Hello--
I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've attached the log file for one of these subjects. It appears that the control points are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case for this particular person. I have been creating the entire set of tracts, but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp.
Thanks,
Kiely
Hi Kiely,
Have you checked your inter and intra subject registrations? The control points going off the dwi is not only for one paths but for all the paths. If the registration goes terribly wrong, this can happen. You can take a look at
/dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject registration diff-anat)
and
/dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration anat-mni)
I would start by checking that first.
Priti
Hello--
I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've attached the log file for one of these subjects. It appears that the control points are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case for this particular person. I have been creating the entire set of tracts, but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp.
Thanks,
Kiely _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems to have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject registration. When I try to view it using freeview, it's completely dark - I don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this?
Thanks,
Kiely
On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan < rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Hi Kiely,
Have you checked your inter and intra subject registrations? The control points going off the dwi is not only for one paths but for all the paths. If the registration goes terribly wrong, this can happen. You can take a look at
/dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject registration diff-anat)
and
/dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration anat-mni)
I would start by checking that first.
Priti
Hello--
I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've attached the log file for one of these subjects. It appears that the control
points
are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case for this particular person. I have been creating the entire set of
tracts,
but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp.
Thanks,
Kiely _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject registration, so you can look in trac-all.log for the flirt command line that registers diffusion to anatomical and play around with the parameters.
You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM.
Hope this helps, a.y
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems to have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject registration. When I try to view it using freeview, it's completely dark - I don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? Thanks,
Kiely
On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: Hi Kiely,
Have you checked your inter and intra subject registrations? The control points going off the dwi is not only for one paths but for all the paths. If the registration goes terribly wrong, this can happen. You can take a look at /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject registration diff-anat) and /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration anat-mni) I would start by checking that first. Priti > Hello-- > > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've > attached > the log file for one of these subjects. It appears that the control points > are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case > for this particular person. I have been creating the entire set of tracts, > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. > > Thanks, > > Kiely
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of mutualinfo (which is the default in trac-all) to see if that solves your registration problem.
Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject registration, so you can look in trac-all.log for the flirt command line that registers diffusion to anatomical and play around with the parameters.
You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM.
Hope this helps, a.y
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems to have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject registration. When I try to view it using freeview, it's completely dark
- I
don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? Thanks,
Kiely
On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: Hi Kiely,
Have you checked your inter and intra subject registrations? The control points going off the dwi is not only for one paths but for all the paths. If the registration goes terribly wrong, this can happen. You can take a look at /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject registration diff-anat) and /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration anat-mni) I would start by checking that first. Priti > Hello-- > > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've > attached > the log file for one of these subjects. It appears that the control points > are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case > for this particular person. I have been creating the entire set of tracts, > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. > > Thanks, > > Kiely
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt on it's own?
Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of mutualinfo (which is the default in trac-all) to see if that solves your registration problem.
Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject registration, so you can look in trac-all.log for the flirt command line that registers diffusion to anatomical and play around with the parameters.
You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM.
Hope this helps, a.y
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems to have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject registration. When I try to view it using freeview, it's completely dark
- I
don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? Thanks,
Kiely
On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: Hi Kiely,
Have you checked your inter and intra subject registrations? The control points going off the dwi is not only for one paths but for all the paths. If the registration goes terribly wrong, this can happen. You can take a look at /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject registration diff-anat) and /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration anat-mni) I would start by checking that first. Priti > Hello-- > > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've > attached > the log file for one of these subjects. It appears that the control points > are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case > for this particular person. I have been creating the entire set of tracts, > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. > > Thanks, > > Kiely
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
No, this is something you have to try yourself on the command line. If you want to make the change permanent, you can edit the relevant line in $FREESURFER_HOME/bin/trac-preproc.
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt on it's own? Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of mutualinfo (which is the default in trac-all) to see if that solves your registration problem.
> Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject registration, > so you can look in trac-all.log for the flirt command line that registers > diffusion to anatomical and play around with the parameters. > > You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject > registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM. > > Hope this helps, > a.y > > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: > >> Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems to >> have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject >> registration. When I try to view it using freeview, it's completely dark >> - I >> don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? >> Thanks, >> >> Kiely >> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: >> Hi Kiely, >> >> Have you checked your inter and intra subject registrations? The >> control >> points going off the dwi is not only for one paths but for all >> the paths. >> If the registration goes terribly wrong, this can happen. You >> can take a >> look at >> >> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject registration >> diff-anat) >> >> and >> >> /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration >> anat-mni) >> >> I would start by checking that first. >> >> Priti >> >> > Hello-- >> > >> > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. >> However, the >> > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. >> I've >> > attached >> > the log file for one of these subjects. It appears that the >> control points >> > are not within the dwi. A similar problem occurred in a >> subject with >> > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to >> be the case >> > for this particular person. I have been creating the entire >> set of tracts, >> > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. >> > >> > Thanks, >> > >> > Kiely >> > _______________________________________________ >> > Freesurfer mailing list >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> >> >> The information in this e-mail is intended only for the person to whom >> it is >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the >> e-mail >> contains patient information, please contact the Partners Compliance >> HelpLine at >> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you >> in error >> but does not contain patient information, please contact the sender >> and properly >> dispose of the e-mail. >> >> >> >> >> -- >> Kiely M. Donnelly, M.A. >> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology >> University of Cincinnati >> >>_______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
you have to run flirt commandline separately to check if it solves your problem.
Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt on it's own?
Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of mutualinfo (which is the default in trac-all) to see if that solves your registration problem.
Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject
registration,
so you can look in trac-all.log for the flirt command line that
registers
diffusion to anatomical and play around with the parameters.
You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM.
Hope this helps, a.y
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems
to
have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject registration. When I try to view it using freeview, it's completely
dark
- I
don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? Thanks,
Kiely
On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: Hi Kiely,
Have you checked your inter and intra subject registrations?The
control points going off the dwi is not only for one paths but for all the paths. If the registration goes terribly wrong, this can happen. You can take a look at /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subjectregistration
diff-anat) and /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration anat-mni) I would start by checking that first. Priti > Hello-- > > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've > attached > the log file for one of these subjects. It appears that the control points > are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case > for this particular person. I have been creating the entire set of tracts, > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. > > Thanks, > > Kiely
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to
whom
it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and
the
e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to
you
in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
I tried using corratio and it seems to have fixed the registration issue. I'm very new to this so just want to make sure I did it correctly before I move forward. Should the command line look something like this if I am running it in this individuals dmri directory:
flirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz -out lowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat -cost corratio
Thanks so much for your help.
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan < rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
you have to run flirt commandline separately to check if it solves your problem.
Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run
flirt
on it's own?
Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of mutualinfo (which is the default in trac-all) to see if that solves your registration problem.
Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject
registration,
so you can look in trac-all.log for the flirt command line that
registers
diffusion to anatomical and play around with the parameters.
You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM.
Hope this helps, a.y
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems
to
have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject registration. When I try to view it using freeview, it's completely
dark
- I
don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? Thanks,
Kiely
On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: Hi Kiely,
Have you checked your inter and intra subject registrations?The
control points going off the dwi is not only for one paths but for all the paths. If the registration goes terribly wrong, this can happen. You can take a look at /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subjectregistration
diff-anat) and /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration anat-mni) I would start by checking that first. Priti > Hello-- > > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. However, the > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. I've > attached > the log file for one of these subjects. It appears that the control points > are not within the dwi. A similar problem occurred in a subject with > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to be the case > for this particular person. I have been creating the entire set of tracts, > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. > > Thanks, > > Kiely
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to
whom
it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and
the
e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to
you
in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
The .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/.
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
I tried using corratio and it seems to have fixed the registration issue. I'm very new to this so just want to make sure I did it correctly before I move forward. Should the command line look something like this if I am running it in this individuals dmri directory:
flirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz -out lowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat -cost corratio
Thanks so much for your help.
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: you have to run flirt commandline separately to check if it solves your problem.
> Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt > on it's own? > > Thanks, > > Kiely > > On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < > rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >> Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of >> mutualinfo >> (which is the default in trac-all) to see if that solves your >> registration >> problem. >> >> >> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject >> registration, >> > so you can look in trac-all.log for the flirt command line that >> registers >> > diffusion to anatomical and play around with the parameters. >> > >> > You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject >> > registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM. >> > >> > Hope this helps, >> > a.y >> > >> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: >> > >> >> Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems >> to >> >> have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject >> >> registration. When I try to view it using freeview, it's completely >> dark >> >> - I >> >> don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? >> >> Thanks, >> >> >> >> Kiely >> >> >> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan >> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: >> >> Hi Kiely, >> >> >> >> Have you checked your inter and intra subject registrations? >> The >> >> control >> >> points going off the dwi is not only for one paths but for all >> >> the paths. >> >> If the registration goes terribly wrong, this can happen. You >> >> can take a >> >> look at >> >> >> >> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject >> registration >> >> diff-anat) >> >> >> >> and >> >> >> >> /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration >> >> anat-mni) >> >> >> >> I would start by checking that first. >> >> >> >> Priti >> >> >> >> > Hello-- >> >> > >> >> > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. >> >> However, the >> >> > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. >> >> I've >> >> > attached >> >> > the log file for one of these subjects. It appears that the >> >> control points >> >> > are not within the dwi. A similar problem occurred in a >> >> subject with >> >> > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to >> >> be the case >> >> > for this particular person. I have been creating the entire >> >> set of tracts, >> >> > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. >> >> > >> >> > Thanks, >> >> > >> >> > Kiely >> >> > _______________________________________________ >> >> > Freesurfer mailing list >> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> >> >> >> >> >> >> The information in this e-mail is intended only for the person to >> whom >> >> it is >> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and >> the >> >> e-mail >> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance >> >> HelpLine at >> >> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to >> you >> >> in error >> >> but does not contain patient information, please contact the sender >> >> and properly >> >> dispose of the e-mail. >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> Kiely M. Donnelly, M.A. >> >> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology >> >> University of Cincinnati >> >> >> >>_______________________________________________ >> > Freesurfer mailing list >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> > > > -- > Kiely M. Donnelly, M.A. > Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > University of Cincinnati >-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
That seemed to fix the registration issue, but I'm still unable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts.
Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
The .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/.
On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
I tried using corratio and it seems to have fixed the registration issue.
I'm very new to this so just want to make sure I did it correctly before I move forward. Should the command line look something like this if I am running it in this individuals dmri directory:
flirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz -out lowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat -cost corratio
Thanks so much for your help.
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: you have to run flirt commandline separately to check if it solves your problem.
> Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt > on it's own? > > Thanks, > > Kiely > > On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < > rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >> Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of >> mutualinfo >> (which is the default in trac-all) to see if that solves your >> registration >> problem. >> >> >> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject >> registration, >> > so you can look in trac-all.log for the flirt command line that >> registers >> > diffusion to anatomical and play around with the parameters. >> > >> > You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject >> > registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM. >> > >> > Hope this helps, >> > a.y >> > >> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: >> > >> >> Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems >> to >> >> have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject >> >> registration. When I try to view it using freeview, it's completely >> dark >> >> - I >> >> don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? >> >> Thanks, >> >> >> >> Kiely >> >> >> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan >> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: >> >> Hi Kiely, >> >> >> >> Have you checked your inter and intra subject registrations? >> The >> >> control >> >> points going off the dwi is not only for one paths but for all >> >> the paths. >> >> If the registration goes terribly wrong, this can happen. You >> >> can take a >> >> look at >> >> >> >> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz (For intra subject >> registration >> >> diff-anat) >> >> >> >> and >> >> >> >> /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration >> >> anat-mni) >> >> >> >> I would start by checking that first. >> >> >> >> Priti >> >> >> >> > Hello-- >> >> > >> >> > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. >> >> However, the >> >> > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. >> >> I've >> >> > attached >> >> > the log file for one of these subjects. It appears that the >> >> control points >> >> > are not within the dwi. A similar problem occurred in a >> >> subject with >> >> > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to >> >> be the case >> >> > for this particular person. I have been creating the entire >> >> set of tracts, >> >> > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. >> >> > >> >> > Thanks, >> >> > >> >> > Kiely >> >> > ______________________________**_________________ >> >> > Freesurfer mailing list >> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.**edu/mailman/listinfo/**freesurfer<https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> >> >> >> >> >> >> >> >> The information in this e-mail is intended only for the person to >> whom >> >> it is >> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and >> the >> >> e-mail >> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance >> >> HelpLine at >> >> http://www.partners.org/**complianceline<http://www.partners.org/complianceline>. If the e-mail was sent to >> you >> >> in error >> >> but does not contain patient information, please contact the sender >> >> and properly >> >> dispose of the e-mail. >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> Kiely M. Donnelly, M.A. >> >> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology >> >> University of Cincinnati >> >> >> >>____________________________**___________________ >> > Freesurfer mailing list >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.**edu/mailman/listinfo/**freesurfer<https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> >> >> > > > -- > Kiely M. Donnelly, M.A. > Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > University of Cincinnati >-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Were the old .mat files replaced with the new ones?
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
That seemed to fix the registration issue, but I'm still unable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
The .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/. On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: I tried using corratio and it seems to have fixed the registration issue. I'm very new to this so just want to make sure I did it correctly before I move forward. Should the command line look something like this if I am running it in this individuals dmri directory: flirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz -out lowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat -cost corratio Thanks so much for your help. Kiely On Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: you have to run flirt commandline separately to check if it solves your problem. > Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt > on it's own? > > Thanks, > > Kiely > > On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < > rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >> Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of >> mutualinfo >> (which is the default in trac-all) to see if that solves your >> registration >> problem. >> >> >> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject >> registration, >> > so you can look in trac-all.log for the flirt command line that >> registers >> > diffusion to anatomical and play around with the parameters. >> > >> > You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject >> > registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM. >> > >> > Hope this helps, >> > a.y >> > >> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: >> > >> >> Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems >> to >> >> have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject >> >> registration. When I try to view it using freeview, it's completely >> dark >> >> - I >> >> don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? >> >> Thanks, >> >> >> >> Kiely >> >> >> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan >> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: >> >> Hi Kiely, >> >> >> >> Have you checked your inter and intra subject registrations? >> The >> >> control >> >> points going off the dwi is not only for one paths but for all >> >> the paths. >> >> If the registration goes terribly wrong, this can happen. You >> >> can take a >> >> look at >> >> >> >> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject >> registration >> >> diff-anat) >> >> >> >> and >> >> >> >> /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration >> >> anat-mni) >> >> >> >> I would start by checking that first. >> >> >> >> Priti >> >> >> >> > Hello-- >> >> > >> >> > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. >> >> However, the >> >> > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. >> >> I've >> >> > attached >> >> > the log file for one of these subjects. It appears that the >> >> control points >> >> > are not within the dwi. A similar problem occurred in a >> >> subject with >> >> > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to >> >> be the case >> >> > for this particular person. I have been creating the entire >> >> set of tracts, >> >> > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. >> >> > >> >> > Thanks, >> >> > >> >> > Kiely >> >> > _______________________________________________ >> >> > Freesurfer mailing list >> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> >> >> >> >> >> >> The information in this e-mail is intended only for the person to >> whom >> >> it is >> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and >> the >> >> e-mail >> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance >> >> HelpLine at >> >> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to >> you >> >> in error >> >> but does not contain patient information, please contact the sender >> >> and properly >> >> dispose of the e-mail. >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> Kiely M. Donnelly, M.A. >> >> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology >> >> University of Cincinnati >> >> >> >>_______________________________________________ >> > Freesurfer mailing list >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> > > > -- > Kiely M. Donnelly, M.A. > Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > University of Cincinnati > -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old one. Do they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones?
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
That seemed to fix the registration issue, but I'm still unable to
reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
The .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/. On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: I tried using corratio and it seems to have fixed the registration issue. I'm very new to this so just want to make sure I did it correctly before I move forward. Should the command line look something like this if I am running it in this individuals dmri directory: flirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz -out lowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat -cost corratio Thanks so much for your help. Kiely On Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: you have to run flirt commandline separately to check if it solves your problem. > Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt > on it's own? > > Thanks, > > Kiely > > On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < > rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >> Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of >> mutualinfo >> (which is the default in trac-all) to see if that solves your >> registration >> problem. >> >> >> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject >> registration, >> > so you can look in trac-all.log for the flirt command line that >> registers >> > diffusion to anatomical and play around with the parameters. >> > >> > You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject >> > registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM. >> > >> > Hope this helps, >> > a.y >> > >> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: >> > >> >> Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems >> to >> >> have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject >> >> registration. When I try to view it using freeview, it's completely >> dark >> >> - I >> >> don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? >> >> Thanks, >> >> >> >> Kiely >> >> >> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan >> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: >> >> Hi Kiely, >> >> >> >> Have you checked your inter and intra subject registrations? >> The >> >> control >> >> points going off the dwi is not only for one paths but for all >> >> the paths. >> >> If the registration goes terribly wrong, this can happen. You >> >> can take a >> >> look at >> >> >> >> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz (For intra subject >> registration >> >> diff-anat) >> >> >> >> and >> >> >> >> /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration >> >> anat-mni) >> >> >> >> I would start by checking that first. >> >> >> >> Priti >> >> >> >> > Hello-- >> >> > >> >> > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. >> >> However, the >> >> > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. >> >> I've >> >> > attached >> >> > the log file for one of these subjects. It appears that the >> >> control points >> >> > are not within the dwi. A similar problem occurred in a >> >> subject with >> >> > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to >> >> be the case >> >> > for this particular person. I have been creating the entire >> >> set of tracts, >> >> > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. >> >> > >> >> > Thanks, >> >> > >> >> > Kiely >> >> > ______________________________**_________________ >> >> > Freesurfer mailing list >> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.**edu/mailman/listinfo/**freesurfer https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> >> >> >> >> >> >> The information in this e-mail is intended only for the person to >> whom >> >> it is >> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and >> the >> >> e-mail >> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance >> >> HelpLine at >> >> http://www.partners.org/**compliancelinehttp://www.partners.org/complianceline. If the e-mail was sent to >> you >> >> in error >> >> but does not contain patient information, please contact the sender >> >> and properly >> >> dispose of the e-mail. >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> Kiely M. Donnelly, M.A. >> >> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology >> >> University of Cincinnati >> >> >> >>____________________________**___________________ >> > Freesurfer mailing list >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> >
https://mail.nmr.mgh.harvard.**edu/mailman/listinfo/**freesurfer https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> > > > -- > Kiely M. Donnelly, M.A. > Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > University of Cincinnati >
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
The other registration files depend on diff2anat. For example, diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything.
The -intra step creates all these. You need to edit the command that generates the diff2anat in your version of trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but that, or change that line to the options that worked for you.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old one. Do they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones? On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: That seemed to fix the registration issue, but I'm still unable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks, Kiely On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: The .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/. On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: I tried using corratio and it seems to have fixed the registration issue. I'm very new to this so just want to make sure I did it correctly before I move forward. Should the command line look something like this if I am running it in this individuals dmri directory: flirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz -out lowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat -cost corratio Thanks so much for your help. Kiely On Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: you have to run flirt commandline separately to check if it solves your problem. > Is this something I can change in my dmrirc file or do I need to run flirt > on it's own? > > Thanks, > > Kiely > > On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti Srinivasan < > rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >> Kiely, For flirt, try using corratio, cost function instead of >> mutualinfo >> (which is the default in trac-all) to see if that solves your >> registration >> problem. >> >> >> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for the intra-subject >> registration, >> > so you can look in trac-all.log for the flirt command line that >> registers >> > diffusion to anatomical and play around with the parameters. >> > >> > You can also use bbregister instead of flirt for the intra-subject >> > registration - it has the option to initialize with flirt or with SPM. >> > >> > Hope this helps, >> > a.y >> > >> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: >> > >> >> Hi Priti - Thanks for your help. The inter-subject registration seems >> to >> >> have run OK, but there must be something wrong with the intra-subject >> >> registration. When I try to view it using freeview, it's completely >> dark >> >> - I >> >> don't see a brain at all. Is there a way to troubleshoot this? >> >> Thanks, >> >> >> >> Kiely >> >> >> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti Srinivasan >> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: >> >> Hi Kiely, >> >> >> >> Have you checked your inter and intra subject registrations? >> The >> >> control >> >> points going off the dwi is not only for one paths but for all >> >> the paths. >> >> If the registration goes terribly wrong, this can happen. You >> >> can take a >> >> look at >> >> >> >> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz (For intra subject >> registration >> >> diff-anat) >> >> >> >> and >> >> >> >> /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For inter-subject registration >> >> anat-mni) >> >> >> >> I would start by checking that first. >> >> >> >> Priti >> >> >> >> > Hello-- >> >> > >> >> > I have run Tracula successfully for ~75 healthy subjects. >> >> However, the >> >> > pathway reconstruction seems to fail for a handful of people. >> >> I've >> >> > attached >> >> > the log file for one of these subjects. It appears that the >> >> control points >> >> > are not within the dwi. A similar problem occurred in a >> >> subject with >> >> > substantial signal loss in the dwi, but that doesn't seem to >> >> be the case >> >> > for this particular person. I have been creating the entire >> >> set of tracts, >> >> > but at this point, I'm only interested in the SLFt and SLFp. >> >> > >> >> > Thanks, >> >> > >> >> > Kiely >> >> > _______________________________________________ >> >> > Freesurfer mailing list >> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> >> >> >> >> >> >> The information in this e-mail is intended only for the person to >> whom >> >> it is >> >> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and >> the >> >> e-mail >> >> contains patient information, please contact the Partners Compliance >> >> HelpLine at >> >> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to >> you >> >> in error >> >> but does not contain patient information, please contact the sender >> >> and properly >> >> dispose of the e-mail. >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> Kiely M. Donnelly, M.A. >> >> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology >> >> University of Cincinnati >> >> >> >>_______________________________________________ >> > Freesurfer mailing list >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> > > > -- > Kiely M. Donnelly, M.A. > Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > University of Cincinnati > -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I should edit?
On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
The other registration files depend on diff2anat. For example, diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything.
The -intra step creates all these. You need to edit the command that generates the diff2anat in your version of trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but that, or change that line to the options that worked for you.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old one. Do
they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones? On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: That seemed to fix the registration issue, but I'm stillunable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks,
Kiely On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á áThe .mat registration matrix should be saved underdmri/xfms/.
á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed á á á á á áthe registration issue. á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure I did á á á á á áit correctly before I á á á á á ámove forward. Should the command line look something á á á á á álike this if I am á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz á á á á á á-out á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat á á á á á á-cost corratio á á á á á áThanks so much for your help. á á á á á áKiely á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan á á á á á á<rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately to á á á á á ácheck if it á á á á á áá á ásolves your á á á á á áá á áproblem. á á á á á áá á á> Is this something I can change in my dmrirc á á á á á áfile or do I need á á á á á áá á áto run flirt á á á á á áá á á> on it's own? á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Thanks, á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Kiely á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti á á á á á áSrinivasan < á á á á á áá á á> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, cost á á á á á áfunction instead á á á á á áá á áof á á á á á áá á á>> mutualinfo á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see if á á á á á áthat solves your á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> problem. á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for á á á á á áthe intra-subject á á á á á áá á á>> registration, á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the á á á á á áflirt command line á á á á á áá á áthat á á á á á áá á á>> registers á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around á á á á á áwith the á á á á á áá á áparameters. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of á á á á á áflirt for the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to á á á á á áinitialize with flirt á á á á á áá á áor with SPM. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > Hope this helps, á á á á á áá á á>> > a.y á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration seems á á á á á áá á á>> to á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be something á á á á á áwrong with the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it using á á á á á áfreeview, it's á á á á á áá á ácompletely á á á á á áá á á>> dark á á á á á áá á á>> >> - I á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a way á á á á á áto troubleshoot á á á á á áá á áthis? á á á á á áá á á>> >> Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> Kiely á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti á á á á á áSrinivasan á á á á á áá á á>> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and á á á á á áintra subject á á á á á áá á áregistrations? á á á á á áá á á>> The á á á á á áá á á>> >> á á á control á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not á á á á á áonly for one paths á á á á á áá á ábut for all á á á á á áá á á>> >> á á á the paths. á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes terribly á á á á á áwrong, this can á á á á á áá á áhappen. You á á á á á áá á á>> >> á á á can take a á á á á á áá á á>> >> á á á look at á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz á á á á á á(For intra subject á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á and á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that á á á á á áfirst. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello-- á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula successfully á á á á á áfor ~75 healthy á á á á á áá á ásubjects. á á á á á áá á á>> >> á á á However, the á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems to á á á á á áfail for a handful á á á á á áá á áof people. á á á á á áá á á>> >> á á á I've á á á á á áá á á>> >> á á á > attached á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these á á á á á ásubjects. It appears á á á á á áá á áthat the á á á á á áá á á>> >> á á á control points á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A similar á á á á á áproblem occurred á á á á á áá á áin a á á á á á áá á á>> >> á á á subject with á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the á á á á á ádwi, but that á á á á á áá á ádoesn't seem to á á á á á áá á á>> >> á á á be the case á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I á á á á á áhave been creating á á á á á áá á áthe entire á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts, á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only á á á á á áinterested in the SLFt á á á á á áá á áand SLFp. á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely á á á á á áá á á>> >> > á á á á á á_____________________________**__________________ á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> >> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.**harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is á á á á á áintended only for the á á á á á áá á áperson to á á á á á áá á á>> whom á á á á á áá á á>> >> it is á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail was á á á á á ásent to you in á á á á á áá á áerror and á á á á á áá á á>> the á á á á á áá á á>> >> e-mail á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please á á á á á ácontact the Partners á á á á á áá á áCompliance á á á á á áá á á>> >> HelpLine at á á á á á áá á á>> >> http://www.partners.org/**compliancelinehttp://www.partners.org/complianceline. á á á á á áIf the e-mail was á á á á á áá á ásent to á á á á á áá á á>> you á á á á á áá á á>> >> in error á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient information, á á á á á áplease contact á á á á á áá á áthe sender á á á á á áá á á>> >> and properly á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> -- á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical á á á á á áNeuropsychology á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> á á á á á á>>___________________________**____________________ á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> -- á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áá á á> University of Cincinnati á á á á á áá á á>
á á á á á á-- á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áUniversity of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts are. You can find it by doing "which trac-preproc".
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I should edit?
On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
The other registration files depend on diff2anat. For example, diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything. The -intra step creates all these. You need to edit the command that generates the diff2anat in your version of trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but that, or change that line to the options that worked for you. On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old one. Do they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line? On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: Were the old .mat files replaced with the new ones? On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: That seemed to fix the registration issue, but I'm still unable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks, Kiely On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:á á áThe .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/.
á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed á á á á á áthe registration issue. á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure I did á á á á á áit correctly before I á á á á á ámove forward. Should the command line look something á á á á á álike this if I am á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á
á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz á á á á á á-out á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat á á á á á á-cost corratio
á á á á á áThanks so much for your help.
á á á á á áKiely
á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan á á á á á árspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately to á á á á á ácheck if it á á á á á áá á ásolves your á á á á á áá á áproblem.
á á á á á áá á á> Is this something I can change in my dmrirc á á á á á áfile or do I need á á á á á áá á áto run flirt á á á á á áá á á> on it's own? á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Thanks, á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Kiely á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti á á á á á áSrinivasan < á á á á á áá á á> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, cost á á á á á áfunction instead á á á á á áá á áof á á á á á áá á á>> mutualinfo á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see if á á á á á áthat solves your á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> problem. á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for á á á á á áthe intra-subject á á á á á áá á á>> registration, á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the á á á á á áflirt command line á á á á á áá á áthat á á á á á áá á á>> registers á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around á á á á á áwith the á á á á á áá á áparameters. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of á á á á á áflirt for the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to á á á á á áinitialize with flirt á á á á á áá á áor with SPM. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > Hope this helps, á á á á á áá á á>> > a.y á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration seems á á á á á áá á á>> to á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be something á á á á á áwrong with the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it using á á á á á áfreeview, it's á á á á á áá á ácompletely á á á á á áá á á>> dark á á á á á áá á á>> >> - I á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a way á á á á á áto troubleshoot á á á á á áá á áthis? á á á á á áá á á>> >> Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> Kiely á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti á á á á á áSrinivasan á á á á á áá á á>> >> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and á á á á á áintra subject á á á á á áá á áregistrations? á á á á á áá á á>> The á á á á á áá á á>> >> á á á control á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not á á á á á áonly for one paths á á á á á áá á ábut for all á á á á á áá á á>> >> á á á the paths. á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes terribly á á á á á áwrong, this can á á á á á áá á áhappen. You á á á á á áá á á>> >> á á á can take a á á á á á áá á á>> >> á á á look at á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz á á á á á á(For intra subject á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á and á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that á á á á á áfirst. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello-- á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula successfully á á á á á áfor ~75 healthy á á á á á áá á ásubjects. á á á á á áá á á>> >> á á á However, the á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems to á á á á á áfail for a handful á á á á á áá á áof people. á á á á á áá á á>> >> á á á I've á á á á á áá á á>> >> á á á > attached á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these á á á á á ásubjects. It appears á á á á á áá á áthat the á á á á á áá á á>> >> á á á control points á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A similar á á á á á áproblem occurred á á á á á áá á áin a á á á á á áá á á>> >> á á á subject with á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the á á á á á ádwi, but that á á á á á áá á ádoesn't seem to á á á á á áá á á>> >> á á á be the case á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I á á á á á áhave been creating á á á á á áá á áthe entire á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts, á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only á á á á á áinterested in the SLFt á á á á á áá á áand SLFp. á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely á á á á á áá á á>> >> > á á á á á á_______________________________________________ á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> >> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is á á á á á áintended only for the á á á á á áá á áperson to á á á á á áá á á>> whom á á á á á áá á á>> >> it is á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail was á á á á á ásent to you in á á á á á áá á áerror and á á á á á áá á á>> the á á á á á áá á á>> >> e-mail á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please á á á á á ácontact the Partners á á á á á áá á áCompliance á á á á á áá á á>> >> HelpLine at á á á á á áá á á>> >> http://www.partners.org/complianceline . á á á á á áIf the e-mail was á á á á á áá á ásent to á á á á á áá á á>> you á á á á á áá á á>> >> in error á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient information, á á á á á áplease contact á á á á á áá á áthe sender á á á á á áá á á>> >> and properly á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> -- á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical á á á á á áNeuropsychology á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> á á á á á á>>_______________________________________________ á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> -- á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áá á á> University of Cincinnati á á á á á áá á á>
á á á á á á-- á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áUniversity of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
That's where I looked, but all I see is the following (I don't see the command line that creates the diff2anat for me to edit):
Last login: Fri May 18 13:45:47 on ttys000 /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit; Kielys-MacBook-Air:~ kielydonnelly$ /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit;
USAGE: trac-preproc
Required arguments: -c <file> : dmrirc file (see dmrirc.example)
Other arguments: -log <file> : default is trac-all.log in the same dir as dmrirc -nolog : do not save a log file -cmd <file> : default is trac-all.cmd in the same dir as dmrirc -nocmd : do not save a cmd file -no-isrunning : do not check whether this subject is currently being processed -umask umask : set unix file permission mask (default 002) -grp groupid : check that current group is alpha groupid -allowcoredump : set coredump limit to unlimited -debug : generate much more output -dontrun : do everything but execute each command -version : print version of this script and exit -help : print full contents of help
logout
[Process completed]
On Fri, May 18, 2012 at 1:59 PM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts are. You can find it by doing "which trac-preproc".
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I
should edit?
On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
The other registration files depend on diff2anat. For example,diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything.
The -intra step creates all these. You need to edit the command thatgenerates the diff2anat in your version of trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but that, or change that line to the options that worked for you.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old one.Do they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones? On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: That seemed to fix the registration issue, but I'm stillunable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks,
Kiely On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu**> wrote: á á áThe .mat registration matrix should be saved underdmri/xfms/.
á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed á á á á á áthe registration issue. á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure I did á á á á á áit correctly before I á á á á á ámove forward. Should the command line look something á á á á á álike this if I am á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz á á á á á á-out á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat á á á á á á-cost corratio á á á á á áThanks so much for your help. á á á á á áKiely á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan á á á á á á<rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately to á á á á á ácheck if it á á á á á áá á ásolves your á á á á á áá á áproblem. á á á á á áá á á> Is this something I can change in my dmrirc á á á á á áfile or do I need á á á á á áá á áto run flirt á á á á á áá á á> on it's own? á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Thanks, á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Kiely á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti á á á á á áSrinivasan < á á á á á áá á á> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, cost á á á á á áfunction instead á á á á á áá á áof á á á á á áá á á>> mutualinfo á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see if á á á á á áthat solves your á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> problem. á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for á á á á á áthe intra-subject á á á á á áá á á>> registration, á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the á á á á á áflirt command line á á á á á áá á áthat á á á á á áá á á>> registers á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around á á á á á áwith the á á á á á áá á áparameters. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of á á á á á áflirt for the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to á á á á á áinitialize with flirt á á á á á áá á áor with SPM. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > Hope this helps, á á á á á áá á á>> > a.y á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration seems á á á á á áá á á>> to á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be something á á á á á áwrong with the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it using á á á á á áfreeview, it's á á á á á áá á ácompletely á á á á á áá á á>> dark á á á á á áá á á>> >> - I á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a way á á á á á áto troubleshoot á á á á á áá á áthis? á á á á á áá á á>> >> Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> Kiely á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti á á á á á áSrinivasan á á á á á áá á á>> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and á á á á á áintra subject á á á á á áá á áregistrations? á á á á á áá á á>> The á á á á á áá á á>> >> á á á control á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not á á á á á áonly for one paths á á á á á áá á ábut for all á á á á á áá á á>> >> á á á the paths. á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes terribly á á á á á áwrong, this can á á á á á áá á áhappen. You á á á á á áá á á>> >> á á á can take a á á á á á áá á á>> >> á á á look at á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz á á á á á á(For intra subject á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á and á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that á á á á á áfirst. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello-- á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula successfully á á á á á áfor ~75 healthy á á á á á áá á ásubjects. á á á á á áá á á>> >> á á á However, the á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems to á á á á á áfail for a handful á á á á á áá á áof people. á á á á á áá á á>> >> á á á I've á á á á á áá á á>> >> á á á > attached á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these á á á á á ásubjects. It appears á á á á á áá á áthat the á á á á á áá á á>> >> á á á control points á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A similar á á á á á áproblem occurred á á á á á áá á áin a á á á á á áá á á>> >> á á á subject with á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the á á á á á ádwi, but that á á á á á áá á ádoesn't seem to á á á á á áá á á>> >> á á á be the case á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I á á á á á áhave been creating á á á á á áá á áthe entire á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts, á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only á á á á á áinterested in the SLFt á á á á á áá á áand SLFp. á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely á á á á á áá á á>> >> > á á á á á á_____________________________**__________________ á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> >> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.**harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is á á á á á áintended only for the á á á á á áá á áperson to á á á á á áá á á>> whom á á á á á áá á á>> >> it is á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail was á á á á á ásent to you in á á á á á áá á áerror and á á á á á áá á á>> the á á á á á áá á á>> >> e-mail á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please á á á á á ácontact the Partners á á á á á áá á áCompliance á á á á á áá á á>> >> HelpLine at á á á á á áá á á>> >> http://www.partners.org/**compliancelinehttp://www.partners.org/complianceline. á á á á á áIf the e-mail was á á á á á áá á ásent to á á á á á áá á á>> you á á á á á áá á á>> >> in error á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient information, á á á á á áplease contact á á á á á áá á áthe sender á á á á á áá á á>> >> and properly á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> -- á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical á á á á á áNeuropsychology á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> á á á á á á>>___________________________**____________________ á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> -- á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áá á á> University of Cincinnati á á á á á áá á á>
á á á á á á-- á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áUniversity of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
This is the help text that you get when you run the script. You need to open the script in a text editor.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
That's where I looked, but all I see is the following (I don't see the command line that creates the diff2anat for me to edit):
Last login: Fri May 18 13:45:47 on ttys000 /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit; Kielys-MacBook-Air:~ kielydonnelly$ /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit;
USAGE: trac-preproc
Required arguments: -c <file> : dmrirc file (see dmrirc.example)
Other arguments: -log <file> : default is trac-all.log in the same dir as dmrirc -nolog : do not save a log file -cmd <file> : default is trac-all.cmd in the same dir as dmrirc -nocmd : do not save a cmd file -no-isrunning : do not check whether this subject is currently being processed -umask umask : set unix file permission mask (default 002) -grp groupid : check that current group is alpha groupid -allowcoredump : set coredump limit to unlimited -debug : generate much more output -dontrun : do everything but execute each command -version : print version of this script and exit -help : print full contents of help
logout
[Process completed]
On Fri, May 18, 2012 at 1:59 PM, Anastasia Yendiki ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts are. You can find it by doing "which trac-preproc". On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I should edit? On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: The other registration files depend on diff2anat. For example, diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything. The -intra step creates all these. You need to edit the command that generates the diff2anat in your version of trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but that, or change that line to the options that worked for you. On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old one. Do they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line? On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: Were the old .mat files replaced with the new ones? On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: That seemed to fix the registration issue, but I'm still unable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks, Kiely On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á áThe .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/. á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed á á á á á áthe registration issue. á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure I did á á á á á áit correctly before I á á á á á ámove forward. Should the command line look something á á á á á álike this if I am á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz á á á á á á-out á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat á á á á á á-cost corratio á á á á á áThanks so much for your help. á á á á á áKiely á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan á á á á á á<rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately to á á á á á ácheck if it á á á á á áá á ásolves your á á á á á áá á áproblem. á á á á á áá á á> Is this something I can change in my dmrirc á á á á á áfile or do I need á á á á á áá á áto run flirt á á á á á áá á á> on it's own? á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Thanks, á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Kiely á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti á á á á á áSrinivasan < á á á á á áá á á> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, cost á á á á á áfunction instead á á á á á áá á áof á á á á á áá á á>> mutualinfo á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see if á á á á á áthat solves your á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> problem. á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for á á á á á áthe intra-subject á á á á á áá á á>> registration, á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the á á á á á áflirt command line á á á á á áá á áthat á á á á á áá á á>> registers á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around á á á á á áwith the á á á á á áá á áparameters. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of á á á á á áflirt for the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to á á á á á áinitialize with flirt á á á á á áá á áor with SPM. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > Hope this helps, á á á á á áá á á>> > a.y á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration seems á á á á á áá á á>> to á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be something á á á á á áwrong with the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it using á á á á á áfreeview, it's á á á á á áá á ácompletely á á á á á áá á á>> dark á á á á á áá á á>> >> - I á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a way á á á á á áto troubleshoot á á á á á áá á áthis? á á á á á áá á á>> >> Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> Kiely á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti á á á á á áSrinivasan á á á á á áá á á>> >> <rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and á á á á á áintra subject á á á á á áá á áregistrations? á á á á á áá á á>> The á á á á á áá á á>> >> á á á control á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not á á á á á áonly for one paths á á á á á áá á ábut for all á á á á á áá á á>> >> á á á the paths. á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes terribly á á á á á áwrong, this can á á á á á áá á áhappen. You á á á á á áá á á>> >> á á á can take a á á á á á áá á á>> >> á á á look at á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz á á á á á á(For intra subject á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á and á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that á á á á á áfirst. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello-- á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula successfully á á á á á áfor ~75 healthy á á á á á áá á ásubjects. á á á á á áá á á>> >> á á á However, the á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems to á á á á á áfail for a handful á á á á á áá á áof people. á á á á á áá á á>> >> á á á I've á á á á á áá á á>> >> á á á > attached á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these á á á á á ásubjects. It appears á á á á á áá á áthat the á á á á á áá á á>> >> á á á control points á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A similar á á á á á áproblem occurred á á á á á áá á áin a á á á á á áá á á>> >> á á á subject with á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the á á á á á ádwi, but that á á á á á áá á ádoesn't seem to á á á á á áá á á>> >> á á á be the case á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I á á á á á áhave been creating á á á á á áá á áthe entire á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts, á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only á á á á á áinterested in the SLFt á á á á á áá á áand SLFp. á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely á á á á á áá á á>> >> > á á á á á á_______________________________________________ á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> >> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is á á á á á áintended only for the á á á á á áá á áperson to á á á á á áá á á>> whom á á á á á áá á á>> >> it is á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail was á á á á á ásent to you in á á á á á áá á áerror and á á á á á áá á á>> the á á á á á áá á á>> >> e-mail á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please á á á á á ácontact the Partners á á á á á áá á áCompliance á á á á á áá á á>> >> HelpLine at á á á á á áá á á>> >> http://www.partners.org/complianceline . á á á á á áIf the e-mail was á á á á á áá á ásent to á á á á á áá á á>> you á á á á á áá á á>> >> in error á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient information, á á á á á áplease contact á á á á á áá á áthe sender á á á á á áá á á>> >> and properly á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> -- á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical á á á á á áNeuropsychology á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> á á á á á á>>_______________________________________________ á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> -- á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áá á á> University of Cincinnati á á á á á áá á á> á á á á á á-- á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áUniversity of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Hi Kiely,
In your terminal (after sourcing the freesurfer environment) type the following:
gedit $FREESURFER_HOME/bin/trac-preproc (use pico if you're using mac, you can also use other editors like vi or emacs)
This will open up trac-preproc script in a text editor.
you can scroll through to #--- Intra-subject registration ----#
in the script and look for the following lines:
if ($doregflt) then # Register low-b to anatomical using flirt set cmd = flirt set cmd = ($cmd -in $dwidir/lowb_brain.nii.gz) set cmd = ($cmd -ref $dwidir/brain_anat.nii.gz) set cmd = ($cmd -out $dwidir/lowb_brain_anat.flt.nii.gz) set cmd = ($cmd -omat $xfmdir/diff2anat.flt.mat) set cmd = ($cmd -cost mutualinfo) echo $cmd |& tee -a $LF |& tee -a $CF if ($RunIt) then $fs_time $cmd |& tee -a $LF if ($status) goto error_exit endif
Change the mutualinfo in the above line to corratio
Re-run trac-all -intra -inter -masks -tensor -prior -c <your_dmrirc_file> and then trac-all -path
Best, Priti
That's where I looked, but all I see is the following (I don't see the command line that creates the diff2anat for me to edit):
Last login: Fri May 18 13:45:47 on ttys000 /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit; Kielys-MacBook-Air:~ kielydonnelly$ /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit;
USAGE: trac-preproc
Required arguments: -c <file> : dmrirc file (see dmrirc.example)
Other arguments: -log <file> : default is trac-all.log in the same dir as dmrirc -nolog : do not save a log file -cmd <file> : default is trac-all.cmd in the same dir as dmrirc -nocmd : do not save a cmd file -no-isrunning : do not check whether this subject is currently being processed -umask umask : set unix file permission mask (default 002) -grp groupid : check that current group is alpha groupid -allowcoredump : set coredump limit to unlimited -debug : generate much more output -dontrun : do everything but execute each command -version : print version of this script and exit -help : print full contents of help
logout
[Process completed]
On Fri, May 18, 2012 at 1:59 PM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts are. You can find it by doing "which trac-preproc".
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I
should edit?
On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
The other registration files depend on diff2anat. For example,diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything.
The -intra step creates all these. You need to edit the commandthat generates the diff2anat in your version of trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but that, or change that line to the options that worked for you.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the oldone. Do they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones? On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: That seemed to fix the registration issue, but I'mstill unable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks,
Kiely On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu**> wrote: á á áThe .mat registration matrix should be saved underdmri/xfms/.
á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed á á á á á áthe registration issue. á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure Idid á á á á á áit correctly before I á á á á á ámove forward. Should the command line look something á á á á á álike this if I am á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á
á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz á á á á á á-out á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omatdiff2anat.flt.mat á á á á á á-cost corratio
á á á á á áThanks so much for your help. á á á á á áKiely á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, PritiSrinivasan á á á á á árspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately to á á á á á ácheck if it á á á á á áá á ásolves your á á á á á áá á áproblem.
á á á á á áá á á> Is this something I can change in mydmrirc á á á á á áfile or do I need á á á á á áá á áto run flirt á á á á á áá á á> on it's own? á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Thanks, á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Kiely á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti á á á á á áSrinivasan < á á á á á áá á á> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, cost á á á á á áfunction instead á á á á á áá á áof á á á á á áá á á>> mutualinfo á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see if á á á á á áthat solves your á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> problem. á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for á á á á á áthe intra-subject á á á á á áá á á>> registration, á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the á á á á á áflirt command line á á á á á áá á áthat á á á á á áá á á>> registers á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around á á á á á áwith the á á á á á áá á áparameters. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of á á á á á áflirt for the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to á á á á á áinitialize with flirt á á á á á áá á áor with SPM. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > Hope this helps, á á á á á áá á á>> > a.y á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration seems á á á á á áá á á>> to á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be something á á á á á áwrong with the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it using á á á á á áfreeview, it's á á á á á áá á ácompletely á á á á á áá á á>> dark á á á á á áá á á>> >> - I á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a way á á á á á áto troubleshoot á á á á á áá á áthis? á á á á á áá á á>> >> Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> Kiely á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti á á á á á áSrinivasan á á á á á áá á á>> >> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and á á á á á áintra subject á á á á á áá á áregistrations? á á á á á áá á á>> The á á á á á áá á á>> >> á á á control á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not á á á á á áonly for one paths á á á á á áá á ábut for all á á á á á áá á á>> >> á á á the paths. á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes terribly á á á á á áwrong, this can á á á á á áá á áhappen. You á á á á á áá á á>> >> á á á can take a á á á á á áá á á>> >> á á á look at á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz á á á á á á(For intra subject á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á and á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that á á á á á áfirst. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello-- á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula successfully á á á á á áfor ~75 healthy á á á á á áá á ásubjects. á á á á á áá á á>> >> á á á However, the á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems to á á á á á áfail for a handful á á á á á áá á áof people. á á á á á áá á á>> >> á á á I've á á á á á áá á á>> >> á á á > attached á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these á á á á á ásubjects. It appears á á á á á áá á áthat the á á á á á áá á á>> >> á á á control points á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A similar á á á á á áproblem occurred á á á á á áá á áin a á á á á á áá á á>> >> á á á subject with á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the á á á á á ádwi, but that á á á á á áá á ádoesn't seem to á á á á á áá á á>> >> á á á be the case á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I á á á á á áhave been creating á á á á á áá á áthe entire á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts, á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only á á á á á áinterested in the SLFt á á á á á áá á áand SLFp. á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely á á á á á áá á á>> >> > á á á á á á_____________________________**__________________ á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> >> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is á á á á á áintended only for the á á á á á áá á áperson to á á á á á áá á á>> whom á á á á á áá á á>> >> it is á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail was á á á á á ásent to you in á á á á á áá á áerror and á á á á á áá á á>> the á á á á á áá á á>> >> e-mail á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please á á á á á ácontact the Partners á á á á á áá á áCompliance á á á á á áá á á>> >> HelpLine at á á á á á áá á á>> >> http://www.partners.org/**compliancelinehttp://www.partners.org/complianceline. á á á á á áIf the e-mail was á á á á á áá á ásent to á á á á á áá á á>> you á á á á á áá á á>> >> in error á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient information, á á á á á áplease contact á á á á á áá á áthe sender á á á á á áá á á>> >> and properly á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> -- á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical á á á á á áNeuropsychology á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> á á á á á á>>___________________________**____________________ á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> -- á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áá á á> University of Cincinnati á á á á á áá á á>
á á á á á á-- á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áUniversity of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
Wonderful - thank you. That seemed to fix the problem.
Kiely
On Fri, May 18, 2012 at 3:25 PM, Priti Srinivasan < rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Hi Kiely,
In your terminal (after sourcing the freesurfer environment) type the following:
gedit $FREESURFER_HOME/bin/trac-preproc (use pico if you're using mac, you can also use other editors like vi or emacs)
This will open up trac-preproc script in a text editor.
you can scroll through to #--- Intra-subject registration ----#
in the script and look for the following lines:
if ($doregflt) then # Register low-b to anatomical using flirt set cmd = flirt set cmd = ($cmd -in $dwidir/lowb_brain.nii.gz) set cmd = ($cmd -ref $dwidir/brain_anat.nii.gz) set cmd = ($cmd -out $dwidir/lowb_brain_anat.flt.nii.gz) set cmd = ($cmd -omat $xfmdir/diff2anat.flt.mat) set cmd = ($cmd -cost mutualinfo) echo $cmd |& tee -a $LF |& tee -a $CF if ($RunIt) then $fs_time $cmd |& tee -a $LF if ($status) goto error_exit endif
Change the mutualinfo in the above line to corratio
Re-run trac-all -intra -inter -masks -tensor -prior -c <your_dmrirc_file> and then trac-all -path
Best, Priti
That's where I looked, but all I see is the following (I don't see the command line that creates the diff2anat for me to edit):
Last login: Fri May 18 13:45:47 on ttys000 /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit; Kielys-MacBook-Air:~ kielydonnelly$ /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit;
USAGE: trac-preproc
Required arguments: -c <file> : dmrirc file (see dmrirc.example)
Other arguments: -log <file> : default is trac-all.log in the same dir as dmrirc -nolog : do not save a log file -cmd <file> : default is trac-all.cmd in the same dir as dmrirc -nocmd : do not save a cmd file -no-isrunning : do not check whether this subject is currently being processed -umask umask : set unix file permission mask (default 002) -grp groupid : check that current group is alpha groupid -allowcoredump : set coredump limit to unlimited -debug : generate much more output -dontrun : do everything but execute each command -version : print version of this script and exit -help : print full contents of help
logout
[Process completed]
On Fri, May 18, 2012 at 1:59 PM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts are. You can find it by doing "which trac-preproc".
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I
should edit?
On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki < ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
The other registration files depend on diff2anat. For example,diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything.
The -intra step creates all these. You need to edit the commandthat generates the diff2anat in your version of trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but that, or change that line to the options that worked for you.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the oldone. Do they all need to be recreated? If so, is that something I add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones? On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: That seemed to fix the registration issue, but I'mstill unable to reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the same error that the control points are not within the mask. THis happens for all tracts. Thanks,
Kiely On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki <ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu**> wrote: á á áThe .mat registration matrix should be saved underdmri/xfms/.
á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed á á á á á áthe registration issue. á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure Idid á á á á á áit correctly before I á á á á á ámove forward. Should the command line look something á á á á á álike this if I am á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á
á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz á á á á á á-out á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omatdiff2anat.flt.mat á á á á á á-cost corratio
á á á á á áThanks so much for your help. á á á á á áKiely á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, PritiSrinivasan á á á á á árspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately to á á á á á ácheck if it á á á á á áá á ásolves your á á á á á áá á áproblem.
á á á á á áá á á> Is this something I can change in mydmrirc á á á á á áfile or do I need á á á á á áá á áto run flirt á á á á á áá á á> on it's own? á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Thanks, á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> Kiely á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti á á á á á áSrinivasan < á á á á á áá á á> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: á á á á á áá á á> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, cost á á á á á áfunction instead á á á á á áá á áof á á á á á áá á á>> mutualinfo á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see if á á á á á áthat solves your á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> problem. á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for á á á á á áthe intra-subject á á á á á áá á á>> registration, á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the á á á á á áflirt command line á á á á á áá á áthat á á á á á áá á á>> registers á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around á á á á á áwith the á á á á á áá á áparameters. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of á á á á á áflirt for the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to á á á á á áinitialize with flirt á á á á á áá á áor with SPM. á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > Hope this helps, á á á á á áá á á>> > a.y á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration seems á á á á á áá á á>> to á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be something á á á á á áwrong with the á á á á á áá á áintra-subject á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it using á á á á á áfreeview, it's á á á á á áá á ácompletely á á á á á áá á á>> dark á á á á á áá á á>> >> - I á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a way á á á á á áto troubleshoot á á á á á áá á áthis? á á á á á áá á á>> >> Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> Kiely á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti á á á á á áSrinivasan á á á á á áá á á>> >> rspriti@nmr.mgh.harvard.edu wrote: á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely, á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and á á á á á áintra subject á á á á á áá á áregistrations? á á á á á áá á á>> The á á á á á áá á á>> >> á á á control á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not á á á á á áonly for one paths á á á á á áá á ábut for all á á á á á áá á á>> >> á á á the paths. á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes terribly á á á á á áwrong, this can á á á á á áá á áhappen. You á á á á á áá á á>> >> á á á can take a á á á á á áá á á>> >> á á á look at á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz á á á á á á(For intra subject á á á á á áá á á>> registration á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á and á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For á á á á á áinter-subject á á á á á áá á áregistration á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni) á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that á á á á á áfirst. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello-- á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula successfully á á á á á áfor ~75 healthy á á á á á áá á ásubjects. á á á á á áá á á>> >> á á á However, the á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems to á á á á á áfail for a handful á á á á á áá á áof people. á á á á á áá á á>> >> á á á I've á á á á á áá á á>> >> á á á > attached á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these á á á á á ásubjects. It appears á á á á á áá á áthat the á á á á á áá á á>> >> á á á control points á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A similar á á á á á áproblem occurred á á á á á áá á áin a á á á á á áá á á>> >> á á á subject with á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the á á á á á ádwi, but that á á á á á áá á ádoesn't seem to á á á á á áá á á>> >> á á á be the case á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I á á á á á áhave been creating á á á á á áá á áthe entire á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts, á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only á á á á á áinterested in the SLFt á á á á á áá á áand SLFp. á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks, á á á á á áá á á>> >> á á á > á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely á á á á á áá á á>> >> > á á á á á á_____________________________**__________________ á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> >> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurfer<
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer%3E
á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is á á á á á áintended only for the á á á á á áá á áperson to á á á á á áá á á>> whom á á á á á áá á á>> >> it is á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mailwas á á á á á ásent to you in á á á á á áá á áerror and á á á á á áá á á>> the á á á á á áá á á>> >> e-mail á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please á á á á á ácontact the Partners á á á á á áá á áCompliance á á á á á áá á á>> >> HelpLine at á á á á á áá á á>> >> http://www.partners.org/**complianceline<
http://www.partners.org/complianceline%3E.
á á á á á áIf the e-mail was á á á á á áá á ásent to á á á á á áá á á>> you á á á á á áá á á>> >> in error á á á á á áá á á>> >> but does not contain patientinformation, á á á á á áplease contact á á á á á áá á áthe sender á á á á á áá á á>> >> and properly á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail. á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> >> -- á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical á á á á á áNeuropsychology á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati á á á á á áá á á>> >> á á á á á áá á á>> á á á á á á>>___________________________**____________________ á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu á á á á á áá á á>> > á á á á á áá á á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurfer<
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer%3E
á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á>> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> á á á á á áá á á> -- á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, ClinicalNeuropsychology á á á á á áá á á> University of Cincinnati á á á á á áá á á>
á á á á á á-- á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A. á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology á á á á á áUniversity of Cincinnati -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
-- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
-
Anastasia Yendiki -
Kiely Donnelly -
Kiely Madhavan
-
Priti Srinivasan