholar*; Sleep Disorders Clinical Research Program, Department of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 1 Bowdoin Square, 9th floor, Boston, MA 02114, USA *Collaboration researcher*; Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, 221 Longwood Ave, Boston MA 02115
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Dear Douglas Greve,
Thank you so much for your answer. But, unfortunately it did not work.
The problem develops when I put bhth (global thickness) as a covariate. (I want to control age, sex, BDINS, and bhth for the comparison between two groups.) If I don't put bhth as a covariate, there is no problem. And, inerestingly, if I put only bhth as a covariate (without putting other covariates), the error does not develop.
Does the normalization mean the log (bhth)? I changed the bhth into log (bhth) and ran qdec again. However, the error appeared again as below. (Actually, the bhth already shows normal distribution in spss.) I am afraid that normalization would not be solution. Please see the file 1 (my FSGD file) and 2 (FSGD file made in qdec folder).
Normalized matrix condition is 16920.4 Design matrix ------------------ 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 0.415 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 0.387 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 0.399 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 35.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.390 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.385 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.379 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 0.379 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 45.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.362 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.362 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.394 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.390 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 0.382 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 0.374 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 0.399 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.378 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.405 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 44.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 0.359 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.381 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 43.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 0.382 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 0.382; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 0.379; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 29.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 0.382 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 6.000 0.000 0.000 0.000 0.374 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 57.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 0.374 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 0.366; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 0.402; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 0.373; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 0.411; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 0.409 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 5.000 0.000 0.000 0.000 0.380; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.375; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 42.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 54.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 0.388; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.394 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 36.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 0.379; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 9.000 0.000 0.000 0.000 0.362; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.407; -------------------------------- ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 16920.4 -------------------------------- Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. If you seek help with this problem, make sure to send: 1. Your command line: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat 2. The FSGD file (if using one) 3. And the design matrix above Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/contrasts/lh-X-diagnosis-sex-Intercept-thickness.mat
After error message, I tried to put two lines into my FSGD file (file 3) I put two lines into the below of the variables of the last subject. But, I saw the error message again as below (blue letters). Please check the file 3 (my FSGD file) and file 4 (made by qdec fsgd file).
============================================================ Data table loading completed successfully. SUBJECTS_DIR is '/mnt/hgfs/share/kang_fs' ERROR: QdecGlmDesign::GenerateContrasts: factor 1 must have 2 levels ninputs = 47 Checking inputs nframestot = 47 Allocing output Done allocing nframes = 47 Writing to /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh gdfReadHeader: reading /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd WARNING: gdfReadV1: class diagnosis1-sexM is defined but not used. INFO: DeMeanFlag keyword not found, DeMeaning will NOT be done. Continuous Variable Means (all subjects) 0 age 34.7021 8.43225 1 BDINS 4.46809 4.30661 2 bhth 2.41468 0.0807373 Class Means of each Continuous Variable 1 diagnosisH-sexM 31.2727 1.5455 2.4318 2 diagnosisI-sexM 34.0000 7.1111 2.4200 3 diagnosis1-sexM -nan -nan -nan 4 diagnosisH-sexF 34.5333 2.0000 2.3940 5 diagnosisI-sexF 38.5833 8.2500 2.4208 6 diagnosis1-sexF -nan -nan -nan INFO: gd2mtx_method is dods Reading source surface /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/surf/lh.white ERROR: no contrasts specified. Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/Untitled --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label
I hope that you could solve this problem. I will really appreciate if you help.
Best, Seung-Gul ᐧ
--- *Seung Gul Kang, M.D., Ph.D. *
*Psychiatrist, Associate Professor*; Department of Psychiatry, Gil Medical Center, Gachon University, School of Medicine, 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea *Research scholar*; Sleep Disorders Clinical Research Program, Department of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 1 Bowdoin Square, 9th floor, Boston, MA 02114, USA *Collaboration researcher*; Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, 221 Longwood Ave, Boston MA 02115
2016-09-10 11:42 GMT-04:00 Douglas Greve greve@nmr.mgh.harvard.edu:
You can try normalizing your covariates. You can do so before putting them into the fsgd file or you can add the following two lines to your fsgd file:
DeMeanFlag 1
ReScaleFlag 1
On 9/9/16 11:25 PM, Seung Gul Kang wrote:
Hi,
I am new learner in freesurfer and analyzing the difference of the thickness between two groups using qdec.
There is a error as below. I don't know what is the reason.
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 22801.1
Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. If you seek help with this problem, make sure to send:
- Your command line:
mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd/mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis- sex-Intercept-thickness.mat 2. The FSGD file (if using one) 3. And the design matrix above Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/y.mgh --fsgd /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/qdec.fsgd dods --glmdir /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2 --surf fsaverage lh --label /mnt/hgfs/share/kang_fs/fsaverage/label/lh.aparc.label --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Avg-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-H-I-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-Diff-M-F-Intercept-thickness.mat --C /mnt/hgfs/share/kang_fs/qdec/2/contrasts/lh-X-diagnosis- sex-Intercept-thickness.mat
matrix
Design matrix ------------------ 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.600 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.440 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.510 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 2.500 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 35.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.450 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.430 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.390 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.350 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 45.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.300 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.300 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.480 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 28.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.310 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.460 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.230 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.410 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.510 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.390 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.540 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 44.000 0.000 0.000 0.000 4.000 0.000 0.000 0.000 2.290 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.420 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 43.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.420 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 2.410 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 2.410; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 41.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 2.400; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 29.000 0.000 0.000 0.000 13.000 0.000 0.000 0.000 2.400 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 39.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 2.380 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000 6.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 57.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.330 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000 7.000 0.000 0.000 0.000 2.370 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 31.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.330; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.520; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 11.000 0.000 0.000 0.000 2.360; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 32.000 0.000 0.000 0.000 10.000 0.000 0.000 0.000 2.570; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 37.000 0.000 0.000 0.000 2.000 0.000 0.000 0.000 2.570 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 46.000 0.000 0.000 0.000 5.000 0.000 0.000 0.000 2.400; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 48.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.370; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 42.000 0.000 0.000 0.000 3.000 0.000 0.000 0.000 2.470 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 54.000 0.000 0.000 0.000 8.000 0.000 0.000 0.000 2.450; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 30.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.480 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 36.000 0.000 0.000 0.000 12.000 0.000 0.000 0.000 2.390; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 34.000 0.000 0.000 0.000 9.000 0.000 0.000 0.000 2.300; 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 38.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.550;
I attached fsgd file.
Thank you.
Best, Seung-Gul
*Seung Gul Kang, M.D., Ph.D. *
*Psychiatrist, Associate Professor*; Department of Psychiatry, Gil Medical Center, Gachon University, School of Medicine, 21, Namdong-daero 774 beon-gil, Namdong-gu, Incheon, 21565, South Korea *Research scholar*; Sleep Disorders Clinical Research Program, Department of Psychiatry, Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, 1 Bowdoin Square, 9th floor, Boston, MA 02114, USA *Collaboration researcher*; Division of Sleep & Circadian Disorders, Brigham & Women's Hospital, Harvard Medical School, 221 Longwood Ave, Boston MA 02115
Freesurfer mailing listFreesurfer@nmr.mgh.harvard.eduhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
-
Douglas Greve -
Seung Gul Kang